Projets à venir

Attention

Etant donné les dispositions de sécurité sur le campus vétérinaire de VetAgro Sup, veuillez vous munir d’une pièce d’identité pour le contrôle au poste de garde.

Transport

Venir à Marcy l’Etoile

Les transports classiques : voiture, train (gares de Lyon-Perrache et de Lyon-Part-Dieu), avion (aéroport de Lyon-Saint Exupéry)…

En voiture

Vous trouverez des informations sur l’accès en voiture au campus vétérinaire de VetAgro Sup sur le site de VetAgro Sup) (lien).

               En covoiturage

Si vous souhaitez proposer ou trouver un covoiturage avec des participants du séminaire, nous avons créé un évènement sur la plateforme Togetzer pour faciliter les échanges et l’organisation entre participants :

https://www.togetzer.com/covoiturage-evenement/8d6ldg

N’hésitez pas à proposer des places dans votre voiture !

Autres plateformes de covoiturage : La Roue Verte, Mobicoop, Blablacar…

Accéder au campus VetAgro Sup de Marcy l’Etoile

               En transport en commun

Depuis Gorge-de-Loup (Lyon, métro ligne D), Tassin-la-Demi-Lune ou Marcy-L’Etoile : ligne de bus 98 (horaires)

Depuis Charbonnières-Gare : ligne GE6 (horaires)

                En covoiturage

https://www.covoiturage-grandlyon.com/

Le vendredi matin et le samedi matin, l’accueil se fera dans le hall d’honneur (ACCUEIL dans le bâtiment principal sur ce plan).

Logement

Aux abords du campus vétérinaire de Marcy l’Etoile

               Appart hôtel

City résidence Lyon-Marcy-l’Etoile

Garden City – Lyon-Marcy-l’Etoile

Le long des lignes de bus

               Hôtels

Best Western Hotel Saphir Lyon (Gorge de Loup)

Hôtel Beaulieu – Lyon Charbonnières

               Appart hôtel

Séjours & Affaires Park Lane – Lyon (Gorge de Loup)

Pour les petits budgets

Le groupe Facebook des petites annonces de VetAgro Sup, pour voir si certains auraient des places dans leur coloc pour héberger des étudiants pour deux nuits.

Un autre petit plus pour diminuer l’empreinte écologique

Vous pouvez apporter avec vous votre mug de transport ou votre gourde pour les pauses café.

Girardot V. 2011. Contribution à l’étude de l’hématologie du chevreuil (Capreolus capreolus).

Résumé : Les connaissances apportées par l’hématologie sont un outil précieux pour connaître l’état de santé d’une population. Ces connaissances sanitaires sont devenues aujourd’hui indispensables à la gestion des populations de chevreuil. Ce travail s’intègre aux études réalisées par l’Office National de la Chasse et de la Faune Sauvage dans les deux réserves de Chizé et de Trois-Fontaines. Il s’appuie sur les données des années de captures 2010 et 2011. Son objectif est d’étudier les paramètres hématologiques en tant qu’indicateurs de l’état général et de la compétence immunitaire chez le chevreuil en conditions naturelles. Ce travail fait d’abord le point sur les connaissances en hématologie chez les Cervidés, en décrivant, si elles existent, les données chez le chevreuil ou les espèces les plus proches. Il quantifie ensuite le biais d’altération du prélèvement dans les conditions de terrain, décrit les valeurs de l’hémogramme trouvées dans les deux populations. Il étudie la variabilité importante entre populations, sexes, classes d’âges dans l’hémogramme rouge et l’hémogramme blanc et met en lien ces variations avec l’état corporel et avec des résultats de coproscopies parasitaires. Pour en savoir plus …

Focquenoy L. 2013. La pestivirose de l’isard, modélisation épidémiologique et analyse de mesures de gestion

Résumé : Depuis les années 2000, l’infection de l’isard par des pestivirus a abouti à différentes situations épidémiologiques en France et en Espagne. La possibilité de franchissement de la barrière d’espèce et de transmission verticale (susceptible d’engendrer un infecté permanent immunotolérant) sont les propriétés majeures des pestivirus. L’isard présente une démographie particulière : elle est saisonnière et les contacts entre individus sont hétérogènes, selon l’âge et le sexe. Si les pestivirus ovins et caprins sont assez bien connus, la compréhension de l’impact d’un pestivirus sur la dynamique d’une population d’isards reste limitée. Une modélisation de la propagation d’un pestivirus dans une population d’isards a été entreprise. Elle représente les connaissances actuelles et permet d’identifier les processus importants qui ont généré les situations épidémiologiques observées. Le modèle a, en outre, permis d’estimer des paramètres épidémiologiques inconnus. Enfin, des mesures de gestion médicale ou sanitaire d’une pestivirose de l’isard ont été évaluées. Le modèle déterministe utilisé montre que la combinaison la plus efficace consiste à vacciner et à tester les animaux simultanément. La chasse ne semble pas avoir d’intérêt dans les conditions de notre étude. La gestion des agents pathogènes en milieu naturel reste, néanmoins, une problématique complexe. L’idéal serait la mise en place de stratégies globales de prévention. Des mesures sanitaires concernant à la fois les animaux sauvages et domestiques permettraient d’anticiper les facteurs de risques d’introduction d’un agent pathogène. Pour en savoir plus …

Freycon P. 2015. Rôle du bouquetin Capra ibex dans épidémiologie de la brucellose à Brucella melitensis en Haute-Savoie 

Résumé : Suite à la découverte en avril 2012 d’un foyer domestique de brucellose à Brucella melitensis dans une exploitation bovine laitière dans le massif du Bargy, le rôle du bouquetin des Alpes Capra ibex a été fortement suspecté dans la ré-émergence de la maladie en Haute Savoie. Notre étude avait pour but d’étudier le rôle de cet ongulé de montagne dans l’épidémiologie de cette zoonose aux enjeux économiques et sanitaires majeurs. Nous avons ainsi évalué le niveau de présence de l’infection et étudié la pathogénie de la brucellose chez le bouquetin à partir des données collectées entre 2012 et 2015 dans le cadre du suivi populationnel et sanitaire mis en œuvre par l’ONCFS. Ce travail d’analyse permet de mieux comprendre dans quelle mesure l’infection brucellique évolue de manière autonome au sein de la population de bouquetins du massif du Bargy. Néanmoins, la mise en parallèle de ces résultats avec les investigations menées sur les interactions avec les cheptels domestiques s’avère indispensable dans l’évaluation du risque de transmission interspécifique que représente ce foyer sauvage. Pour en savoir plus …

Chamoin A. 2017. Étude de la circulation du virus Schmallenberg (SBV) dans la population de chevreuils (Capreolus capreolus) du département du Rhône

Résumé : L’émergence du virus Schmallenberg (SBV) en Europe est une bonne illustration de la difficulté pour les acteurs de la santé publique vétérinaire à gérer une maladie vectorielle ayant une large gamme d’hôte, surtout quand la faune sauvage est également touchée. Cette difficulté est d’autant plus grande que l’agent pathogène est émergent, et que les connaissances sur ses conséquences sanitaires sont inconnues, comme c’était le cas pour le virus SBV. Dans cette situation d’incertitude, de nombreuses études ont entrepris d’étudier la circulation de ce nouveau virus au sein des populations de ruminants sauvages. Dans le département du Rhône, l’intérêt scientifique d’une telle étude a rencontré l’intérêt d’acteurs de terrains sur la question d’un impact potentiel du virus SBV sur la dynamique des populations de chevreuils. L’étude présentée dans cette thèse avait pour but d’explorer la circulation du virus SBV dans la population de chevreuils du Rhône ; et d’évaluer s’il pouvait être à l’origine de la baisse du nombre de jeunes observés par certains gestionnaires de territoires de chasse durant la saison de chasse 2011-2012. Ce projet, mené durant quatre saisons de chasse consécutives (de 2012 à 2016) a permis d’identifier que le virus SBV était effectivement présent sur le territoire du département en 2012, et qu’il a continué à circuler dans la population de chevreuils jusqu’à la fin de l’étude (2016). Les résultats des analyses sérologiques sont similaires à ceux trouvés dans d’autres études chez la faune sauvage. Cette étude ne permet cependant pas de statuer sur un éventuel impact de la circulation de ce virus sur la dynamique de la population de chevreuils. Pour en savoir plus …

Massa S. 2014. Utilisation de l’espace et suivi sanitaire du bouquetin des Alpes dans le parc national des Écrins

Résumé : Cette étude analyse les premières données issues d’un programme de suivi par GPS de bouquetins des Alpes (Capra ibex ibex) dans le Parc national des Écrins. Après plusieurs opérations de réintroduction, trois populations sont présentes dans le parc. Elles ont une évolution démographique mal caractérisée et source de préoccupation. La première partie de ce travail, bibliographique, expose successivement les caractéristiques biologiques de cet ongulé, les maladies auxquelles il est sensible et le site de l’étude. La seconde partie est expérimentale et concerne une trentaine d’animaux. Elle consiste tout d’abord dans l’analyse des résultats de fonctionnement des colliers utilisés. Malgré les défaillances de certains colliers, les résultats sont satisfaisants, avec, après tri des données, un taux d’échec de localisations de 19,8 %. Ensuite, une étude des résultats des analyses sérologiques effectuées sur les animaux portant un collier montre la présence de maladies abortives, respiratoires, du CAEV et de la lymphadénite caséeuse dans les populations étudiées. Enfin, une analyse des premières données GPS permet de décrire l’utilisation de l’espace pour 7 bouquetins suivis pendant 1 an. La taille des domaines vitaux et les distances parcourues sont exposées ainsi que leurs variations selon le mois, le sexe et les individus. L’altitude, la pente et l’exposition de leurs positions sont également étudiés. Il apparait une grande variation individuelle et des différences selon les sexes et les mois. Ce travail permet d’identifier des sites de mises-bas, des corridors de circulation et des zones de cohabitation avec les troupeaux domestiques. Pour en savoir plus …

Kientz S. 2014. Étude des variations de la biochimie du chevreuil (Capreolus capreolus) dans deux populations en France de 2009 à 2013

Résumé : La gestion durable des populations sauvages en Europe et plus particulièrement en France est une problématique importante aux enjeux multiples. Elle s’applique en particulier aux espèces gibiers dont les Cervidés font partie et s’appuie sur des indicateurs de santé et d’équilibre des populations dans leur environnement. Ce travail a pour objectif d’étudier les paramètres biochimiques en tant qu’indicateurs de l’état général, de la compétence immunitaire et du stress chez le chevreuil Capreolus capreolus en conditions naturelles. Il s’intègre aux travaux de l’Office National de la Chasse et de la Faune Sauvage et s’appuie sur les données récoltées sur 614 chevreuils capturés de 2009 à 2013 dans les réserves de Chizé et de Trois-Fontaines. Ce travail présente d’abord quelques particularités anatomo-physiologiques du chevreuil et les outils utilisés pour la gestion de ses populations, avant de faire le point sur les connaissances actuelles en termes de biochimie chez les Cervidés. Il présente ensuite les résultats de l’étude menée sur les chevreuils de Chizé et de Trois-Fontaines. Celle-ci décrit dans un premier temps les valeurs biochimiques moyennes obtenues pour 11 paramètres et leurs niveaux de variabilité. Une analyse univariée puis multivariée est ensuite menée sur les relations entre les paramètres mesurés et plusieurs facteurs individuels (âge, taille, sexe, gestation) et populationnels (population, date de capture). Elle met en évidence une variabilité importante de certains paramètres en fonction du statut des animaux mais reflète aussi l’état de la relation entre la population et son environnement, ainsi que la relation avec les conditions de captures. Cette étude permet finalement de proposer certains paramètres (albumine, créatinine, fructosamine, globulines) comme indicateurs de l’état de santé des chevreuils dans leur milieu et d’autres (créatine kinase, aspartate déshydrogénase) comme indicateurs indirects de stress. Pour en savoir plus …

Cockenpot A. 2013. Étude des facteurs de variation de l’excrétion parasitaire mesurée par analyse coproscopique chez le mouflon méditerranéen (Ovis gmelini musimon x Ovis sp.) dans le massif du Caroux-Espinouse

Résumé : Le mouflon méditerranéen (Ovis gmelini musimon x Ovis sp.) est un ongulé sauvage emblématique du massif du Caroux-Espinouse (Hérault). Afin d’appréhender les relations hôte-parasites-environnement en milieu naturel, nous avons étudié les facteurs de variation de l’excrétion parasitaire des mouflons au sein de cette population sur quatre années (2010 à 2013). Les analyses coproscopiques des prélèvements de fèces ont permis de mettre en évidence un grand nombre d’espèces parasitaires (strongles digestifs et respiratoires, Trichuris sp., Fasciola hepatica, Dicrocoelium dendriticum, Moniezia sp., Giardia duodenalis, Eimeria sp.), dont la prévalence et l’intensité d’excrétion varient notamment en fonction de variables individuelles telles que l’âge, le sexe, le statut reproducteur des femelles ou encore la condition corporelle des individus. Ceci illustre la variabilité des individus dans leur capacité à se défendre face à une infestation parasitaire.
Nous n’avons par ailleurs pas mis en évidence de relation nette entre la taille des cornes, qui joue un rôle dans la dynamique de la population (choix du partenaire sexuel, chasse sélective) et le niveau d’excrétion parasitaire des individus. Enfin, les mouflons de cette population, confrontés depuis plusieurs dizaines d’années à la fermeture de leur habitat suite à la déprise pastorale, subissent une diminution de leur condition corporelle et sont donc a priori plus sensibles aux infestations parasitaires. Nous n’avons cependant pas mis en évidence d’impact de cette fermeture de l’habitat sur le parasitisme des individus. Pour en savoir plus …

Laurent A. 2013. Facteurs de variation de la condition corporelle et investissement énergétique dans la reproduction du mouflon méditerranéen au cours de l’automne-hiver

Résumé : La sélection sexuelle décrite par Darwin il y a presque 200 ans est à l’origine chez les animaux d’un dimorphisme sexuel, c’est-à-dire d’une différence phénotypique marquée entre les mâles et les femelles. Ce dimorphisme porte sur de nombreux traits qui distinguent les deux sexes d’une même espèce, comme le métabolisme et la physiologie, le régime alimentaire, les besoins énergétiques ou encore le comportement. Ce dimorphisme sexuel est particulièrement marqué chez les ongulés sauvages. Après avoir rappelé quelques notions d’écologie comportementale et d’évaluation du statut énergétique des animaux, nous avons tenté de comparer l’évolution de la condition corporelle entre les deux sexes d’une espèce fortement dimorphique, le mouflon méditerranéen (Ovis gmelini musimon x Ovis sp.) au cours des saisons automne-hiver. L’objectif de ce travail était d’évaluer l’investissement énergétique des individus des 2 sexes lors du rut et d’une partie de la gestation. Les résultats obtenus montrent bien les différences qu’il existe entre les deux sexes chez le mouflon sur la constitution et l’utilisation des réserves énergétiques en lien avec les coûts de la reproduction. En effet, les mouflons méditerranéens mâles du Caroux-Espinouse investissent plus d’énergie dans le rut que les femelles du fait de leur comportement polygame et du phénomène d’hypophagie. Ces dernières au contraire, après un investissement énergétique important au printemps et en été lié à la fin de la gestation et à la lactation, semblent profiter de l’automne-hiver pour reprendre une meilleure condition corporelle. Pour en savoir plus …

Pratviel G. 2014. Évaluation des facteurs de variation de la réponse immunitaire au parasitisme par Haemonchus sp. chez le mouflon méditerranéen (Ovis gmelini musimon x Ovis sp.) dans le massif du Caroux-Espinouse

Résumé : Le mouflon méditerranéen (Ovis gmelini musimon x Ovis sp.) est un ongulé sauvage du genre Ovis, emblématique du massif du Caroux-Espinouse (Hérault, France). Afin d’appréhender les relations hôte-parasites-environnement en milieu naturel, nous avons étudié les facteurs de variation de la réponse immunitaire au parasitisme par Hæmonchus sp. au cours de la saison de chasse 2011-2012. Les mesures de prévalence, d’intensité et morphométriques réalisées sur les Hæmonchus prélevés directement dans la caillette nous ont permis de définir le statut parasitaire. Nous avons mis en évidence une variation du statut parasitaire en fonction de variables temporelles et individuelles telles que le sexe, l’âge, la masse des organes lymphoïdes. Ceci illustre la saisonnalité de l’infestation parasitaire ainsi que la variabilité des individus dans leur capacité à se défendre face à cette infestation. L’effet de la condition corporelle s’est révélée contradictoire par rapport à nos hypothèses de travail. Ce résultat peut s’expliquer par un effet confondant avec l’intensité du parasitisme ou bien alors par un compromis dans l’utilisation des ressources. Nous n’avons cependant pas mis en évidence d’impact du score des cornes, de la génétique et de l’environnement sur le statut parasitaire des animaux. Les résultats obtenus dans ce travail montrent bien la complexité des interactions hôte-parasites-environnement. Des pistes d’amélioration de notre protocole expérimental sont proposées, avec notamment la considération du statut parasitaire dans sa globalité afin d’appréhender de manière optimale les interactions parasitaires susceptibles d’affecter leur développement. Pour en savoir plus …

Barge E. 2017. Conséquences des activités récréatives et cynégétiques sur le stress et le parasitisme du mouflon méditerranéen.

Résumé : Le dérangement de la faune sauvage par l’Homme dans les espaces naturels est une problématique croissante. Nous avons comparé les concentrations en métabolites des glucocorticoïdes de mouflons méditerranéens (Ovis gmelini musimon x Ovis sp.) du massif du Caroux Espinouse (Hérault). Les activités humaines évaluées, la chasse et le tourisme, se déroulent à des périodes de l’année différentes et à une intensité différente selon la zone. Nous avons cherché les conséquences du stress sur l’immunité des mouflons en mesurant l’excrétion fécale en parasites gastro-intestinaux.
Nous avons trouvé des concentrations en métabolites fécaux du cortisol significativement plus élevées dans les zones et les périodes où les activités humaines sont présentes. Les analyses parasitaires ont permis de montrer la présence de différentes espèces parasitaires à excrétion fécale. La majorité des individus montre un polyparasitisme, avec 2 à 3 espèces de parasites différentes. L’excrétion parasitaire des Eimeria sp. est maximale en août et diminue en octobre et en février. Moins d’espèces de strongles gastro-intestinaux sont retrouvées en hiver que pendant le reste de l’année. L’excrétion fécale d’œufs de strongles est maximale en août. La zone de la réserve a la charge parasitaire en strongles digestifs la plus basse. Cette zone abrite des mouflons ayant une moindre richesse parasitaire que ceux présents dans les autres zones. Nous avons mis en évidence une corrélation linéaire faible entre les mesures de métabolites fécaux des glucocorticoïdes et la diversité totale en parasites gastro-intestinaux suggérant une conséquence possible du dérangement sur l’état de santé des mouflons.
Afin d’affiner ces résultats, des études complémentaires sont à effectuer, en incluant certains facteurs de variations comme le sexe ou en mettant leurs effets en évidence, comme les variations saisonnières. Pour en savoir plus …

Burnet J. 2007. Séroprévalence de Toxoplasma gondii dans les populations naturelles d’ongulés de montagne : étude rétrospective et comparaison des tests sérologiques ELISA et MAT

Résumé : Notre travail a consisté en tester avec le test MAT des sérums d’ongulés de montagne (chamois, mouflon, isard, bouquetin) déjà testés avec le test ELISA et d’analyser les résultats en fonction du test utilisé, de l’âge, du sexe et de l’année de prélèvement, ainsi que d’isoler une souche afin d’en déterminer le génotype. Pour en savoir plus …

Matrat P. 2014. Évolution de la situation épidémiologique de la tuberculose bovine en Côte-d’Or de 2009 à 2013

Résumé : La tuberculose bovine à Mycobacterium bovis est une maladie infectieuse zoonotique pour laquelle la France a obtenu le statut officiellement indemne en 2001, après cinquante ans de lutte. A partir de 2004, la découverte de nouveaux cas dans plusieurs départements français et au sein de la faune sauvage (cervidés, sangliers, blaireaux) a remis cette maladie dans l’actualité. Contrairement au passé, peu de signes cliniques et lésionnels sont observés et le dépistage de la tuberculose est basé sur des tests dont la sensibilité et la spécificité ne sont pas parfaites, mais également sur la mise en place d’enquêtes épidémiologiques en amont et en aval d’un foyer pour retracer la circulation de l’infection. La Côte-d’Or est un département touché par cette recrudescence. L’objectif était de dresser un bilan de la situation épidémiologique en vue de l’évaluation des mesures de surveillance et de gestion de la tuberculose bovine, ainsi que pour l’optimisation de celles-ci. Les résultats obtenus sur les cent-treize foyers identifiés entre 2009 et 2013 mettent en évidence un taux de prévalence sur les cheptels compris entre 1,4 et 2,7% par an au cours de la période étudiée. L’identification des bactéries isolées dans les foyers révèle la présence de deux souches réparties au sein de l’ouest du département dans deux zones distinctes. La prophylaxie annuelle reste le principal moyen de détection des foyers mais l’origine de la contamination est difficilement identifiable dans la majorité des cas. Pour en savoir plus …

Jourdain E. 2003. Étude des maladies abortives non réglementées chez les ongulés sauvages et domestiques de la Réserve Nationale de Chasse et de Faune Sauvage des Bauges

Résumé : Cette étude s’inscrit dans le cadre d’un programme de recherche mis en place simultanément dans trois réserves nationales de chasse et de faune sauvage gérées par l’ONCFS (Orlu, Caroux et Bauges) pour étudier les maladies abortives non réglementées chez les ongulés sauvages et domestiques en cohabitation dans les alpages. Le travail présenté ici correspond à l’étude réalisée dans les Bauges et porte en particulier sur deux maladies : la chlamydophilose abortive et la fièvre Q. La première partie est une revue bibliographique de ces deux maladies qui insiste notamment sur les données relatives aux animaux sauvages. La seconde partie présente le protocole mis en place pour l’étude effectuée dans les Bauges et les résultats qui ont été obtenus. Un historique des maladies abortives et une enquête sérologique ont été réalisés chez les ongulés domestiques qui fréquentent les alpages et les ongulés de montagne présents dans la réserve : chamois (Rupicapra rupicapra) et mouflons (Ovis gmelini). Les résultats révèlent que les ongulés de montagne ont probablement des contacts avec Chlamydophila abortus et Coxiella burnetii car ils réagissent aux tests sérologiques. Ils montrent également que ces maladies sont présentes dans plusieurs troupeaux domestiques qui montent en alpage près de la RNCFS des Bauges. Aucune relation directe n’ayant cependant pu être établie entre les résultats des animaux sauvages et domestiques, l’étude du risque de transmission de maladies abortives entre ces espèces doit être poursuivie. Pour en savoir plus …

Dervaux J. 2012. Cheptel domestique et grande faune sauvage de montagne : risques liés à la transmission d’agents pathogènes et proposition de mesures de prévention dans le Parc national des Écrins

Résumé : Le pastoralisme est profondément ancré dans les pratiques agricoles du département des Hautes-Alpes. Au sein des espaces de montagne protégés, les alpages constituent un lieu privilégié d’interactions entre les cheptels domestiques transhumants (bovins, ovins et caprins) et la faune sauvage de montagne, dont le Chamois et le Bouquetin des Alpes sont des espèces emblématiques. L’objectif de cette étude était, dans un premier temps, de mettre en évidence les risques liés à l’inter-transmission d’agents pathogènes communs entre faunes domestique et sauvage. Nous avons ensuite proposé des mesures de prévention concrètes, applicables au sein du Parc national des Écrins, avec l’élaboration de fiches techniques, dans le but de gérer, au mieux cette cohabitation. Pour en savoir plus …

Mercier A. 2016. Les maladies à tiques à l’interface faune sauvage-ruminants domestiques-homme : détermination de la prévalence des hémopathogènes vectorisés par les tiques parasitant le mouflon (Ovis gmelini musimon x Ovis sp) au sein du massif du Caroux-Espinouse

Résumé : Cette étude a pour but de déterminer la prévalence des principaux pathogènes transmis par les tiques parasitant le mouflon (Ovis gmelini musimon x Ovis sp.) au sein du massif du Caroux-Espinouse. Pour se faire, un échantillonnage de 222 tiques a été réalisé au cours des années 2010, 2012 et 2014 et des PCR ont été réalisées sur chaque échantillon afin de rechercher les pathogènes les plus couramment rencontrés : Borrelia burgdorferi, Babesia sp., Rickettsia sp., Anaplasmataceae, Anaplasma phagocytophilum et Anaplasma marginale. Nos résultats montrent des prévalences similaires aux études qui ont pu être réalisées auparavant au sein d’autres régions de France et d’Europe. Si la présence d’Anaplasma marginale n’a pu être établie dans la région, on retrouve cependant en proportion significative Borrelia burgdorferi et Anaplasma phagocytophilum. Des cartes de distribution spatiale et temporelle ont pu être réalisées et montrent une extension des pathogènes au cours de l’étude, notamment concernant les Anaplasmataceae. Ces résultats nous invitent à nous poser la question de conséquences à la fois économique, par la présence d’élevages de ruminants domestiques dans la région, mais également sanitaire avec la présence de Borrelia burgdorferi et de Babesia venatorum, pathogènes pour l’homme. Pour en savoir plus …

Boisseau V. 2008. Parasitisme digestif et diarrhée chez le chevreuil (Capreolus capreolus). Etude dans trois départements français

Résumé : Suite à l’observation d’un polyparasitisme important et de phénomène de diarrhée chez le Chevreuil, nous avons conduit une étude afin de comparer l’helminthofaune et les lésions histologiques du tube digestif de populations saines et de populations atteinte de diarrhée. Nous en avons conclu que les diarrhées ne sont pas d’origine parasitaire et qu’il n’existe pas de corrélation qualitative ou quantitative entre lésions histologiques et bilans parasitaires. Cependant, les chevreuils diarrhéiques hébergent plus souvent Ostertagia ostertagi que les non diarrhéiques. Cette espèce, habituellement trouvée chez les ruminants domestiques, pourrait être à l’origine de diarrhée, ou être le marqueur d’un problème sous-jacent. Nous avons également trouvé d’autres espèces habituellement trouvées chez les ruminants domestiques et non chez le Chevreuil : Teladorsagia circumcincta, Trichostrongylus colubriformis, Cooperia curticei et Nematodirus battus. Pour en savoir plus…

Gallo F. 2006. Contribution à l’étude des pestivirus chez les chevreuils (Capreolus capreolus) en région Rhône-Alpes et dans le Jura

Résumé : Depuis la fin des années 90, une mortalité anormale est apparue dans les populations de Chevreuils (Capreolus capreolus) en France. Des études ont été menées afin d’étudier ce phénomène, dénommé « MAC » (Mortalité Anormale du Chevreuil). A ce jour, aucune cause n’est identifiée, et plusieurs hypothèses: « surdensité » ou maladie infectieuse immunodépressive (pestivirose, ehrlichiose) ont été avancées, mais non vérifiées. Nous avons effectué, en partenariat avec l’O.N.C.F.S., une recherche de marqueurs d’infection de pestivirus dans les populations de Chevreuils du Jura, de la Loire et du Rhône à l’occasion de la saison de chasse 2005/06. Du matériel biologique a été prélevé sur 151 Chevreuils abattus et analysés par les LDAV locaux (sérologies) et de Chambéry (RT-PCR). Les analyses se sont toutes révélées négatives, mais ne permettent pas d’affirmer l’absence d’une circulation virale dans ces départements, celle-ci pouvait être très faible au moment de l’étude. Pour en savoir plus…

Nevejans Y. 2002. Contribution à l’étude des causes de mortalité du chamois (Rupicapra rupicapra) dans les Alpes du nord

Résumé : Après avoir présenté le fonctionnement de deux réseaux de surveillance sanitaire de la faune sauvage (le réseau SAGIR à l’échelle nationale et le réseau de surveillance sanitaire du Parc national de la Vanoise au niveau local), notre travail consiste d’une part a évaluer la pertinence de ces réseaux et d’autre part a réaliser une synthèse concernant les causes de mortalité du chamois dans les Alpes du Nord, à partir des rapports d’autopsies réalisées au Laboratoire Départemental d’Analyses Vétérinaires de la Savoie pendant 25 ans. Les broncho-pneumonies et les traumatismes sont les causes majeures de mortalité des chamois étudiés, mais la pathologie du chamois semble caractérisée par un « bruit de fond pathologique » qui masque les syndromes réellement impliqués dans la mort. Pour en savoir plus…

Ferry-Wilczek M. 2012. Les infections à SIV chez les primates non-humains : un modèle d’étude pour la compréhension du VIH – SIDA et implication pour la conservation de la biodiversité

Résumé : Près de 30 ans après la découverte du VIH, on estime à 34 millions le nombre de personnes touchées par le SIDA dans le monde. La pandémie continue de tuer chaque année 1,8 millions de personnes. Nous savons aujourd’hui que les virus de l’immunodéficience humaine (VIH) sont issus de la transmission inter-espèces des virus de l’immunodéficience simienne (SIV) infectant naturellement les primates non-humains en Afrique subsaharienne. Le SIVsmm infectant les Mangabeys enfumés est à l’origine du VIH-2, tandis que le SIVcpz infectant les Chimpanzés et le SIVgor des Gorilles des plaines dans la région centre-ouest de l’Afrique sont les ancêtres du VIH-1, responsable de la pandémie du VIH/SIDA. Les virus VIH et SIV étant étroitement apparentés, l’étude des infections naturelles et expérimentales, dans le milieu naturel et en captivité, chez les singes nous permet de mieux comprendre la physiopathologie de l’infection, l’histoire évolutive des virus, mais également d’ouvrir de nouvelles pistes thérapeutiques en s’appuyant sur les mécanismes de défense observés chez les singes pourtant porteurs du SIV mais ne déclarant pas de Syndrome d’Immunodéficience Acquise (SIDA). De plus, le singe étant le modèle animal le plus proche de l’homme, tout nouvel essai thérapeutique doit être testé sur lui avant d’être tenté sur l’homme. Il a été récemment observé que les SIV pouvaient avoir des effets pathogènes chez leurs hôtes naturels. Les espèces de grands singes africains étant pour la plupart menacées, ce facteur doit maintenant être pris en compte dans les efforts pour la conservation des espèces. De plus, l’identification des espèces simiennes pouvant potentiellement transmettre à l’homme de nouveaux variants, l’étude de ces variants et la recherche thérapeutique visant à réduire l’importance de l’infection chez les signes permettraient permettrait également de réduire le risque de voir émerger de nouvelles épidémies de VIH. Pour en savoir plus …

Focquenoy L. 2013. La pestivirose de l’isard, modélisation épidémiologique et analyse de mesures de gestion

Résumé : Depuis les années 2000, l’infection de l’isard par des pestivirus a abouti à différentes situations épidémiologiques en France et en Espagne. La possibilité de franchissement de la barrière d’espèce et de transmission verticale (susceptible d’engendrer un infecté permanent immunotolérant) sont les propriétés majeures des pestivirus. L’isard présente une démographie particulière : elle est saisonnière et les contacts entre individus sont hétérogènes, selon l’âge et le sexe. Si les pestivirus ovins et caprins sont assez bien connus, la compréhension de l’impact d’un pestivirus sur la dynamique d’une population d’isards reste limitée. Une modélisation de la propagation d’un pestivirus dans une population d’isards a été entreprise. Elle représente les connaissances actuelles et permet d’identifier les processus importants qui ont généré les situations épidémiologiques observées. Le modèle a, en outre, permis d’estimer des paramètres épidémiologiques inconnus. Enfin, des mesures de gestion médicale ou sanitaire d’une pestivirose de l’isard ont été évaluées. Le modèle déterministe utilisé montre que la combinaison la plus efficace consiste à vacciner et à tester les animaux simultanément. La chasse ne semble pas avoir d’intérêt dans les conditions de notre étude. La gestion des agents pathogènes en milieu naturel reste, néanmoins, une problématique complexe. L’idéal serait la mise en place de stratégies globales de prévention. Des mesures sanitaires concernant à la fois les animaux sauvages et domestiques permettraient d’anticiper les facteurs de risques d’introduction d’un agent pathogène. Pour en savoir plus …

Freycon P. 2015. Rôle du bouquetin Capra ibex dans épidémiologie de la brucellose à Brucella melitensis en Haute-Savoie 

Résumé : Suite à la découverte en avril 2012 d’un foyer domestique de brucellose à Brucella melitensis dans une exploitation bovine laitière dans le massif du Bargy, le rôle du bouquetin des Alpes Capra ibex a été fortement suspecté dans la ré-émergence de la maladie en Haute Savoie. Notre étude avait pour but d’étudier le rôle de cet ongulé de montagne dans l’épidémiologie de cette zoonose aux enjeux économiques et sanitaires majeurs. Nous avons ainsi évalué le niveau de présence de l’infection et étudié la pathogénie de la brucellose chez le bouquetin à partir des données collectées entre 2012 et 2015 dans le cadre du suivi populationnel et sanitaire mis en œuvre par l’ONCFS. Ce travail d’analyse permet de mieux comprendre dans quelle mesure l’infection brucellique évolue de manière autonome au sein de la population de bouquetins du massif du Bargy. Néanmoins, la mise en parallèle de ces résultats avec les investigations menées sur les interactions avec les cheptels domestiques s’avère indispensable dans l’évaluation du risque de transmission interspécifique que représente ce foyer sauvage. Pour en savoir plus …

Chamoin A. 2017. Étude de la circulation du virus Schmallenberg (SBV) dans la population de chevreuils (Capreolus capreolus) du département du Rhône

Résumé : L’émergence du virus Schmallenberg (SBV) en Europe est une bonne illustration de la difficulté pour les acteurs de la santé publique vétérinaire à gérer une maladie vectorielle ayant une large gamme d’hôte, surtout quand la faune sauvage est également touchée. Cette difficulté est d’autant plus grande que l’agent pathogène est émergent, et que les connaissances sur ses conséquences sanitaires sont inconnues, comme c’était le cas pour le virus SBV. Dans cette situation d’incertitude, de nombreuses études ont entrepris d’étudier la circulation de ce nouveau virus au sein des populations de ruminants sauvages. Dans le département du Rhône, l’intérêt scientifique d’une telle étude a rencontré l’intérêt d’acteurs de terrains sur la question d’un impact potentiel du virus SBV sur la dynamique des populations de chevreuils. L’étude présentée dans cette thèse avait pour but d’explorer la circulation du virus SBV dans la population de chevreuils du Rhône ; et d’évaluer s’il pouvait être à l’origine de la baisse du nombre de jeunes observés par certains gestionnaires de territoires de chasse durant la saison de chasse 2011-2012. Ce projet, mené durant quatre saisons de chasse consécutives (de 2012 à 2016) a permis d’identifier que le virus SBV était effectivement présent sur le territoire du département en 2012, et qu’il a continué à circuler dans la population de chevreuils jusqu’à la fin de l’étude (2016). Les résultats des analyses sérologiques sont similaires à ceux trouvés dans d’autres études chez la faune sauvage. Cette étude ne permet cependant pas de statuer sur un éventuel impact de la circulation de ce virus sur la dynamique de la population de chevreuils. Pour en savoir plus …

Vuillermoz L. 2004. Étude du botulisme aviaire dans le cadre d’un lac artificiel urbain

Résumé : Le Parc de la Tête d’Or est le cadre d’une importante mortalité d’oiseaux due au botulisme aviaire. Dans un premier temps, nous avons réalisé une étude bibliographique afin de déterminer les spécificités du germe responsable et les critères de risques environnementaux. Ensuite, l’étude de terrain et l’analyse des données collectées nous ont permis de trouver un paramètre de contrôle et de fixer un seuil d’alerte. Enfin, nous avons cherché au travers de l’étude de l’écosystème lac eutrophe les différents moyens de lutte et de prévention. Pour en savoir plus …

Burnet J. 2007. Séroprévalence de Toxoplasma gondii dans les populations naturelles d’ongulés de montagne : étude rétrospective et comparaison des tests sérologiques ELISA et MAT

Résumé : Notre travail a consisté en tester avec le test MAT des sérums d’ongulés de montagne (chamois, mouflon, isard, bouquetin) déjà testés avec le test ELISA et d’analyser les résultats en fonction du test utilisé, de l’âge, du sexe et de l’année de prélèvement, ainsi que d’isoler une souche afin d’en déterminer le génotype. Pour en savoir plus …

Matrat P. 2014. Évolution de la situation épidémiologique de la tuberculose bovine en Côte-d’Or de 2009 à 2013

Résumé : La tuberculose bovine à Mycobacterium bovis est une maladie infectieuse zoonotique pour laquelle la France a obtenu le statut officiellement indemne en 2001, après cinquante ans de lutte. A partir de 2004, la découverte de nouveaux cas dans plusieurs départements français et au sein de la faune sauvage (cervidés, sangliers, blaireaux) a remis cette maladie dans l’actualité. Contrairement au passé, peu de signes cliniques et lésionnels sont observés et le dépistage de la tuberculose est basé sur des tests dont la sensibilité et la spécificité ne sont pas parfaites, mais également sur la mise en place d’enquêtes épidémiologiques en amont et en aval d’un foyer pour retracer la circulation de l’infection. La Côte-d’Or est un département touché par cette recrudescence. L’objectif était de dresser un bilan de la situation épidémiologique en vue de l’évaluation des mesures de surveillance et de gestion de la tuberculose bovine, ainsi que pour l’optimisation de celles-ci. Les résultats obtenus sur les cent-treize foyers identifiés entre 2009 et 2013 mettent en évidence un taux de prévalence sur les cheptels compris entre 1,4 et 2,7% par an au cours de la période étudiée. L’identification des bactéries isolées dans les foyers révèle la présence de deux souches réparties au sein de l’ouest du département dans deux zones distinctes. La prophylaxie annuelle reste le principal moyen de détection des foyers mais l’origine de la contamination est difficilement identifiable dans la majorité des cas. Pour en savoir plus …

Jourdain E. 2003. Étude des maladies abortives non réglementées chez les ongulés sauvages et domestiques de la Réserve Nationale de Chasse et de Faune Sauvage des Bauges

Résumé : Cette étude s’inscrit dans le cadre d’un programme de recherche mis en place simultanément dans trois réserves nationales de chasse et de faune sauvage gérées par l’ONCFS (Orlu, Caroux et Bauges) pour étudier les maladies abortives non réglementées chez les ongulés sauvages et domestiques en cohabitation dans les alpages. Le travail présenté ici correspond à l’étude réalisée dans les Bauges et porte en particulier sur deux maladies : la chlamydophilose abortive et la fièvre Q. La première partie est une revue bibliographique de ces deux maladies qui insiste notamment sur les données relatives aux animaux sauvages. La seconde partie présente le protocole mis en place pour l’étude effectuée dans les Bauges et les résultats qui ont été obtenus. Un historique des maladies abortives et une enquête sérologique ont été réalisés chez les ongulés domestiques qui fréquentent les alpages et les ongulés de montagne présents dans la réserve : chamois (Rupicapra rupicapra) et mouflons (Ovis gmelini). Les résultats révèlent que les ongulés de montagne ont probablement des contacts avec Chlamydophila abortus et Coxiella burnetii car ils réagissent aux tests sérologiques. Ils montrent également que ces maladies sont présentes dans plusieurs troupeaux domestiques qui montent en alpage près de la RNCFS des Bauges. Aucune relation directe n’ayant cependant pu être établie entre les résultats des animaux sauvages et domestiques, l’étude du risque de transmission de maladies abortives entre ces espèces doit être poursuivie. Pour en savoir plus …

Grege O. 2007. Contribution à l’étude d’un épisode de mortalité survenu chez les dauphins bleu et blanc (Stenella coeruleoalba) en 2003 en Languedoc-Roussillon

Résumé : Durant l’automne 2003, un nombre anormalement élevé de dauphins bleu et blanc (Stenella coeruleoalba) s’est échoué sur les côtes du Languedoc-Roussillon. Les individus autopsiés alors présentaient des lésions de pneumonie et d’entérite compatibles avec une infection par le DMV, un Morbillivirus qui a fait des milliers de victimes entre 1990 et 1992 chez ces dauphins en Méditerranée. Les analyses effectuées pour rechercher cet agent pathogène n’ont pas été fructueuses, les causes des échouages étant plurifactorielles, donc difficiles à déterminer. Pour en savoir plus …

Dervaux J. 2012. Cheptel domestique et grande faune sauvage de montagne : risques liés à la transmission d’agents pathogènes et proposition de mesures de prévention dans le Parc national des Écrins

Résumé : Le pastoralisme est profondément ancré dans les pratiques agricoles du département des Hautes-Alpes. Au sein des espaces de montagne protégés, les alpages constituent un lieu privilégié d’interactions entre les cheptels domestiques transhumants (bovins, ovins et caprins) et la faune sauvage de montagne, dont le Chamois et le Bouquetin des Alpes sont des espèces emblématiques. L’objectif de cette étude était, dans un premier temps, de mettre en évidence les risques liés à l’inter-transmission d’agents pathogènes communs entre faunes domestique et sauvage. Nous avons ensuite proposé des mesures de prévention concrètes, applicables au sein du Parc national des Écrins, avec l’élaboration de fiches techniques, dans le but de gérer, au mieux cette cohabitation. Pour en savoir plus …

Desmarais E. 2015. Les virus émergents des deux dernières décennies

Résumé : L’émergence de virus est un phénomène ancien et complexe. Des virus ont toujours émergé mais la complexification du monde moderne joue un rôle de plus en plus important dans ces émergences. L’émergence d’un virus est régie par différents mécanismes. Les facteurs favorisant ces émergences sont nombreux. On peut les classer en trois grandes catégories, des facteurs anthropiques, des facteurs mixtes et des facteurs naturels. Les facteurs anthropiques regroupent des facteurs sociaux-politiques et comportementaux, les mouvements humains et commerciaux et les mesures sanitaires. Les facteurs mixtes correspondent aux changements écologiques. Les facteurs naturels regroupent les changements microbiologiques des virus. On dénombre quatorze virus émergents lors de ces deux dernières décennies. Deux virus sont d’intérêt vétérinaire uniquement, le virus de la Fièvre Catarrhale Ovine et le virus Schmallenberg, cinq virus touchent une population animale et l’Homme, les virus Influenza, le virus Ebola, le virus West-Nile, le virus Hendra, le virus de la fièvre de la Vallée du Rift, et sept virus sont des virus d’intérêt humain, le virus de la Dengue, le virus Chikungunya, le virus de l’encéphalite à tiques, les coronavirus du SRAS et du MERS, le virus Nipah et les Hantavirus. La compréhension des mécanismes d’émergence, la connaissance de ces facteurs favorisant l’émergence et des grandes caractéristiques de ces maladies virales pourrait permettre une meilleure prévision et reconnaissance de ces émergences et par conséquent une meilleure protection des populations. Pour en savoir plus …

Mercier A. 2016. Les maladies à tiques à l’interface faune sauvage-ruminants domestiques-homme : détermination de la prévalence des hémopathogènes vectorisés par les tiques parasitant le mouflon (Ovis gmelini musimon x Ovis sp) au sein du massif du Caroux-Espinouse

Résumé : Cette étude a pour but de déterminer la prévalence des principaux pathogènes transmis par les tiques parasitant le mouflon (Ovis gmelini musimon x Ovis sp.) au sein du massif du Caroux-Espinouse. Pour se faire, un échantillonnage de 222 tiques a été réalisé au cours des années 2010, 2012 et 2014 et des PCR ont été réalisées sur chaque échantillon afin de rechercher les pathogènes les plus couramment rencontrés : Borrelia burgdorferi, Babesia sp., Rickettsia sp., Anaplasmataceae, Anaplasma phagocytophilum et Anaplasma marginale. Nos résultats montrent des prévalences similaires aux études qui ont pu être réalisées auparavant au sein d’autres régions de France et d’Europe. Si la présence d’Anaplasma marginale n’a pu être établie dans la région, on retrouve cependant en proportion significative Borrelia burgdorferi et Anaplasma phagocytophilum. Des cartes de distribution spatiale et temporelle ont pu être réalisées et montrent une extension des pathogènes au cours de l’étude, notamment concernant les Anaplasmataceae. Ces résultats nous invitent à nous poser la question de conséquences à la fois économique, par la présence d’élevages de ruminants domestiques dans la région, mais également sanitaire avec la présence de Borrelia burgdorferi et de Babesia venatorum, pathogènes pour l’homme. Pour en savoir plus …

Jalenques M. 2015. Modélisation de la rage vulpine dans le sud de l’Ontario (Canada)

Résumé : La rage est une zoonose mortelle d’importance mondiale en santé publique, impliquant parfois des réservoirs sauvages comme le Renard roux. La modélisation est l’un des outils utilisés pour mieux comprendre les dynamiques de la rage et tester différentes stratégies de contrôle. Les modèles épidémiologiques récents tendent à avoir une approche basée sur l’individu et à prendre en compte la dimension spatiale, dans le but d’être plus représentatifs de la réalité et d’aborder des questions épidémiologiques précises dans un contexte donné. L’une de ces questions concerne l’effet de l’hétérogénéité du paysage sur les dynamiques de la maladie. Cette thèse s’intéresse plus particulièrement au Sud de l’Ontario (Canada), où la souche arctique du virus rabique s’est maintenue une trentaine d’année chez le Renard roux et dont l’hétérogénéité spatiale est considérée comme un facteur de persistance. Un modèle de simulation à agents, spatialisé et stochastique, a été utilisé dans cette étude. La capacité du modèle à être adapté au Renard a été examinée et des améliorations ont été proposées. A l’aide du modèle, l’hétérogénéité spatiale a été représentée par l’ajout de barrières physiques et d’une densité de population hétérogène, puis son effet sur les dynamiques de la rage a été testé dans le contexte du Sud de l’Ontario. Ce modèle pourra ensuite être validé par une analyse de sensibilité et une confrontation avec les données de terrain, puis utilisé plus largement pour évaluer le risque de résurgence de la rage dans l’Est du Canada. Pour en savoir plus …

Marquetoux N. 2010. Analyse de risque de transmission de virus influenza de l’avifaune sauvage aux poulets de chair élevés en plein air dans le département de l’Ain

Résumé : L’étude de l’Influenza aviaire est devenue un enjeu majeur pour la pérennité des productions animales avicoles mais aussi en termes de santé publique. Bien qu’il existe des données concernant l’épidémiologie de l’Influenza chez les oiseaux sauvages, les connaissances des interactions entre oiseaux de rente et avifaune sauvage sont très limitées. Cette analyse de risque de transmission de virus IA de l’avifaune sauvage aux poulets élevés sur parcours dans le département de l’Ain permet de dresser une liste d’espèces prioritaires pouvant représenter un danger non négligeable pour les volailles domestiques. Cela peut aider à générer des modèles mathématiques prévisionnels pour servir de cadre à une collecte de données de terrain qui permettra d’aller plus avant dans l’analyse. Pour en savoir plus…

Cordier M. 2010. Les maladies transmissibles du lapin de garenne (Oryctolagus cuniculus) en liberté

Résumé : D’après notre revue de la littérature, c’est la myxomatose qui aurait le plus d’impact sur les populations de lapins de garenne (Oryctolagus cuniculus). Les formes aiguës sont rares ; toutefois, le caractère immunosuppresseur du virus favorise l’expression d’autres maladies. La calicivirose hémorragique est moins fréquente, mais peut provoquer localement une forte mortalité en cas d’épizootie. Enfin, les coccidies sont les agents pathogènes les plus fréquemment rencontrés, mais ils sont en général bien tolérés. Le repeuplement, réalisé par capture de lapins puis relâcher dans un autre habitat, permet de renforcer des populations jugées trop faibles. Ces modifications environnementales et alimentaires perturbent l’équilibre de la flore digestive, et provoquent des entérites d’adaptation. Ces diarrhées, souvent multi-étiologiques, vont fragiliser le lapin ; elles représentent la principale cause de mortalité à court terme à envisager dans une analyse de risque sanitaire, lors d’un lâcher. Pour en savoir plus…

Millerioux M. 2010. Contribution à la création d’un réseau de surveillance épidémiologique des amphibiens de France. A propos des infections à Batrachochytrium dendrobatidis et aux Ranavirus

Résumé : A l’heure actuelle, un tiers des espèces d’amphibiens répertoriées dans le monde est menacé d’extinction. Quoique multifactoriels, ces déclins semblent liés significativement à des maladies telles que les infections à Batrachochytrium dendrobatidis et aux Ranavirus, maladies à déclaration obligatoire auprès de l’OIE. Des herpétologistes français ainsi que le programme européen RACE souhaitent la création d’un réseau d’épidémiosurveillance dédié aux amphibiens de France. Cette thèse apporte un ensemble de propositions face aux enjeux scientifiques, humains et logistiques soulevés par ce projet. Elle présente plusieurs options concrètes et adaptables en fonction des objectifs souhaités et des moyens disponibles. Pour en savoir plus…

Perrot P. 2007. De l’influence de l’infection par le FeLV sur le parasitisme du chat forestier (Felis silvestris silvestris, Schreber, 1777)

Résumé : L’objectif de notre travail est d’étudier l’influence de l’immunodéficience induite par le virus de la leucose (FeLV) sur le parasitisme digestif et à excrétion fécale du chat, à partir d’un échantillon de chats forestiers et harets. Après avoir prouvé que les chats infectés par le virus de la leucose souffrent d’immunodéficience, nous montrons que les chats infectés sont plus fréquemment excréteurs d’œufs de Taenidés que les chats non infectés. Nous constatons également que, parmi les chats infestés par Toxocara cati et Taenia taeniaformis au stade adulte, les chats infectés portent environ deux fois plus de parasites que les individus non infectés. Enfin, nous observons que la diversité parasitaire rencontrée chez les chats infectés ne diffère pas de celle des chats non infectés. L’immunodéficience induite par le FeLV affecte donc le parasitisme digestif, sans favoriser de façon préférentielle certaines espèces parasitaires. Pour en savoir plus…

Gallo F. 2006. Contribution à l’étude des pestivirus chez les chevreuils (Capreolus capreolus) en région Rhône-Alpes et dans le Jura

Résumé : Depuis la fin des années 90, une mortalité anormale est apparue dans les populations de Chevreuils (Capreolus capreolus) en France. Des études ont été menées afin d’étudier ce phénomène, dénommé « MAC » (Mortalité Anormale du Chevreuil). A ce jour, aucune cause n’est identifiée, et plusieurs hypothèses: « surdensité » ou maladie infectieuse immunodépressive (pestivirose, ehrlichiose) ont été avancées, mais non vérifiées. Nous avons effectué, en partenariat avec l’O.N.C.F.S., une recherche de marqueurs d’infection de pestivirus dans les populations de Chevreuils du Jura, de la Loire et du Rhône à l’occasion de la saison de chasse 2005/06. Du matériel biologique a été prélevé sur 151 Chevreuils abattus et analysés par les LDAV locaux (sérologies) et de Chambéry (RT-PCR). Les analyses se sont toutes révélées négatives, mais ne permettent pas d’affirmer l’absence d’une circulation virale dans ces départements, celle-ci pouvait être très faible au moment de l’étude. Pour en savoir plus…

Doctrinal D. 2004. Analyse épidémiologique spatiale et temporelle des zoonoses émergentes. Exemple : modèle de propagation du virus de la fièvre du Nil Occidental

Résumé : L’analyse épidémiologique des zoonoses émergentes nécessite quasi systématiquement une étape de modélisation afin de mieux comprendre la dynamique des processus impliqués. La fièvre du Nil Occidental est une arbovirose cosmopolite encore mal comprise en France. L’étude de cette maladie en est donc à la modélisation du risque de propagation du virus dans les populations concernées. La fièvre du Nil Occidental est considérée comme une zoonose vectorielle émergente dont l’expansion est liée à des modifications environnementales influençant l’écologie des différents hôtes. Cette thèse s’intéresse plus particulièrement au rôle des oiseaux sauvages réservoirs dans le risque de propagation de la maladie. Le choix du Héron gardeboeufs comme espèce étudiée était nécessaire mais ne préjuge toutefois pas de son rôle réel dans l’écologie de la maladie en Camargue. La modélisation du risque de propagation du virus dans la population de Hérons gardeboeufs s’est faite à plusieurs échelles : d’abord locale et spatiale afin de paramétrer le risque d’exposition au contact infectieux par un indicateur d’occupation de l’espace puis temporelle en étudiant la dynamique de propagation du virus au sein d’une population théorique de Hérons gardeboeufs et enfin de la population par la conceptualisation d’un modèle épidémiologique permettra d’obtenir des dynamiques simulées de l’infection dans une population structurée en classe d’âge. Une fois le risque paramétré spatialement, temporellement et à l’échelle de la population, nous pourrons tester la probabilité d’introduction et de propagation du virus vers le Nord dans l’éventualité d’un envahissement de l’Europe. Pour en savoir plus…

Simon A. 2003. Les pinnipèdes, bilan infectieux et risque de propagation d’un agent pathogène par les activités humaines dans les populations antarctiques

Résumé : Les épizooties chez les pinnipèdes (phoques, morses et otaries) font l’objet de récentes et nombreuses études. Une synthèse bibliographique présente leurs maladies virales et bactériennes ; l’analyse épidémiologique des différents évènements infectieux permet de dégager les principaux facteurs de risque. Le statut sanitaire des populations antarctiques de pinnipèdes est très peu connu et leurs effectifs sont en plein accroissement ; le risque d’introduction et de propagation d’un agent pathogène par les activités humaines, au sein de ces populations, a été estimé important, ce qui justifie la nécessité d’appliquer avec rigueur des mesures préventives pour la protection de ces espèces. Pour en savoir plus…

Rouland J. 2012. Contribution des activités économiques à la recherche sur les cétacés

Résumé : Les cétacés sont des sujets d’étude de recherche depuis l’Antiquité mais ils représentent aussi une valeur économique importante, soit pour leur viande, soit pour leur attrait touristique. En 2011, les études utilisant les sujets d’étude des Cétacés exploités par une activité économique représentaient 13% des publications. L’objectif de ce travail est d’analyser le lien entre l’exploitation économique et la recherche sur les Cétacés. Pour chaque activité économique (chasse baleinière, captivité et Whale Watching), les domaines de recherche sont identifiés, les méthodes et les résultats obtenus sont illustrés par des exemples. La synthèse permet de comparer l’apport de chaque activité à la recherche et de le mettre en perspective par rapport à des recherches non commerciales. Pour en savoir plus …

Duret M. 2016. Première étude des populations de baleines à bosse de la région nord-ouest de Madagascar

Résumé : L’intérêt porté aux baleines à bosse est dû en partie à leur migration. En effet, chaque année elles parcourent de grandes distances afin de faire naître leur petit dans les eaux chaudes et repartent ensuite vers les cercles polaires afin de se nourrir. Les études sont surtout réalisées dans l’hémisphère Nord. Concernant l’hémisphère Sud, des zones de reproduction ont été décrites à partir de la pêche et des quelques données disponibles. Il existe 7 stocks distincts. Les populations du stock C sont divisées en 4 : la côte Est de l’Afrique jusqu’au Mozambique, l’archipel des Comores, les côtes Sud et Est de Madagascar et les îles Mascareignes. Les baleines migrant à Madagascar sont décrites essentiellement sur la côte Est. C’est pour cette raison que l’association Cétamada a décidé de réaliser la première collecte de données sur la côte Nord-Ouest au niveau de Majunga en 2014. Des baleines sont présentes de juillet à fin novembre avec un pic en août et septembre. Des photo-identifications ont été réalisées entre mi-juillet et mi-août. Des individus seuls, des paires, des groupes mais aussi des baleineaux ont été observés dans une zone restreinte. Ces données sont en accord avec des précédentes recherches. Ainsi la répartition du stock C pourrait être remise en cause. Pour en savoir plus …

Grege O. 2007. Contribution à l’étude d’un épisode de mortalité survenu chez les dauphins bleu et blanc (Stenella coeruleoalba) en 2003 en Languedoc-Roussillon

Résumé : Durant l’automne 2003, un nombre anormalement élevé de dauphins bleu et blanc (Stenella coeruleoalba) s’est échoué sur les côtes du Languedoc-Roussillon. Les individus autopsiés alors présentaient des lésions de pneumonie et d’entérite compatibles avec une infection par le DMV, un Morbillivirus qui a fait des milliers de victimes entre 1990 et 1992 chez ces dauphins en Méditerranée. Les analyses effectuées pour rechercher cet agent pathogène n’ont pas été fructueuses, les causes des échouages étant plurifactorielles, donc difficiles à déterminer. Pour en savoir plus …

Simon A. 2003. Les pinnipèdes, bilan infectieux et risque de propagation d’un agent pathogène par les activités humaines dans les populations antarctiques

Résumé : Les épizooties chez les pinnipèdes (phoques, morses et otaries) font l’objet de récentes et nombreuses études. Une synthèse bibliographique présente leurs maladies virales et bactériennes ; l’analyse épidémiologique des différents évènements infectieux permet de dégager les principaux facteurs de risque. Le statut sanitaire des populations antarctiques de pinnipèdes est très peu connu et leurs effectifs sont en plein accroissement ; le risque d’introduction et de propagation d’un agent pathogène par les activités humaines, au sein de ces populations, a été estimé important, ce qui justifie la nécessité d’appliquer avec rigueur des mesures préventives pour la protection de ces espèces. Pour en savoir plus…

Artois M, Gardon S et Mialet S; Avec la collaboration des groupes de travail GEST et GEPP composés de Balon C, Delarue A,  Lemaistre M-C, Renault H, Revollal B, Riverola N et Sevestre H. 2016-2017. Crises sanitaires impliquant la faune sauvage

L’ENSV a accompagné le Groupe de travail 1 « santé et biodiversité » du Plan National Santé Environnement 3 (commanditaire : Ministère de l’Environnement, de l’Énergie et de la Mer) pour réaliser une étude afin d’identifier les modalités de retour d’expérience partagée, les conditions de gestion des risques sanitaires impliquant la faune sauvage limitant l’occurrence de crise, et enfin les actions préventives à proposer aux ministères en vue de la définition de leur stratégie en amont de la crise. Cette étude a permis la production d’un rapport du Groupe d’étude scientifique et technique (GEST), comprenant une synthèse bibliographique et un panorama des différentes crises impliquant la faune et la flore sauvage jusque 2016, puis d’un rapport du Groupe d’étude des politiques publiques (GEPP) résultant de l’étude approfondie de 4 crises : Barry, Lyme, Ambroisie, Influenza, et une synthèse finale réalisée par Marc Artois, Sébastien Gardon et Sylvie Mialet.

Alyre L. 2006. Contribution à l’étude de la perception sociale lors de réintroductions de prédateurs : analyse et synthèse à partir d’une enquête menée sur la loutre d’Europe (Lutra lutra) dans la Drôme

Résumé : Lors de projets de réintroductions, il existe de nombreux éléments à prendre en compte pour que celui-ci réussisse et permette ainsi de repeupler certains habitats par des animaux jusque là disparus. Une des principales mesures à étudier est l’aspect social de ces réintroductions, à savoir la perception qu’à l’homme du retour de l’animal considéré. Les principales difficultés se retrouvent le plus souvent à ce niveau, d’autant plus lorsque que l’on parle de prédateurs. Se pose alors le problème de la gestion de la cohabitation entre l’homme et l’animal. A partir de l’exemple de la perception de la loutre d’Europe (Lutra lutra) par les habitants de la Drôme, les principales difficultés rencontrées lors de réintroductions de prédateurs sont dégagées en prenant appui également sur les expériences vécues avec le lynx boréal (Lynx lynx), le loup (Canis lupus) et l’ours brun (Ursus arctos). Pour en savoir plus …

Manetti L. 2010. Contribution à l’analyse des dommages imputés au vautour fauve (Gyps fulvus) sur le cheptel français : le rôle des vétérinaires

Résumé : Le Vautour fauve (Gyps fulvus) est un rapace nécrophage qui vit en colonies dans plusieurs départements du sud de la France. Si jusqu’alors, ces  » équarrisseurs naturels  » connus essentiellement pour leur régime alimentaire charognard étaient les meilleurs alliés des éleveurs, ils sont aujourd’hui accusés par ces derniers d’attaquer le bétail vivant. Suite à une médiatisation importante de ces dommages dans les Pyrénées françaises, l’état a sollicité la profession vétérinaire pour la réalisation d’expertises afin de mieux comprendre la part de responsabilité de ces oiseaux. L’objectif de cette thèse est de présenter le rôle des vétérinaires dans l’analyse des dommages attribués au Vautour fauve en France. Pour cela nous avons choisi dans un premier temps de réaliser une enquête d’opinion en 2007-2008 auprès des praticiens des départements hébergeant cette espèce de vautour. Le fonctionnement et les résultats du  » réseau expertise-vautour  » sont ensuite détaillés, avant de dresser le bilan de la crise vautour en France. Ce qui nous mènera à étudier les origines possibles de cette crise et les solutions envisagées pour la gérer. Pour en savoir plus …

Mortamais S. 2011. Origine de la peur du loup et son évolution au sein de l’Europe

Résumé : Le loup a toujours eu la part belle dans la littérature. Depuis la mythologie jusqu’au Moyen Age, la vision de l’homme vis-à-vis de lui a pris un pas totalement différent. Tantôt haï, tantôt admiré, il ne laisse pas indifférent. Mais qu’est ce qui fait pencher la balance vers le côté sombre ? Les plus grandes mythologies, les plus connues, admirent le loup pour sa liberté et son caractère de chasseur, mais l’on apprend également à le craindre. A partir du Moyen âge, pour prendre le contre-pied avec les anciens dieux, le catholicisme décide de le diaboliser : il incarne maintenant le mal absolu, le diable, la fourberie, la noirceur, que l’on oppose à la blancheur, la candeur et l’innocence de l’agneau. A partir de là, la guerre contre le loup est déclarée. Jusqu’au XXIème siècle, il sera éradiqué par tous les moyens, tous les plus astucieux les uns que les autres. La haine de cet animal ne touche pas que les adultes : elle est inculquée dès la plus tendre enfance, à travers les contes où il incarne le plus grand méchant attitré de tous les temps. Même aujourd’hui, alors que le loup n’est plus qu’un lointain souvenir, il effraie les enfants, monstre aux longues dents qui tire la chevillette… Cependant, cette vision change petit à petit, avec les gestes écologiques. Il fait partie de notre monde et de la chaîne alimentaire, il a donc sa place dans nos contrées. Mais sa présence engendre de nombreux frais, notamment chez les éleveurs, qui s’étaient bien accommodés de son absence. Mais ceci reste un fait, le loup est de retour parmi nous, et s’y plait bien. Mais la cohabitation Homme-Loup est-elle encore possible où tout notre environnement a subi la griffe de l’homme ? Pour en savoir plus …

Dervaux J. 2012. Cheptel domestique et grande faune sauvage de montagne : risques liés à la transmission d’agents pathogènes et proposition de mesures de prévention dans le Parc national des Écrins

Résumé : Le pastoralisme est profondément ancré dans les pratiques agricoles du département des Hautes-Alpes. Au sein des espaces de montagne protégés, les alpages constituent un lieu privilégié d’interactions entre les cheptels domestiques transhumants (bovins, ovins et caprins) et la faune sauvage de montagne, dont le Chamois et le Bouquetin des Alpes sont des espèces emblématiques. L’objectif de cette étude était, dans un premier temps, de mettre en évidence les risques liés à l’inter-transmission d’agents pathogènes communs entre faunes domestique et sauvage. Nous avons ensuite proposé des mesures de prévention concrètes, applicables au sein du Parc national des Écrins, avec l’élaboration de fiches techniques, dans le but de gérer, au mieux cette cohabitation. Pour en savoir plus …

Ailloud J. 2012. Le retour du loup (Canis lupus) en France, vingt ans après. Enjeux scientifiques, socio-économiques et politiques en 2012. Cas particulier des Alpes-Maritimes

Rollot T. 2006. Problèmes posés par le retour du loup (Canis lupus Linnaeus, 1758) dans le Parc National du Mercantour. Analyse économique de la littérature et de données récentes disponibles en France

Résumé : Le retour du loup en 1992 dans le Parc National du Mercantour, après plus de cinquante ans d’absence, a déclenché un débat national passionné autour de sa coexistence avec le pastoralisme ovin extensif, dans lequel beaucoup d’arguments économiques sont avancés. Dans la situation actuelle de crise de la filière ovine, le surcoût représenté par la prédation et par la mise en place de mesures de protection adaptées est jugé inacceptable par les éleveurs, tant sur le plan économique que psychologique. Si les pertes imputables au loup ne sont effectivement pas négligeables, elles ne doivent pas masquer les autres contraintes inhérentes à la profession d’éleveur. A l’image des pays frontaliers comme l’Espagne et l’Italie, chez qui le loup n’a jamais disparu, un retour à des techniques pastorales anciennes permettrait de réduire la prédation sur le cheptel à un seuil acceptable. Pour en savoir plus…

Bourlat M. 2017. Estimation de l’abondance des félins. Application aux panthères des neiges

Résumé : A l’heure où la biodiversité connait un déclin sans précédent, les félins ne font pas exception et subissent des pressions humaines, environnementales et climatiques. Les études fiables permettant de connaitre l’abondance et les besoins de ces espèces manquent, or elles sont fondamentales à la mise en place de mesures de conservation ciblées et efficaces.
La panthère des neiges, Panthera uncia, est un exemple d’espèce de félin méconnue. Son étude est particulièrement difficile car elle est discrète, farouche, vit à faible densité de population dans des espaces très vastes, peu accessibles, aux conditions climatiques difficiles.
L’étude de la panthère des neiges dans la réserve de Sarychat Ertash au Kirghizistan est une contribution à la collaboration internationale pour la connaissance et la protection de cette espèce. Les données récoltées de 2009 à 2015 par OSI Panthera (indices de présence, piégeage photographique, analyses génétiques sur fèces) n’ont pas permis d’estimer une abondance dans la réserve mais attestent de la présence régulière et stable de la panthère des neiges au cours de la période de suivi et apportent des éléments de compréhension du comportement des panthères. Les analyses génétiques sur fèces prélevées quatre années consécutives ont montré le passage de trente-deux individus différents.
Un travail important reste à faire, comme mettre en place un protocole de prospection plus rigoureux dans l’objectif d’estimer une abondance réelle, l’identification des panthères des neiges sur les photographies et le couplage de cette identification avec les analyses génétiques. Pour en savoir plus …

Alyre L. 2006. Contribution à l’étude de la perception sociale lors de réintroductions de prédateurs : analyse et synthèse à partir d’une enquête menée sur la loutre d’Europe (Lutra lutra) dans la Drôme

Résumé : Lors de projets de réintroductions, il existe de nombreux éléments à prendre en compte pour que celui-ci réussisse et permette ainsi de repeupler certains habitats par des animaux jusque là disparus. Une des principales mesures à étudier est l’aspect social de ces réintroductions, à savoir la perception qu’à l’homme du retour de l’animal considéré. Les principales difficultés se retrouvent le plus souvent à ce niveau, d’autant plus lorsque que l’on parle de prédateurs. Se pose alors le problème de la gestion de la cohabitation entre l’homme et l’animal. A partir de l’exemple de la perception de la loutre d’Europe (Lutra lutra) par les habitants de la Drôme, les principales difficultés rencontrées lors de réintroductions de prédateurs sont dégagées en prenant appui également sur les expériences vécues avec le lynx boréal (Lynx lynx), le loup (Canis lupus) et l’ours brun (Ursus arctos). Pour en savoir plus …

Mortamais S. 2011. Origine de la peur du loup et son évolution au sein de l’Europe

Résumé : Le loup a toujours eu la part belle dans la littérature. Depuis la mythologie jusqu’au Moyen Age, la vision de l’homme vis-à-vis de lui a pris un pas totalement différent. Tantôt haï, tantôt admiré, il ne laisse pas indifférent. Mais qu’est ce qui fait pencher la balance vers le côté sombre ? Les plus grandes mythologies, les plus connues, admirent le loup pour sa liberté et son caractère de chasseur, mais l’on apprend également à le craindre. A partir du Moyen âge, pour prendre le contre-pied avec les anciens dieux, le catholicisme décide de le diaboliser : il incarne maintenant le mal absolu, le diable, la fourberie, la noirceur, que l’on oppose à la blancheur, la candeur et l’innocence de l’agneau. A partir de là, la guerre contre le loup est déclarée. Jusqu’au XXIème siècle, il sera éradiqué par tous les moyens, tous les plus astucieux les uns que les autres. La haine de cet animal ne touche pas que les adultes : elle est inculquée dès la plus tendre enfance, à travers les contes où il incarne le plus grand méchant attitré de tous les temps. Même aujourd’hui, alors que le loup n’est plus qu’un lointain souvenir, il effraie les enfants, monstre aux longues dents qui tire la chevillette… Cependant, cette vision change petit à petit, avec les gestes écologiques. Il fait partie de notre monde et de la chaîne alimentaire, il a donc sa place dans nos contrées. Mais sa présence engendre de nombreux frais, notamment chez les éleveurs, qui s’étaient bien accommodés de son absence. Mais ceci reste un fait, le loup est de retour parmi nous, et s’y plait bien. Mais la cohabitation Homme-Loup est-elle encore possible où tout notre environnement a subi la griffe de l’homme ? Pour en savoir plus …

Azaïs C. 2017. Analyse rétrospective de la contamination de la loutre d’Europe (Lutra lutra) par les polluants organiques persistants, les éléments traces métalliques et les anticoagulants dans le bassin versant de la Loire, de 1994 à 2014

Résumé : La loutre d’Europe, par son rang de super-prédateur et sa capacité à bio-accumuler de nombreuses substances toxiques, constitue un bon indicateur du niveau de pollution des milieux aquatiques.
L’objectif de notre étude est d’établir les niveaux de contamination ainsi que les conséquences éventuelles sur les populations de loutres, mais aussi de dégager des tendances géographiques et temporelles pour un nombre choisi de polluants : des polluants organiques persistants (PCBs, DDTs, lindane), des éléments traces métalliques (plomb, cadmium, cuivre, mercure, arsenic), et des anticoagulants (bromadiolone, chlorophacinone, difénacoum). Nous avons rassemblé, dans un seul jeu de données, l’ensemble des analyses de foies et de reins de loutres qui ont été faites entre 1994 et 2014 dans dix-huit départements français situés, pour la plupart, dans le bassin versant de la Loire.
Dans un premier temps, nous avons décrit la biologie de la loutre et l’évolution de ses populations. Dans un deuxième temps, nous avons fait un point sur les outils d’évaluation utilisés en écotoxicologie ainsi que sur les lois pour la protection des milieux aquatiques en France et en Europe. Ensuite, nous avons décrit les sources d’émission, les propriétés et la toxicité de chaque polluant, mais aussi les résultats de plusieurs études menées sur les mustélidés pour ces substances. Enfin, nous avons procédé à l’analyse statistique des données récoltées. Pour en savoir plus …

Reperant L. 2005. Écologie parasitaire d’Echinococcus multilocularis et autres helminthes du système renard roux – rongeurs en milieux urbain et péri-urbain : implications zoonotiques dans le canton de Genève, Suisse

Résumé : Afin d’étudier l’épizootiologie des helminthes du système renard roux – rongeurs en milieu urbain, nous avons réalisé une étude parasitologique chez le renard Vulpes vulpes et chez les rongeurs non-commensaux dans le canton de Genève. Toxocara canis était présent chez 30% des renards. Les prévalences de Toxascaris leonina, d’E. multilocularis (E.m.) et de Taenia sp. chez le renard diminuaient de la zone rurale (50%, 52% et 51% respectivement) vers la zone urbaine (5%, 31% et 23%). Chez Arvicola terrestris, la prévalence d’E.m. était similaire en milieux rural (6%), résidentiel (8%) et urbain (5%). La séroprévalence de Toxocara sp. augmentait des zones rurale (5%) et résidentielle (3%) vers la zone urbaine (13%). Un cycle urbain d’E.m. a été mis en évidence dans la ville de Genève. Un foyer d’échinococcose alvéolaire chez les rongeurs était centré en zone résidentielle à l’interface des milieux rural et urbain. Le risque d’exposition aux nématodes Toxocara sp. est apparu maximal en zone urbaine. Pour en savoir plus …

Ailloud J. 2012. Le retour du loup (Canis lupus) en France, vingt ans après. Enjeux scientifiques, socio-économiques et politiques en 2012. Cas particulier des Alpes-Maritimes

Résumé : Les loups sont réapparus en France depuis l’Italie voisine il y a vingt ans. A l’heure actuelle, les 250 individus recensés sur le territoire ont colonisé de façon permanente l’ensemble de l’arc alpin ainsi que les Pyrénées-Orientales et les Hautes-Vosges. Incontestablement, l’espèce a bouleversé l’économie pastorale des régions où elle s’est installée, en engendrant des contraintes et un stress supplémentaires pour les éleveurs en termes de protection de leurs troupeaux contre cette nouvelle forme de prédation. Même si l’utilité des mesures de protection subventionnées par l’État n’est plus à prouver, les grandes capacités d’adaptation du loup, certaines spécificités locales d’élevage et le niveau de formation des éleveurs ont dans certains cas compliqué la mise en place et l’efficacité de ces mesures sur le long terme. Dans un contexte de fragilité économique de la filière ovine, le loup a donc joué le rôle d’un catalyseur des craintes des éleveurs, notamment celles des pastoraux, sur l’avenir de leur métier. Les protestations des éleveurs sont par ailleurs relayées par les chasseurs jusqu’aux plus hauts sommets de l’État. Ces-derniers reprochent au loup de causer la disparition des ongulés sauvages, malgré les premières conclusions du programme de recherche Prédateur-Proies qui prouvent le contraire. A l’aube du nouveau Plan loup, le débat semble donc s’être cristallisé autour de dysfonctionnements locaux qui sont instrumentalisés par différents lobbys pour justifier le déclassement du loup de la liste des espèces protégées. Des initiatives ont pourtant été prises pour redynamiser la filière ovine et relancer la viabilité agricole en montagne et par conséquent  » l’acceptation du loup « . Se pose maintenant la question de savoir si  » cohabiter  » c’est vivre à côté ou vivre ensemble. Pour en savoir plus …

Chollier A. 2018. Mécanismes de dispersion du loup (Canis lupus, Linnaeus 1758) en France, méthodes de suivi et anticipation de l’expansion

Résumé : Voilà près de 25 ans que le loup a fait son retour en France. Pourtant la cohabitation entre l’espèce et certaines activités humaines semble encore difficile. Les protestations du monde de l’élevage ne cessent de grandir, en raison des dégâts causés par le prédateur, qui constitue une pression morale et économique à laquelle la filière, en crise, estime ne pouvoir faire face.
Dans un tel contexte, il est important de rechercher des solutions pour soulager les éleveurs sans pour autant nuire à la conservation du loup. L’anticipation des déplacements du loup constitue l’une de ces pistes. En effet les méthodes de suivi employées en France offrent une connaissance satisfaisante de l’avancée du prédateur, mais ne sont pas utilisées pour anticiper sa progression. L’apport de la modélisation mathématique en complément du suivi de terrain, devient alors intéressant. Pour cela, il est nécessaire de se pencher sur les mécanismes biologiques et comportementaux complexes qui régissent la dispersion, afin de construire des modèles réalistes capables de simuler l’expansion de la population en se fondant sur les résultats du suivi. L’utilisation de tels outils offre une possibilité de prévision à court et moyen termes, et permet d’affiner le suivi de la population. Ce travail résume les études récentes sur ce sujet.
Donner ainsi aux éleveurs et aux pouvoir publics le temps de s’organiser et de se préparer à l’arrivée du loup est l’une des clés pour agir en faveur de la cohabitation, en association avec une valorisation de la filière ovine et une actualisation des plans de gestion du loup en France. Pour en savoir plus…

Jalenques M. 2015. Modélisation de la rage vulpine dans le sud de l’Ontario (Canada)

Résumé : La rage est une zoonose mortelle d’importance mondiale en santé publique, impliquant parfois des réservoirs sauvages comme le Renard roux. La modélisation est l’un des outils utilisés pour mieux comprendre les dynamiques de la rage et tester différentes stratégies de contrôle. Les modèles épidémiologiques récents tendent à avoir une approche basée sur l’individu et à prendre en compte la dimension spatiale, dans le but d’être plus représentatifs de la réalité et d’aborder des questions épidémiologiques précises dans un contexte donné. L’une de ces questions concerne l’effet de l’hétérogénéité du paysage sur les dynamiques de la maladie. Cette thèse s’intéresse plus particulièrement au Sud de l’Ontario (Canada), où la souche arctique du virus rabique s’est maintenue une trentaine d’année chez le Renard roux et dont l’hétérogénéité spatiale est considérée comme un facteur de persistance. Un modèle de simulation à agents, spatialisé et stochastique, a été utilisé dans cette étude. La capacité du modèle à être adapté au Renard a été examinée et des améliorations ont été proposées. A l’aide du modèle, l’hétérogénéité spatiale a été représentée par l’ajout de barrières physiques et d’une densité de population hétérogène, puis son effet sur les dynamiques de la rage a été testé dans le contexte du Sud de l’Ontario. Ce modèle pourra ensuite être validé par une analyse de sensibilité et une confrontation avec les données de terrain, puis utilisé plus largement pour évaluer le risque de résurgence de la rage dans l’Est du Canada. Pour en savoir plus …

Perrot P. 2007. De l’influence de l’infection par le FeLV sur le parasitisme du chat forestier (Felis silvestris silvestris, Schreber, 1777)

Résumé : L’objectif de notre travail est d’étudier l’influence de l’immunodéficience induite par le virus de la leucose (FeLV) sur le parasitisme digestif et à excrétion fécale du chat, à partir d’un échantillon de chats forestiers et harets. Après avoir prouvé que les chats infectés par le virus de la leucose souffrent d’immunodéficience, nous montrons que les chats infectés sont plus fréquemment excréteurs d’œufs de Taenidés que les chats non infectés. Nous constatons également que, parmi les chats infestés par Toxocara cati et Taenia taeniaformis au stade adulte, les chats infectés portent environ deux fois plus de parasites que les individus non infectés. Enfin, nous observons que la diversité parasitaire rencontrée chez les chats infectés ne diffère pas de celle des chats non infectés. L’immunodéficience induite par le FeLV affecte donc le parasitisme digestif, sans favoriser de façon préférentielle certaines espèces parasitaires. Pour en savoir plus…

Rollot T. 2006. Problèmes posés par le retour du loup (Canis lupus Linnaeus, 1758) dans le Parc National du Mercantour. Analyse économique de la littérature et de données récentes disponibles en France

Résumé : Le retour du loup en 1992 dans le Parc National du Mercantour, après plus de cinquante ans d’absence, a déclenché un débat national passionné autour de sa coexistence avec le pastoralisme ovin extensif, dans lequel beaucoup d’arguments économiques sont avancés. Dans la situation actuelle de crise de la filière ovine, le surcoût représenté par la prédation et par la mise en place de mesures de protection adaptées est jugé inacceptable par les éleveurs, tant sur le plan économique que psychologique. Si les pertes imputables au loup ne sont effectivement pas négligeables, elles ne doivent pas masquer les autres contraintes inhérentes à la profession d’éleveur. A l’image des pays frontaliers comme l’Espagne et l’Italie, chez qui le loup n’a jamais disparu, un retour à des techniques pastorales anciennes permettrait de réduire la prédation sur le cheptel à un seuil acceptable. Pour en savoir plus…

Ribault E. 2016. Impact des rats noirs (Rattus rattus) sur les rongeurs endémiques de Madagascar : occupation de l’habitat et parasitisme

Résumé : Les rats noirs (Rattus rattus) sont de plus en plus reconnus comme une menace majeure pour les rongeurs endémiques insulaires, notamment lorsque l’habitat est fragmenté et que l’endémisme est élevé. A Madagascar, qui présente ces attributs, les rats noirs ont récemment proliféré dans des aires protégées et semblent en menacer les populations de rongeurs. Dans la réserve naturelle de Betampona (BNR), les observations faites par les guides semblent indiquer un sévère déclin de la population endémique de rats roux des forêts (Nesomys rufus) depuis 2008, alors que la population de rats noirs est en augmentation dans la forêt et les villages environnants. De plus, une récente étude suspecte que le parasite sanguin Trypanosoma lewisi est potentiellement transmis par les rats noirs à Nesomys rufus dans plusieurs réserves malgaches et que ce dernier pourrait y être sensible. Sachant que les niches écologiques de Nesomys rufus et du rat noir se superposent, il y a un risque accru que des phénomènes de compétition ou que des transmissions de maladie se mettent en place entre ces deux espèces. L’étude présentée ici avait pour objectif de décrire et de modéliser la distribution et la charge parasitaire des rats noirs et des rongeurs endémiques de la BNR. C’est la première fois qu’une étude de cette nature a été réalisée dans la BNR. Au cours de l’étude, aucun rongeur endémique n’a été observé dans les zones où ils étaient fréquemment aperçus il y a quelques années, alors que des rats noirs y ont été capturés. Ces derniers semblent privilégier les habitats perturbés et ne pas être présents dans la forêt primaire. La prévalence des endoparasites était très importante chez les rats noirs, majoritairement représentés par des parasites de la famille des Trichostrongylidae. Les charges parasitaires les plus hautes ont été observées chez les jeunes en provenance des forêts perturbées. Les données recueillies par cette étude constituent une étape nécessaire pour renseigner les acteurs actuels chargés de la conservation dans la BNR, pour implémenter des actions préventives et identifier les futures priorités de recherche. Pour préserver efficacement les rongeurs endémiques de la BNR, il est important de promouvoir la restauration de l’habitat et de surveiller de façon accrue les populations de rats noirs ainsi que leurs agents pathogènes dans les habitats perturbés. Pour en savoir plus …

Cockenpot A. 2013. Étude des facteurs de variation de l’excrétion parasitaire mesurée par analyse coproscopique chez le mouflon méditerranéen (Ovis gmelini musimon x Ovis sp.) dans le massif du Caroux-Espinouse

Résumé : Le mouflon méditerranéen (Ovis gmelini musimon x Ovis sp.) est un ongulé sauvage emblématique du massif du Caroux-Espinouse (Hérault). Afin d’appréhender les relations hôte-parasites-environnement en milieu naturel, nous avons étudié les facteurs de variation de l’excrétion parasitaire des mouflons au sein de cette population sur quatre années (2010 à 2013). Les analyses coproscopiques des prélèvements de fèces ont permis de mettre en évidence un grand nombre d’espèces parasitaires (strongles digestifs et respiratoires, Trichuris sp., Fasciola hepatica, Dicrocoelium dendriticum, Moniezia sp., Giardia duodenalis, Eimeria sp.), dont la prévalence et l’intensité d’excrétion varient notamment en fonction de variables individuelles telles que l’âge, le sexe, le statut reproducteur des femelles ou encore la condition corporelle des individus. Ceci illustre la variabilité des individus dans leur capacité à se défendre face à une infestation parasitaire.
Nous n’avons par ailleurs pas mis en évidence de relation nette entre la taille des cornes, qui joue un rôle dans la dynamique de la population (choix du partenaire sexuel, chasse sélective) et le niveau d’excrétion parasitaire des individus. Enfin, les mouflons de cette population, confrontés depuis plusieurs dizaines d’années à la fermeture de leur habitat suite à la déprise pastorale, subissent une diminution de leur condition corporelle et sont donc a priori plus sensibles aux infestations parasitaires. Nous n’avons cependant pas mis en évidence d’impact de cette fermeture de l’habitat sur le parasitisme des individus. Pour en savoir plus …

Pratviel G. 2014. Évaluation des facteurs de variation de la réponse immunitaire au parasitisme par Haemonchus sp. chez le mouflon méditerranéen (Ovis gmelini musimon x Ovis sp.) dans le massif du Caroux-Espinouse

Résumé : Le mouflon méditerranéen (Ovis gmelini musimon x Ovis sp.) est un ongulé sauvage du genre Ovis, emblématique du massif du Caroux-Espinouse (Hérault, France). Afin d’appréhender les relations hôte-parasites-environnement en milieu naturel, nous avons étudié les facteurs de variation de la réponse immunitaire au parasitisme par Hæmonchus sp. au cours de la saison de chasse 2011-2012. Les mesures de prévalence, d’intensité et morphométriques réalisées sur les Hæmonchus prélevés directement dans la caillette nous ont permis de définir le statut parasitaire. Nous avons mis en évidence une variation du statut parasitaire en fonction de variables temporelles et individuelles telles que le sexe, l’âge, la masse des organes lymphoïdes. Ceci illustre la saisonnalité de l’infestation parasitaire ainsi que la variabilité des individus dans leur capacité à se défendre face à cette infestation. L’effet de la condition corporelle s’est révélée contradictoire par rapport à nos hypothèses de travail. Ce résultat peut s’expliquer par un effet confondant avec l’intensité du parasitisme ou bien alors par un compromis dans l’utilisation des ressources. Nous n’avons cependant pas mis en évidence d’impact du score des cornes, de la génétique et de l’environnement sur le statut parasitaire des animaux. Les résultats obtenus dans ce travail montrent bien la complexité des interactions hôte-parasites-environnement. Des pistes d’amélioration de notre protocole expérimental sont proposées, avec notamment la considération du statut parasitaire dans sa globalité afin d’appréhender de manière optimale les interactions parasitaires susceptibles d’affecter leur développement. Pour en savoir plus …

Reperant L. 2005. Ecologie parasitaire d’Echinococcus multilocularis et autres helminthes du système renard roux – rongeurs en milieux urbain et péri-urbain : implications zoonotiques dans le canton de Genève, Suisse

Résumé : Afin d’étudier l’épizootiologie des helminthes du système renard roux – rongeurs en milieu urbain, nous avons réalisé une étude parasitologique chez le renard Vulpes vulpes et chez les rongeurs non-commensaux dans le canton de Genève. Toxocara canis était présent chez 30% des renards. Les prévalences de Toxascaris leonina, d’E. multilocularis (E.m.) et de Taenia sp. chez le renard diminuaient de la zone rurale (50%, 52% et 51% respectivement) vers la zone urbaine (5%, 31% et 23%). Chez Arvicola terrestris, la prévalence d’E.m. était similaire en milieux rural (6%), résidentiel (8%) et urbain (5%). La séroprévalence de Toxocara sp. augmentait des zones rurale (5%) et résidentielle (3%) vers la zone urbaine (13%). Un cycle urbain d’E.m. a été mis en évidence dans la ville de Genève. Un foyer d’échinococcose alvéolaire chez les rongeurs était centré en zone résidentielle à l’interface des milieux rural et urbain. Le risque d’exposition aux nématodes Toxocara sp. est apparu maximal en zone urbaine. Pour en savoir plus …

Humbert C. 2006. Étude du parasitisme de chimpanzés relâchés dans le Parc National de Conkouati-Douli (Centre HELP Congo)

Résumé : Une étude du parasitisme interne d’un groupe de chimpanzés relâchés par le projet H.E.L.P. (Habitat Écologique et Liberté des Primates) dans le Parc National de Conkouati-Douli en République du Congo a été menée durant l’année 2005. Pendant 4 mois, des analyses coproscopiques ont été régulièrement pratiquées sur 18 individus. Les objectifs étaient de valider le protocole mis au point lors d’une précédente étude et d’étudier les facteurs de variation du parasitisme au sein de cette communauté de primates. Les profils parasitaires observés sont comparables à ceux des études précédentes, mais avec des taux de prévalence plus élevés. Des variations du parasitisme ont pu être mises en évidence en fonction du temps, du sexe, de l’âge et des groupes sociaux de chimpanzés. Pour en savoir plus …

Renaud M. 2011. Étude épidémiologique de la diphyllobothriose, zoonose parasitaire, en Haute-Savoie

Résumé : Une résurgence de la diphyllobothriose a été observée en Haute-Savoie depuis une vingtaine d’années. Cette zoonose parasitaire est transmise par l’ingestion de poisson cru ou insuffisamment cuit infesté par des larves de Diphyllobothrium latum. Une enquête a été réalisée auprès de 48 laboratoires d’analyse médicale de Haute-Savoie sur la période 2007-2011. Des coprologies sur des prélèvements de selles de 26 chiens et d’un chat provenant d’une clientèle vétérinaire d’Evian-les-Bains n’ont pas révélé la présence du parasite. Une enquête menée sur des perches du lac Léman achetées sur les ports de Thonon-les-Bains, Anthy-sur-Léman et Séchex a montré une prévalence moyenne de 7,7% sur les filets. Une influence du poids et de la taille du filet sur l’infestation est discutée. La prophylaxie passe par le dépistage et le traitement des personnes infestées, un contrôle de la pollution fécale des lacs (que ce soit par les stations d’épurations ou par la navigation de plaisance) et l’application de règles sanitaires alimentaires simples comme la cuisson ou la congélation du poisson afin de tuer la larve. Des contrôles vétérinaires pourraient être envisagés sur les produits de la pêche en provenance du lac Léman. Pour en savoir plus …

Ortega A. 2011. Bilan du parasitisme helminthique de la marmotte alpine (Marmota marmota) en fin de saison d’activité en Savoie de 1996 à 2009

Résumé : A partir de 44 bilans parasitaires et analyses coproscopiques réalisés sur des marmottes issues du massif de la Vanoise en fin de saison d’activité entre 1996 et 2009, cette étude dresse l’état des lieux du parasitisme digestif de cette espèce. Trois helminthes apparaissent majoritaires et sont étudiés en détail : le cestode Ctenotaenia marmotae (dont la prévalence est presque maximale, à 97,7%), le nématode Ascaris laevis (63,6%) et l’oxyure Citellina alpina (43,2%). Des singularités s’en dégagent, tels que la charge parasitaire très élevée, des distributions parasitaires agrégées au sein des populations de marmottes et l’effet  » densité-dépendant  » pour C. marmotae et A. laevis. Enfin, la mise en relation entre les bilans parasitaires et les coproscopies réalisées sur les mêmes individus montre que la coproscopie n’est pas du tout fiable dans le cas de C. alpina, est un indicateur moyen dans le cas de C. marmotae, et enfin un très bon reflet de l’infestation parasitaire réelle pour A. laevis. Pour en savoir plus …

Cottarel P. 2016. Épidémiologie descriptive de l’infestation parasitaire du hérisson d’Europe (Erinaceus europeaus) en soin dans un centre de sauvegarde du sud de la France

Résumé : Le hérisson d’Europe (Erinaceus europeaus) est un des mammifères les plus souvent admis en centre de sauvegarde. Notre étude coproscopique, basée sur un protocole existant et menée sur 75 hérissons, a permis de montrer que les individus en soins étaient infestés par seulement quatre parasites internes différents : Capillaria sp, Crenosoma striatum, Brachyleamus erinacei et des coccidies (dont l’espèce n’a pas été déterminée). Au total, 58 % des hérissons étaient parasités, 25 % de l’échantillon était parasité par au moins deux parasites différents. Les analyses statistiques n’ont pas permis de mettre en évidence une différence significative de prévalence ou d’abondance entre mâles et femelles. En revanche, il existe une différence significative de prévalence entre juvéniles et adultes (de sexe déterminé ou non), tous parasites confondus et pour Capillaria sp. Cette étude a également montré que la prévalence et l’abondance des parasites étaient plus faibles en automne que le reste de l’année. Ces résultats sont cependant à analyser avec précaution dans la mesure où cette étude souffre de nombreux biais, notamment un important biais de sélection de l’échantillon étudié, mais aussi des lacunes inhérentes au protocole, mis en place avant le début d l’étude, ainsi que des limites liées à la technique d’analyse coproscopique. Cette étude préliminaire permet néanmoins de prendre conscience des faiblesses du protocole utilisé afin de le corriger à l’avenir. Pour en savoir plus …

Garella C. 2015. Changement de comportement dû au parasitisme dans le règne animal

Résumé : La présence des parasites dans l’environnement des animaux à un impact sur leur comportement Après l’infestation, certains parasites induisent des modifications du comportement de leur hôte. Ces modifications peuvent (mais pas toujours) avoir un impact sur le fitness (valeur sélective) du parasite et donc avoir une composante adaptative, on parlera alors de parasites manipulateurs. Les parasites peuvent agir directement au niveau du système nerveux central en induisant une réponse inflammatoire et en sécrétant des substances neuro-actives; ou bien ils peuvent agir indirectement depuis des organes périphériques en sécrétant des substances agissant sur différents circuits hormonaux. D’autre part, la pression parasitaire a conditionné la mise en place de comportements défensifs chez les hôtes. Ainsi, les animaux sont capables de reconnaître un congénère infesté et de limiter leur interaction avec lui, influençant en particulier le choix du partenaire sexuel. De plus, les animaux hôtes ont développé des stratégies afin de limiter la menace parasitaire (automédication, choix du lieu de couchage, épouillage…). Le protozoaire, Toxoplasma gondii, fournit un exemple intéressant de parasite manipulateur qui est présenté en illustration de cette étude. Ce parasite a un très large spectre d’hôtes intermédiaires, les poïkilothermes et l’hôte définitif est un félin. Le toxoplasme induit chez l’hôte intermédiaire, et notamment chez les rongeurs, une attirance mortelle vers les urines de félins. Il engendre en outre des altérations de la coordination motrice, du taux d’anxiété et atténue la néophobie. De plus le toxoplasme a une importance en santé publique car la présence de kystes dans l’encéphale n’est pas asymptomatique comme on l’a longtemps supposé mais est un facteur de risque dans l’apparition de troubles psychotiques. Pour en savoir plus…

Boisseau V. 2008. Parasitisme digestif et diarrhée chez le chevreuil (Capreolus capreolus). Etude dans trois départements français

Résumé : Suite à l’observation d’un polyparasitisme important et de phénomène de diarrhée chez le Chevreuil, nous avons conduit une étude afin de comparer l’helminthofaune et les lésions histologiques du tube digestif de populations saines et de populations atteinte de diarrhée. Nous en avons conclu que les diarrhées ne sont pas d’origine parasitaire et qu’il n’existe pas de corrélation qualitative ou quantitative entre lésions histologiques et bilans parasitaires. Cependant, les chevreuils diarrhéiques hébergent plus souvent Ostertagia ostertagi que les non diarrhéiques. Cette espèce, habituellement trouvée chez les ruminants domestiques, pourrait être à l’origine de diarrhée, ou être le marqueur d’un problème sous-jacent. Nous avons également trouvé d’autres espèces habituellement trouvées chez les ruminants domestiques et non chez le Chevreuil : Teladorsagia circumcincta, Trichostrongylus colubriformis, Cooperia curticei et Nematodirus battus. Pour en savoir plus…

Perrot P. 2007. De l’influence de l’infection par le FeLV sur le parasitisme du chat forestier (Felis silvestris silvestris, Schreber, 1777)

Résumé : L’objectif de notre travail est d’étudier l’influence de l’immunodéficience induite par le virus de la leucose (FeLV) sur le parasitisme digestif et à excrétion fécale du chat, à partir d’un échantillon de chats forestiers et harets. Après avoir prouvé que les chats infectés par le virus de la leucose souffrent d’immunodéficience, nous montrons que les chats infectés sont plus fréquemment excréteurs d’œufs de Taenidés que les chats non infectés. Nous constatons également que, parmi les chats infestés par Toxocara cati et Taenia taeniaformis au stade adulte, les chats infectés portent environ deux fois plus de parasites que les individus non infectés. Enfin, nous observons que la diversité parasitaire rencontrée chez les chats infectés ne diffère pas de celle des chats non infectés. L’immunodéficience induite par le FeLV affecte donc le parasitisme digestif, sans favoriser de façon préférentielle certaines espèces parasitaires. Pour en savoir plus…

Massa S. 2014. Utilisation de l’espace et suivi sanitaire du bouquetin des Alpes dans le Parc national des Écrins

Résumé : Cette étude analyse les premières données issues d’un programme de suivi par GPS de bouquetins des Alpes (Capra ibex ibex) dans le Parc national des Écrins. Après plusieurs opérations de réintroduction, trois populations sont présentes dans le parc. Elles ont une évolution démographique mal caractérisée et source de préoccupation. La première partie de ce travail, bibliographique, expose successivement les caractéristiques biologiques de cet ongulé, les maladies auxquelles il est sensible et le site de l’étude. La seconde partie est expérimentale et concerne une trentaine d’animaux. Elle consiste tout d’abord dans l’analyse des résultats de fonctionnement des colliers utilisés. Malgré les défaillances de certains colliers, les résultats sont satisfaisants, avec, après tri des données, un taux d’échec de localisations de 19,8 %. Ensuite, une étude des résultats des analyses sérologiques effectuées sur les animaux portant un collier montre la présence de maladies abortives, respiratoires, du CAEV et de la lymphadénite caséeuse dans les populations étudiées. Enfin, une analyse des premières données GPS permet de décrire l’utilisation de l’espace pour 7 bouquetins suivis pendant 1 an. La taille des domaines vitaux et les distances parcourues sont exposées ainsi que leurs variations selon le mois, le sexe et les individus. L’altitude, la pente et l’exposition de leurs positions sont également étudiés. Il apparait une grande variation individuelle et des différences selon les sexes et les mois. Ce travail permet d’identifier des sites de mises-bas, des corridors de circulation et des zones de cohabitation avec les troupeaux domestiques. Pour en savoir plus …

Vallet M. 2017. Le suivi sanitaire de la faune sauvage. 40 ans d’analyses dans le parc national de la Vanoise

Résumé : Ce travail revient sur les 40 années d’analyses sanitaires réalisées dans le Parc National de la Vanoise de 1977 à 2017. Dans un premier temps, une base de données regroupant toutes les analyses sanitaires est créée puis l’échantillon est décrit par année, par espèce, sexe, âge et répartition géographique des individus. Une partie des résultats d’analyses est ensuite présentée (causes principales de la mort pour les autopsies, positivité par maladie recherchée pour les sérologies) sur l’ensemble de l’échantillon avant de s’intéresser exclusivement à une espèce patrimoniale, le bouquetin des Alpes, et à un type de pathologie fréquemment responsable de la mort, les affections respiratoires. En effet, les affections respiratoires représentent 35% des causes de mortalité chez cette espèce, qui semble particulièrement prédisposée aux surinfections pyogènes par rapport aux chamois. Les animaux de plus de 6 ans sont les plus concernés par ce type d’affection. En dernier lieu, une synthèse des facteurs de variabilité inhérents à l’évolution des protocoles et de l’hétérogénéité des résultats permet de proposer des pistes d’évolution du suivi sanitaire comme l’organisation de restitutions rapides et systématiques des résultats aux agents de terrain pour entretenir leur motivation ou la mutualisation des données et l’utilisation d’espèces sentinelles pour améliorer le suivi d’espèces patrimoniales rares. Pour en savoir plus …

Jourdain E. 2003. Étude des maladies abortives non réglementées chez les ongulés sauvages et domestiques de la Réserve Nationale de Chasse et de Faune Sauvage des Bauges

Résumé : Cette étude s’inscrit dans le cadre d’un programme de recherche mis en place simultanément dans trois réserves nationales de chasse et de faune sauvage gérées par l’ONCFS (Orlu, Caroux et Bauges) pour étudier les maladies abortives non réglementées chez les ongulés sauvages et domestiques en cohabitation dans les alpages. Le travail présenté ici correspond à l’étude réalisée dans les Bauges et porte en particulier sur deux maladies : la chlamydophilose abortive et la fièvre Q. La première partie est une revue bibliographique de ces deux maladies qui insiste notamment sur les données relatives aux animaux sauvages. La seconde partie présente le protocole mis en place pour l’étude effectuée dans les Bauges et les résultats qui ont été obtenus. Un historique des maladies abortives et une enquête sérologique ont été réalisés chez les ongulés domestiques qui fréquentent les alpages et les ongulés de montagne présents dans la réserve : chamois (Rupicapra rupicapra) et mouflons (Ovis gmelini). Les résultats révèlent que les ongulés de montagne ont probablement des contacts avec Chlamydophila abortus et Coxiella burnetii car ils réagissent aux tests sérologiques. Ils montrent également que ces maladies sont présentes dans plusieurs troupeaux domestiques qui montent en alpage près de la RNCFS des Bauges. Aucune relation directe n’ayant cependant pu être établie entre les résultats des animaux sauvages et domestiques, l’étude du risque de transmission de maladies abortives entre ces espèces doit être poursuivie. Pour en savoir plus …

Mercier A. 2016. Les maladies à tiques à l’interface faune sauvage-ruminants domestiques-homme : détermination de la prévalence des hémopathogènes vectorisés par les tiques parasitant le mouflon (Ovis gmelini musimon x Ovis sp) au sein du massif du Caroux-Espinouse

Résumé : Cette étude a pour but de déterminer la prévalence des principaux pathogènes transmis par les tiques parasitant le mouflon (Ovis gmelini musimon x Ovis sp.) au sein du massif du Caroux-Espinouse. Pour se faire, un échantillonnage de 222 tiques a été réalisé au cours des années 2010, 2012 et 2014 et des PCR ont été réalisées sur chaque échantillon afin de rechercher les pathogènes les plus couramment rencontrés : Borrelia burgdorferi, Babesia sp., Rickettsia sp., Anaplasmataceae, Anaplasma phagocytophilum et Anaplasma marginale. Nos résultats montrent des prévalences similaires aux études qui ont pu être réalisées auparavant au sein d’autres régions de France et d’Europe. Si la présence d’Anaplasma marginale n’a pu être établie dans la région, on retrouve cependant en proportion significative Borrelia burgdorferi et Anaplasma phagocytophilum. Des cartes de distribution spatiale et temporelle ont pu être réalisées et montrent une extension des pathogènes au cours de l’étude, notamment concernant les Anaplasmataceae. Ces résultats nous invitent à nous poser la question de conséquences à la fois économique, par la présence d’élevages de ruminants domestiques dans la région, mais également sanitaire avec la présence de Borrelia burgdorferi et de Babesia venatorum, pathogènes pour l’homme. Pour en savoir plus …

Keller A. 2008. Mise en place d’un système de suivi sanitaire de la faune sauvage dans le Parc National de Souss-Massa (Maroc)

Résumé : Afin de se conformer au cadre recommandé par l’Office International des Epizooties (OIE), le Maroc a la volonté de mettre en place un réseau national d’épidémiosurveillance de sa faune sauvage, notamment celle de ses parcs et ses réserves. Le Parc National de Souss-Massa est un modèle de gestion pour les parcs nationaux marocains, et c’est donc dans ce parc que les essais de mise en place d’un système de suivi sanitaire débutent, avec un appui de la coopération franco-marocaine. L’étude des systèmes français de surveillance sanitaire de la faune sauvage à l’échelle locale (parcs nationaux) et national (réseau SAGIR), ainsi que le système international de l’OIE sont des étapes préliminaires indispensables, et font l’objet de la partie bibliographique de ce document. Vient ensuite une étude rétrospective sur les analyses et la méthode de suivi réalisées par le Parc National de Souss-Massa, afin d’améliorer les procédures et d’augmenter les connaissances. Enfin, un système de surveillance est proposé en adéquation avec les besoins du parc et la méthode de travail déjà en place. Pour en savoir plus…

Focquenoy L. 2013. La pestivirose de l’isard, modélisation épidémiologique et analyse de mesures de gestion

Résumé : Depuis les années 2000, l’infection de l’isard par des pestivirus a abouti à différentes situations épidémiologiques en France et en Espagne. La possibilité de franchissement de la barrière d’espèce et de transmission verticale (susceptible d’engendrer un infecté permanent immunotolérant) sont les propriétés majeures des pestivirus. L’isard présente une démographie particulière : elle est saisonnière et les contacts entre individus sont hétérogènes, selon l’âge et le sexe. Si les pestivirus ovins et caprins sont assez bien connus, la compréhension de l’impact d’un pestivirus sur la dynamique d’une population d’isards reste limitée. Une modélisation de la propagation d’un pestivirus dans une population d’isards a été entreprise. Elle représente les connaissances actuelles et permet d’identifier les processus importants qui ont généré les situations épidémiologiques observées. Le modèle a, en outre, permis d’estimer des paramètres épidémiologiques inconnus. Enfin, des mesures de gestion médicale ou sanitaire d’une pestivirose de l’isard ont été évaluées. Le modèle déterministe utilisé montre que la combinaison la plus efficace consiste à vacciner et à tester les animaux simultanément. La chasse ne semble pas avoir d’intérêt dans les conditions de notre étude. La gestion des agents pathogènes en milieu naturel reste, néanmoins, une problématique complexe. L’idéal serait la mise en place de stratégies globales de prévention. Des mesures sanitaires concernant à la fois les animaux sauvages et domestiques permettraient d’anticiper les facteurs de risques d’introduction d’un agent pathogène. Pour en savoir plus …

Freycon P. 2015. Rôle du bouquetin Capra ibex dans épidémiologie de la brucellose à Brucella melitensis en Haute-Savoie 

Résumé : Suite à la découverte en avril 2012 d’un foyer domestique de brucellose à Brucella melitensis dans une exploitation bovine laitière dans le massif du Bargy, le rôle du bouquetin des Alpes Capra ibex a été fortement suspecté dans la ré-émergence de la maladie en Haute Savoie. Notre étude avait pour but d’étudier le rôle de cet ongulé de montagne dans l’épidémiologie de cette zoonose aux enjeux économiques et sanitaires majeurs. Nous avons ainsi évalué le niveau de présence de l’infection et étudié la pathogénie de la brucellose chez le bouquetin à partir des données collectées entre 2012 et 2015 dans le cadre du suivi populationnel et sanitaire mis en œuvre par l’ONCFS. Ce travail d’analyse permet de mieux comprendre dans quelle mesure l’infection brucellique évolue de manière autonome au sein de la population de bouquetins du massif du Bargy. Néanmoins, la mise en parallèle de ces résultats avec les investigations menées sur les interactions avec les cheptels domestiques s’avère indispensable dans l’évaluation du risque de transmission interspécifique que représente ce foyer sauvage. Pour en savoir plus …

Chamoin A. 2017. Étude de la circulation du virus Schmallenberg (SBV) dans la population de chevreuils (Capreolus capreolus) du département du Rhône

Résumé : L’émergence du virus Schmallenberg (SBV) en Europe est une bonne illustration de la difficulté pour les acteurs de la santé publique vétérinaire à gérer une maladie vectorielle ayant une large gamme d’hôte, surtout quand la faune sauvage est également touchée. Cette difficulté est d’autant plus grande que l’agent pathogène est émergent, et que les connaissances sur ses conséquences sanitaires sont inconnues, comme c’était le cas pour le virus SBV. Dans cette situation d’incertitude, de nombreuses études ont entrepris d’étudier la circulation de ce nouveau virus au sein des populations de ruminants sauvages. Dans le département du Rhône, l’intérêt scientifique d’une telle étude a rencontré l’intérêt d’acteurs de terrains sur la question d’un impact potentiel du virus SBV sur la dynamique des populations de chevreuils. L’étude présentée dans cette thèse avait pour but d’explorer la circulation du virus SBV dans la population de chevreuils du Rhône ; et d’évaluer s’il pouvait être à l’origine de la baisse du nombre de jeunes observés par certains gestionnaires de territoires de chasse durant la saison de chasse 2011-2012. Ce projet, mené durant quatre saisons de chasse consécutives (de 2012 à 2016) a permis d’identifier que le virus SBV était effectivement présent sur le territoire du département en 2012, et qu’il a continué à circuler dans la population de chevreuils jusqu’à la fin de l’étude (2016). Les résultats des analyses sérologiques sont similaires à ceux trouvés dans d’autres études chez la faune sauvage. Cette étude ne permet cependant pas de statuer sur un éventuel impact de la circulation de ce virus sur la dynamique de la population de chevreuils. Pour en savoir plus …

Bizard F. 2009. Épidémiologie sur 10 ans de trois zoonoses majeures chez les rongeurs commensaux en France

Résumé : Les trois maladies choisies : Leptospirose, Leishmaniose et Hantaviroses font intervenir de manière plus ou moins importante des rongeurs dans leur cycle zoonotique. Les connaissances épidémiologiques les concernant sont regroupées dans ce travail ainsi que les prévalences annuelles sur le territoire français au cours des dix dernières années au minimum. Lorsque cela a été possible, il a été établi le coût pour la société de telles maladies. Un aperçu des situations mondiale et européenne permet de globaliser la réflexion et d’entrevoir les évolutions épidémiologiques futures. Enfin une réflexion a été menée sur les moyens à employer pour le contrôle des populations de rongeurs sur nos territoires, et sur la justification des mesures rodenticides. Pour en savoir plus …

Renaud M. 2011. Étude épidémiologique de la diphyllobothriose, zoonose parasitaire, en Haute-Savoie

Résumé : Une résurgence de la diphyllobothriose a été observée en Haute-Savoie depuis une vingtaine d’années. Cette zoonose parasitaire est transmise par l’ingestion de poisson cru ou insuffisamment cuit infesté par des larves de Diphyllobothrium latum. Une enquête a été réalisée auprès de 48 laboratoires d’analyse médicale de Haute-Savoie sur la période 2007-2011. Des coprologies sur des prélèvements de selles de 26 chiens et d’un chat provenant d’une clientèle vétérinaire d’Evian-les-Bains n’ont pas révélé la présence du parasite. Une enquête menée sur des perches du lac Léman achetées sur les ports de Thonon-les-Bains, Anthy-sur-Léman et Séchex a montré une prévalence moyenne de 7,7% sur les filets. Une influence du poids et de la taille du filet sur l’infestation est discutée. La prophylaxie passe par le dépistage et le traitement des personnes infestées, un contrôle de la pollution fécale des lacs (que ce soit par les stations d’épurations ou par la navigation de plaisance) et l’application de règles sanitaires alimentaires simples comme la cuisson ou la congélation du poisson afin de tuer la larve. Des contrôles vétérinaires pourraient être envisagés sur les produits de la pêche en provenance du lac Léman. Pour en savoir plus …

Matrat P. 2014. Évolution de la situation épidémiologique de la tuberculose bovine en Côte-d’Or de 2009 à 2013

Résumé : La tuberculose bovine à Mycobacterium bovis est une maladie infectieuse zoonotique pour laquelle la France a obtenu le statut officiellement indemne en 2001, après cinquante ans de lutte. A partir de 2004, la découverte de nouveaux cas dans plusieurs départements français et au sein de la faune sauvage (cervidés, sangliers, blaireaux) a remis cette maladie dans l’actualité. Contrairement au passé, peu de signes cliniques et lésionnels sont observés et le dépistage de la tuberculose est basé sur des tests dont la sensibilité et la spécificité ne sont pas parfaites, mais également sur la mise en place d’enquêtes épidémiologiques en amont et en aval d’un foyer pour retracer la circulation de l’infection. La Côte-d’Or est un département touché par cette recrudescence. L’objectif était de dresser un bilan de la situation épidémiologique en vue de l’évaluation des mesures de surveillance et de gestion de la tuberculose bovine, ainsi que pour l’optimisation de celles-ci. Les résultats obtenus sur les cent-treize foyers identifiés entre 2009 et 2013 mettent en évidence un taux de prévalence sur les cheptels compris entre 1,4 et 2,7% par an au cours de la période étudiée. L’identification des bactéries isolées dans les foyers révèle la présence de deux souches réparties au sein de l’ouest du département dans deux zones distinctes. La prophylaxie annuelle reste le principal moyen de détection des foyers mais l’origine de la contamination est difficilement identifiable dans la majorité des cas. Pour en savoir plus …

Brisbois L. 2009. Les migrations longue distance chez les oiseaux : phénologie et intérêt épidémiologique

Résumé : La migration constitue un impératif pour de nombreuses espèces animales, en particulier chez les oiseaux. Cette thèse s’intéresse aux adaptations physiologiques et anatomiques chez les oiseaux parcourant de longues distances. Par ailleurs, nous nous intéressons également à l’épidémiologie du virus de l’encéphalite West Nile et du virus Influenza aviaire, pour comprendre le rôle de ces oiseaux migrateurs dans la propagation de ces maladies. Pour en savoir plus…

Dumoulin M. 2015. Étude bibliographique et statistique des entrées d’oiseaux dans les centres de soins français pour la cause « tir »

Résumé : Les centres de soins, en accueillant les animaux sauvages blessés dans le but de les réhabiliter dans leur milieu naturel sont des acteurs importants de la protection de la faune sauvage. L’étude des causes d’accueil en centre de soins est un outil permettant d’évaluer l’impact des activités humaines sur cette faune sauvage. La partie bibliographique de cette étude synthétise les connaissances concernant la législation de la protection de la faune sauvage, le fonctionnement des centres de soins et leurs rôles. L’analyse de 10 rapports annuels de centres de soins permet d’évaluer les causes d’accueils et notamment celles liées à l’activité humaine. Enfin, la notion de braconnage, les données concernant le braconnage en France et les conséquences des tirs sur les oiseaux sont abordés. L’étude expérimentale permet, grâce aux informations fournies par l’Union Française des Centres de Sauvegarde, l’analyse des accueils pour la cause « tir » en centre de soins entre 2000 et 2012 et ainsi évaluer l’importance du tir chez les oiseaux en France. Le but de cette étude est de fournir une première analyse des données concernant le phénomène « tir ». Ce phénomène, même s’il représente en moyenne 2% des accueils en centre de soins, touche des espèces protégées dont certaines font partie de programmes de conservation. Cette thèse pourrait être complétée par l’étude de l’impact du tir, et des autres causes de nature anthropogénique, sur les populations d’oiseaux sauvages afin d’avoir une vue d’ensemble de la problématique. Pour en savoir plus …

Philippe C. 2001. Écotoxicologie des rapaces : étude sur une population de vautours fauves et moines réintroduite dans les Causses

Résumé : Les vautours réintroduits dans les Cévennes sont désormais des auxiliaires indispensables de l’élevage ovin en tant qu’équarrisseurs naturels. Une étude écotoxicologique a été entreprise afin de déterminer si la présence de certains produits pouvait expliquer le syndrome mortel du « tournis » dont ils sont parfois victimes. Le lindane, les PCB, les métaux (plomb, cadmium et mercure) ont été recherchés dans les cadavres de 24 vautours fauves et 3 vautours moines. En parallèle, une enquête chez les vétérinaires sur les habitudes caussenardes en matière de traitements antiparasitaires dans l’élevage ovin montre qu’il faut chercher ailleurs la source éventuelle de ces toxiques. Les teneurs retrouves chez nos vautours sont toutes très faibles, quel que soit le toxique. Il est donc improbable que ceux-ci soient a l’origine du tournis des vautours. Les Cévennes apparaissent donc comme étant un milieu très favorable au développement de ces oiseaux, tant par le respect de leur biologie que par la qualité de l’environnement. Pour en savoir plus …

Waeldele S. 2001. Les intoxications aiguës des oiseaux sauvages en France de 1994 à 1997 d’après les données du réseau SAGIR et du laboratoire de toxicologie de l’École Nationale Vétérinaire de Lyon

Résumé : Les oiseaux sauvages, espèces protégées ou gibiers, succombent pour de multiples raisons. A travers les données du réseau SAGIR et du laboratoire de toxicologie de l’ENVL, nous avons étudie les principales espèces d’oiseaux sauvages rencontrées dans les intoxications aiguës entre 1994 et 1997 ainsi que les principaux toxiques mis en cause. L’étude de la biologie des espèces les plus fréquemment rencontrées ainsi que les modes d’utilisation des toxiques majeurs ont permis de mettre en évidence des particularités toxicologiques comme l’intoxication prédominante des pigeons au furathiocarbe, des perdrix a l’imidaclopride ou l’intoxication secondaire des buses aux anticoagulants. La dernière partie permet de mesurer l’impact réel des intoxications par rapport aux autres causes de mortalité répertoriées, pour chaque espèce, par le réseau SAGIR et de conclure que si les intoxications ne sont de loin pas les seules causes de mortalité, elles tiennent une place non négligeable par rapport aux maladies ou accidents. Pour en savoir plus …

Dol-Coliac S. 2002. Impact des pesticides organochlorés et PCBs sur la reproduction de l’aigrette garzette en Camargue, après analyse de leurs concentrations dans les œufs

Résumé : Les hydrocarbures chlores s’accumulent fortement le long de la chaine alimentaire. Les oiseaux piscivores dont les hérons sont d’excellents bio-indicateurs de la qualité de leur environnement aquatique. Cette étude montre qu’en 1996, la contamination des œufs d’aigrette garzette n’est pas inquiétante pour la survie de l’espèce mais n’est pas non plus négligeable, surtout pour la colonie près des industries. Pour en savoir plus …

Vuillermoz L. 2004. Étude du botulisme aviaire dans le cadre d’un lac artificiel urbain

Résumé : Le Parc de la Tête d’Or est le cadre d’une importante mortalité d’oiseaux due au botulisme aviaire. Dans un premier temps, nous avons réalisé une étude bibliographique afin de déterminer les spécificités du germe responsable et les critères de risques environnementaux. Ensuite, l’étude de terrain et l’analyse des données collectées nous ont permis de trouver un paramètre de contrôle et de fixer un seuil d’alerte. Enfin, nous avons cherché au travers de l’étude de l’écosystème lac eutrophe les différents moyens de lutte et de prévention. Pour en savoir plus …

Vein J. 2004. Écotoxicologie du crabier chevelu (Ardeola ralloides) : étude de l’impact de plusieurs pesticides (atrazine, fipronil, organochlorés et organophosphorés) sur sa reproduction en Camargue

Résumé : Le Crabier chevelu (Ardeola ralloides) est un héron arboricole colonial dont la zone de nidification en France se limite quasi exclusivement à la Camargue. Un suivi de la reproduction de cet oiseau a été entrepris par la Station biologique de La Tour du Valat qui a permis de mettre en évidence une diminution des tailles de ponte depuis 1967. Notre étude a consisté en l’analyse des résidus de différents pesticides dans des œufs clairs et des régurgitas de poussins. Elle a permis de mettre en évidence une contamination globale de toute la Camargue par les différents pesticides. Nous avons aussi démontré qu’il existe une contamination non négligeable de ces oiseaux par les insecticides organochlorés et organophosphorés. Par contre nous n’avons pas mis en évidence de corrélation entre le taux de contamination des œufs ou des régurgitas et le succès reproducteur du nid correspondant. Pour en savoir plus …

Beaufrère H. 2006. La plume et le vol

Résumé : La plume est une structure biologique fractalienne répétée et déclinée sur l’oiseau en des régions anatomiques spécialisées mais complémentaires. Ses compositions moléculaire, supramoléculaire et morphologique lui confèrent des propriétés de haute flexibilité, de solidité et de grande surface pour un poids et un volume minimes. Le partitionnement du plumage, dont la fonctionnalité est assurée par la cohésion et la coopération des différentes plumes, permet aux oiseaux d’optimiser leur vol et leur donne un aérodynamisme des plus accomplis et adaptables. Ce partitionnement, à travers des variations parfois infimes, assure une adaptation parfaite et une plasticité évolutive au vol. La géométrie variable, les winglets multiples, l’alule, les volets passifs automatiques, la mue ou tout simplement la queue et le battement des ailes sont autant de caractéristiques qui démontrent la perfection du vol des oiseaux. L’ensemble des variations du plumage répond adéquatement aux contraintes écologiques du vol et présente des corrélations étroites avec la biologie de l’oiseau. L’extrémité de l’aile en est un exemple manifeste. Pour en savoir plus …

Jonot L. 2007. Écotoxicologie du saturnisme lié à l’ingestion de plombs de chasse chez le canard colvert (Anas platyrhynchos) dans la Dombes (Ain, France)

Résumé : Le saturnisme par ingestion de plombs de chasse est décrit depuis longtemps chez les Anatidés : symptômes, lésions et méthodes d’analyses sont bien connus. Notre étude, menée lors de la première saison de chasse avec restriction de l’usage des munitions au plomb à partir de canards en semi-liberté dans des zones de chasse, montre que dans une région de chasse intensive comme la Dombes, près de 12% des canards colverts portent au moins une bille de plomb dans leur gésier et plus de 16% présentent des concentrations tissulaires (sang, foie, rein, os) en plomb synonymes de saturnisme. Notre étude confirme par ailleurs que la plombémie est le marqueur le plus fiable de l’intoxication et que la concentration dans la plume est un moyen à développer dans le cadre d’un suivi de population sauvage. Enfin, elle soulève un débat en santé publique quant à la consommation du gibier, au vu des quantités importantes de plomb trouvées dans le muscle. Pour en savoir plus …

Chevalley D. 2007. Le milan royal ou l’histoire d’une espèce protégée qui est devenue gravement menacée

Résumé : Caractérisé par ses couleurs, sa légèreté en vol, son adresse et sa longue queue en « V », le milan royal (Milvus milvus) est l’un des plus élégants rapaces de France, mais il est aussi un des plus menacés. Sa distribution est uniquement européenne. Cependant, son implantation est très concentrée, car cinq pays abritent plus de 90 % de la population nicheuse mondiale (Allemagne, Espagne, Suisse, Suède et France). Le milan royal s’est considérablement raréfié depuis le XIXème siècle, bien qu’une augmentation passagère mais conséquente ait eu lieu entre 1975 et 1990. Pas moins d’une dizaine de menaces entraînent une diminution de l’aire de répartition et une baisse des effectifs (dégradation de son habitat et disparition des populations proies, empoisonnement…). Un Plan National de Restauration a vu le jour en 2002 dont l’objectif principal est de stopper le déclin des effectifs français et restaurer les populations, grâce à plusieurs mesures de conservation. Pour en savoir plus …

Manetti L. 2010. Contribution à l’analyse des dommages imputés au vautour fauve (Gyps fulvus) sur le cheptel français : le rôle des vétérinaires

Résumé : Le Vautour fauve (Gyps fulvus) est un rapace nécrophage qui vit en colonies dans plusieurs départements du sud de la France. Si jusqu’alors, ces « équarrisseurs naturels » connus essentiellement pour leur régime alimentaire charognard étaient les meilleurs alliés des éleveurs, ils sont aujourd’hui accusés par ces derniers d’attaquer le bétail vivant. Suite à une médiatisation importante de ces dommages dans les Pyrénées françaises, l’état a sollicité la profession vétérinaire pour la réalisation d’expertises afin de mieux comprendre la part de responsabilité de ces oiseaux. L’objectif de cette thèse est de présenter le rôle des vétérinaires dans l’analyse des dommages attribués au Vautour fauve en France. Pour cela nous avons choisi dans un premier temps de réaliser une enquête d’opinion en 2007-2008 auprès des praticiens des départements hébergeant cette espèce de vautour. Le fonctionnement et les résultats du « réseau expertise-vautour » sont ensuite détaillés, avant de dresser le bilan de la crise vautour en France. Ce qui nous mènera à étudier les origines possibles de cette crise et les solutions envisagées pour la gérer. Pour en savoir plus …

Sailler A. 2016. Étude de la sensibilité des rapaces aux anticoagulants

Résumé : Les anticoagulants sont les molécules les plus utilisées lors des campagnes de lutte contre les rongeurs. De nombreuses espèces non-cibles sont chaque année recensées parmi les victimes ; les rapaces en font partie. Ce travail expérimental vise à établir la sensibilité des oiseaux de proies (chouettes hulottes, faucons crécerelles, buses variables, éperviers d’Europe) aux trois molécules que sont le coumafène, la chlorophacinone et la bromadiolone en mesurant leur constante d’inhibition, et comparer nos résultats avec les données de la littérature concernant les mammifères. Le séquençage et la localisation du gène codant la vitamine K époxyde-réductase, enzyme indispensable au recyclage de la vitamine K1 et à la coagulation plasmatique, ont été entrepris sans succès à partir de différentes amorces. Pour en savoir plus …

Sentenac H. 2015. Causes possibles de non-éclosion chez le Busard Saint-Martin (Circus cyaneus)

Résumé : Le Busard Saint-Martin (Circus cyaneus) est un rapace dont les populations françaises sont en déclin. Le taux de non-éclosion constaté en Aveyron (12) par SOSBusards (36% soit quatre fois le taux considéré normal), pourrait en être une des raisons. L’objectif de cette étude est d’effectuer le diagnostic différentiel des causes de non-éclosion pouvant affecter ce rapace. Les malpositions, une mauvaise alimentation, des températures délétères pendant l’incubation, des étiologies infectieuses, la consanguinité, et la toxicité de composés de synthèse présents dans l’environnement, peuvent être responsables de non-éclosion. Parmi ces derniers, les composés organochlorés (DDT, PCB) ont été notamment cités, ainsi que d’autres, et les mécanismes pathogéniques exposés (embryotoxicité, perturbation endocrinienne, tératogénicité). La mise en relation de ces causes avec le contexte écotoxicologique du Busard en Aveyron a permis d’orienter des analyses toxicologiques. Les résultats montrent sur 16 œufs la présence de composés organochlorés (DDT sur tous, et PCB non dioxin-like sur certains). Aucune des concentrations relevées ici ne permet d’expliquer à elle seule les non-éclosions observées. Un effet synergique ou additif résultant de l’interaction des composés chimiques est probable mais reste à démontrer. On conclura que ce fort taux de non-éclosion chez le Busard Saint-Martin est très probablement le résultat d’un effet de sommation des causes susmentionnées, particulièrement accentuées par les activités anthropiques (pollution chimique, modification/destruction d’habitats, réchauffement climatique), constituant des pressions de sélection trop soudaines aux yeux de l’évolution. Pour en savoir plus …

Mas E. 2016. L’intoxication par le plomb chez les rapaces, étude épidémiologique de la plombémie chez des rapaces victimes de tir

Résumé : Chez les rapaces, l’intoxication par le plomb provoque typiquement des troubles nerveux se traduisant par des parésies et des troubles digestifs. Une telle intoxication est susceptible d’aboutir à la mort de l’individu sans un traitement par des agents chélateurs du plomb. De manière subclinique, une exposition à des niveaux de plomb faibles sur le long terme atteint le système immunitaire, le système reproducteur, le comportement et le système hématopoïétique, ce qui amoindrit la survie et affecte la dynamique des populations. La voie principale d’intoxication est la voie orale. Les analyses des proportions relatives des différents isotopes stables du plomb ont permis de mettre en cause de façon indéniable le plomb des munitions de chasse comme source majoritaire de plomb chez les rapaces. Le risque d’intoxication est fonction du régime alimentaire du rapace : le risque est accru pour les individus totalement ou partiellement charognards ainsi que pour ceux qui consomment du gibier chassé par l’Homme. La mesure de la plombémie chez des rapaces pris en charge par des Centres de sauvegarde de la faune sauvage qui présentent des plombs de chasse et/ou des fragments de munitions enkystés dans l’organisme a montré que ces individus présentent des plombémies plus élevées que des individus indemnes et notamment plus élevées que le seuil de toxicité subclinique retenu de 200 microgrammes/L. Cette différence globale est retrouvée chez la Buse variable et le Faucon crécerelle. Les fragments de munitions qui peuvent persister dans l’organisme après une blessure par arme à feu sont vraisemblablement responsables d’une exposition au plomb à bas bruit avec une gravité variable en fonction de leur localisation. Pour en savoir plus …

Guyot C. 2009. Plans de sauvegarde des rapaces nocturnes : étude au centre de soins Athénas dans le Jura

Résumé : Les rapaces nocturnes sont des oiseaux méconnus. Lorsqu’un vétérinaire en reçoit un à son cabinet, il se retrouve souvent bien démuni. Le but de cette étude est de donner des conseils aux vétérinaires sur les rapaces nocturnes qu’ils peuvent rencontrer dans leur pratique quotidienne, et de présenter les gestes à réaliser afin de leur donner les premiers soins. Dans une première partie, l’auteur décrit les caractéristiques physiques et biologiques de ces oiseaux et explique le rôle des centres de soins et celui des vétérinaires face à ces animaux. Dans une seconde partie, il présente une étude rétrospective réalisée en association avec le centre de soins Athénas dans le Jura sur 8 ans. Elle analyse les espèces rencontrées ainsi que l’âge, la provenance, les causes d’accueil et les traumatismes des oiseaux recueillis, et étudie leur devenir. Enfin il explique les diverses étapes de l’examen clinique de ces oiseaux, le traitement de l’urgence et la réalisation des premiers soins. Pour en savoir plus …

Ronflet N. 2003. Adaptation au jeûne hivernal chez le poussin de manchot royal

Résumé : Dès l’âge de 3 à 4 mois, le poussin de manchot royal est abandonné par ses parents et doit endurer un jeûne hivernal d’une durée exceptionnelle de 5 mois, un record chez les homéothermes. Aux fortes contraintes énergétiques liées au jeûne s’ajoutent les rudes conditions climatiques de la zone subantarctique. Son aptitude à survivre pendant une si longue période tient en deux adaptations : L’adaptation au froid fait tout d’abord intervenir une protection accrue, notamment grâce à l’isolation thermique extrêmement efficace, et à la formation des crèches, typique des Sphéniscidés ? De plus, le développement d’une NST qui s’ajoute puis remplace le frisson thermique, augmente les capacités thermogènes globales. De par ses effets lipolytiques et thermogènes marqués, le glucagon apparaît comme l’hormone de l’adaptation au froid. L’adaptation au jeûne consiste en une économie des protéines, constituants essentiels de l’organisme, et en une réduction de la dépense énergétique. Ces mesures, en relation avec une adiposité initiale très élevée, vont permettre l’augmentation de la durée du jeûne. La diminution de la dépense énergétique passe par une activité locomotrice limitée et un métabolisme basal faible. Seules les capacités de NST sont préservées afin d’éviter une hypothermie mortelle en phase finale du jeûne, alors que l’isolation thermique du poussin est considérablement réduite. Pour en savoir plus …

Dondelinger C. 2004. Étude de la réponse métabolique et hormonale au glucagon chez le poussin de manchot royal (Aptenodytes patagonicus) au cours de sa croissance (archipel de Crozet)

Résumé : Cette étude présente les connaissances actuelles sur la biologie du manchot royal (Aptenodytes patagonicus) et de son poussin, ainsi que sur le métabolisme des lipides et le rôle du glucagon chez les oiseaux. L’étude expérimentale présente l’influence du jeûne et de la croissance sur le métabolisme énergétique du poussin et sa régulation au cours de son développement. Il apparaît que le poussin présente des préadaptations dès l’âge de 4 mois en vue des phases de jeûne de son cycle de croissance et une plus grande capacité à mobiliser ses réserves lors de son départ en mer. Pour en savoir plus …

Marquetoux N. 2010. Analyse de risque de transmission de virus influenza de l’avifaune sauvage aux poulets de chair élevés en plein air dans le département de l’Ain

Résumé : L’étude de l’Influenza aviaire est devenue un enjeu majeur pour la pérennité des productions animales avicoles mais aussi en termes de santé publique. Bien qu’il existe des données concernant l’épidémiologie de l’Influenza chez les oiseaux sauvages, les connaissances des interactions entre oiseaux de rente et avifaune sauvage sont très limitées. Cette analyse de risque de transmission de virus IA de l’avifaune sauvage aux poulets élevés sur parcours dans le département de l’Ain permet de dresser une liste d’espèces prioritaires pouvant représenter un danger non négligeable pour les volailles domestiques. Cela peut aider à générer des modèles mathématiques prévisionnels pour servir de cadre à une collecte de données de terrain qui permettra d’aller plus avant dans l’analyse. Pour en savoir plus…

Brisbois L. 2009. Les migrations longue distance chez les oiseaux : phénologie et intérêt épidémiologique

Résumé : La migration constitue un impératif pour de nombreuses espèces animales, en particulier chez les oiseaux. Cette thèse s’intéresse aux adaptations physiologiques et anatomiques chez les oiseaux parcourant de longues distances. Par ailleurs, nous nous intéressons également à l’épidémiologie du virus de l’encéphalite West Nile et du virus Influenza aviaire, pour comprendre le rôle de ces oiseaux migrateurs dans la propagation de ces maladies. Pour en savoir plus…

Millerioux M. 2010. Contribution à la création d’un réseau de surveillance épidémiologique des amphibiens de France. A propos des infections à Batrachochytrium dendrobatidis et aux Ranavirus

Résumé : A l’heure actuelle, un tiers des espèces d’amphibiens répertoriées dans le monde est menacé d’extinction. Quoique multifactoriels, ces déclins semblent liés significativement à des maladies telles que les infections à Batrachochytrium dendrobatidis et aux Ranavirus, maladies à déclaration obligatoire auprès de l’OIE. Des herpétologistes français ainsi que le programme européen RACE souhaitent la création d’un réseau d’épidémiosurveillance dédié aux amphibiens de France. Cette thèse apporte un ensemble de propositions face aux enjeux scientifiques, humains et logistiques soulevés par ce projet. Elle présente plusieurs options concrètes et adaptables en fonction des objectifs souhaités et des moyens disponibles. Pour en savoir plus…

Cappio AS. 2010. La conservation des tortues dans le monde : trois exemples

Résumé : A travers le monde, diverses organisations ont engagé une action commune pour préserver les tortues et aider à la conservation de leurs milieux. Trois programmes de conservation dans trois pays différents ont été pris comme exemple dans ce présent travail. Le programme de conservation sur Aldabra est à lui seul le plus important projet de conservation d’une tortue terrestre (Dipsochelys dussumieri) mené aujourd’hui dans le monde. La sauvegarde de cet atoll et de la faune qui le peuple repose surtout sur une volonté politique de limiter strictement le tourisme et de laisser la nature s’exprimer sans influence humaine. L’association SOPTOM, « Station d’Observation et de Protection des Tortues et de leurs Milieux », a pour objectif l’étude et la conservation de la tortue d’Hermann. La SOPTOM a ouvert le Village des Tortues à Gonfaron afin d’informer le public et de financer la conservation des tortues. Un des sites les plus riches en tortues d’eau, sur la Mary River, en Australie, est menacé par un barrage. Six espèces de tortues rares y vivent, dont une espèce endémique remarquable, Elusor macrurus. Toute une faune exceptionnelle serait condamnée par ce projet de construction d’un « collecteur » d’eau. L’association australienne, AFTCRA, se bat pour éviter le pire. Pour en savoir plus …

Ferry-Wilczek M. 2012. Les infections à SIV chez les primates non-humains : un modèle d’étude pour la compréhension du VIH – SIDA et implication pour la conservation de la biodiversité

Résumé : Près de 30 ans après la découverte du VIH, on estime à 34 millions le nombre de personnes touchées par le SIDA dans le monde. La pandémie continue de tuer chaque année 1,8 millions de personnes. Nous savons aujourd’hui que les virus de l’immunodéficience humaine (VIH) sont issus de la transmission inter-espèces des virus de l’immunodéficience simienne (SIV) infectant naturellement les primates non-humains en Afrique subsaharienne. Le SIVsmm infectant les mangabeys enfumés est à l’origine du VIH-2, tandis que le SIVcpz infectant les chimpanzés et le SIVgor des gorilles des plaines dans la région centre-ouest de l’Afrique sont les ancêtres du VIH-1, responsable de la pandémie du VIH/SIDA. Les virus VIH et SIV étant étroitement apparentés, l’étude des infections naturelles et expérimentales, dans le milieu naturel et en captivité, chez les singes nous permet de mieux comprendre la physiopathologie de l’infection, l’histoire évolutive des virus, mais également d’ouvrir de nouvelles pistes thérapeutiques en s’appuyant sur les mécanismes de défense observés chez les singes pourtant porteurs du SIV mais ne déclarant pas de Syndrome d’Immunodéficience Acquise (SIDA). De plus, le singe étant le modèle animal le plus proche de l’homme, tout nouvel essai thérapeutique doit être testé sur lui avant d’être tenté sur l’homme. Il a été récemment observé que les SIV pouvaient avoir des effets pathogènes chez leurs hôtes naturels. Les espèces de grands singes africains étant pour la plupart menacées, ce facteur doit maintenant être pris en compte dans les efforts pour la conservation des espèces. De plus, l’identification des espèces simiennes pouvant potentiellement transmettre à l’homme de nouveaux variants, l’étude de ces variants et la recherche thérapeutique visant à réduire l’importance de l’infection chez les signes permettraient permettrait également de réduire le risque de voir émerger de nouvelles épidémies de VIH. Pour en savoir plus …

Bourlat M. 2017. Estimation de l’abondance des félins. Application aux panthères des neiges

Résumé : A l’heure où la biodiversité connaît un déclin sans précédent, les félins ne font pas exception et subissent des pressions humaines, environnementales et climatiques. Les études fiables permettant de connaitre l’abondance et les besoins de ces espèces manquent, or elles sont fondamentales à la mise en place de mesures de conservation ciblées et efficaces.
La panthère des neiges, Panthera uncia, est un exemple d’espèce de félin méconnue. Son étude est particulièrement difficile car elle est discrète, farouche, vit à faible densité de population dans des espaces très vastes, peu accessibles, aux conditions climatiques difficiles.
L’étude de la panthère des neiges dans la réserve de Sarychat Ertash au Kirghizistan est une contribution à la collaboration internationale pour la connaissance et la protection de cette espèce. Les données récoltées de 2009 à 2015 par OSI Panthera (indices de présence, piégeage photographique, analyses génétiques sur fèces) n’ont pas permis d’estimer une abondance dans la réserve mais attestent de la présence régulière et stable de la panthère des neiges au cours de la période de suivi et apportent des éléments de compréhension du comportement des panthères. Les analyses génétiques sur fèces prélevées quatre années consécutives ont montré le passage de trente-deux individus différents.
Un travail important reste à faire, comme mettre en place un protocole de prospection plus rigoureux dans l’objectif d’estimer une abondance réelle, l’identification des panthères des neiges sur les photographies et le couplage de cette identification avec les analyses génétiques. Pour en savoir plus …

Boch D. 2004. L’étang d’agrément : étude et maintenance de l’écosystème

Résumé : Après la présentation du biotope et de la biocénose qui constituent l’écosystème de l’étang, l’auteur étudie l’ensemble des perturbations qui l’affectent et le fragilisent. Il envisage ensuite les nombreux travaux de maintenance et de surveillance à entreprendre pour conserver toute la richesse faunistique de l’étang d’agrément. L’ensemble des données recueillies dans la bibliographie est complété d’une expérience de terrain et d’observations personnelles. Pour en savoir plus …

Alyre L. 2006. Contribution à l’étude de la perception sociale lors de réintroductions de prédateurs : analyse et synthèse à partir d’une enquête menée sur la loutre d’Europe (Lutra lutra) dans la Drôme

Résumé : Lors de projets de réintroductions, il existe de nombreux éléments à prendre en compte pour que celui-ci réussisse et permette ainsi de repeupler certains habitats par des animaux jusque là disparus. Une des principales mesures à étudier est l’aspect social de ces réintroductions, à savoir la perception qu’à l’homme du retour de l’animal considéré. Les principales difficultés se retrouvent le plus souvent à ce niveau, d’autant plus lorsque que l’on parle de prédateurs. Se pose alors le problème de la gestion de la cohabitation entre l’homme et l’animal. A partir de l’exemple de la perception de la loutre d’Europe (Lutra lutra) par les habitants de la Drôme, les principales difficultés rencontrées lors de réintroductions de prédateurs sont dégagées en prenant appui également sur les expériences vécues avec le lynx boréal (Lynx lynx), le loup (Canis lupus) et l’ours brun (Ursus arctos). Pour en savoir plus …

Vimal J. 2007. Physiopathologie des coraux

Résumé : Longtemps considérés comme appartenant au règne végétal, les coraux sont des animaux marins qui appartiennent à l’embranchement des Cnidaires. Les coraux durs disposent d’un squelette calcaire rigide alors que les coraux mous sont capables d’onduler dans les courants. En dépit de leur apparente hétérogénéité, ils sont tous constitués d’un ou plusieurs polypes associés qui forment la colonie. La majeure partie des coraux sont capables d’utiliser l’énergie lumineuse grâce à leur symbiose avec des algues unicellulaires : les zooxanthelles. Ils ont également la capacité de se nourrir via l’ingestion et la digestion de végétaux et d’animaux présents dans leur environnement. Leur priorité est la lutte pour l’espace et la conquête de nouveaux territoires, elle est effective grâce à de multiples procédés de défense et de propagation. Depuis quelques années, on assiste à une augmentation rapide et sévère de la dégradation des récifs coralliens ; les causes sont nombreuses, diverses et plus ou moins liées entre elles ; elles incluent les maladies et la prédation, les changements globaux et l’impact de l’homme. Face à cette situation de plus en plus critique, il est urgent de mettre en place des structures capables d’enregistrer et d’uniformiser les informations recueillies au niveau mondial, ceci afin de pouvoir envisager des mesures curatives et défensives efficaces. Pour en savoir plus …

Aucouturier T. 2008. Indicateurs biologiques et qualité du milieu aquatique dulçaquicole français

Résumé : Les ressources en eau devront être une préoccupation majeure dans les décennies à venir, notamment concernant les besoins en eau potable. La gestion de cette ressource passe nécessairement par la protection de tous les milieux aquatiques. Le fonctionnement de ceux-ci garantissant la qualité de la ressource. Des mesures de protection forte doivent donc être prises en faveur de ces milieux. Cela passe par la mise en place de moyen d’évaluation mais aussi de surveillance des milieux aquatiques. Cette surveillance portant à la fois sur des aspects physico-chimiques et sur des aspects biologiques. Pour cela, des indicateurs biologiques ont été élaborés depuis de nombreuses années. La Directive Cadre Européenne sur l’eau, du fait de ses exigences en matière de bio-indication, a donné un nouvel élan à ces recherches, conduisant à la mise en place d’outils de plus en plus performants, permettant d’ajuster au mieux les actions de protection et de restauration nécessaires. Pour en savoir plus …

Cappio AS. 2010. La conservation des tortues dans le monde : trois exemples

Résumé : A travers le monde, diverses organisations ont engagé une action commune pour préserver les tortues et aider à la conservation de leurs milieux. Trois programmes de conservation dans trois pays différents ont été pris comme exemple dans ce présent travail. Le programme de conservation sur Aldabra est à lui seul le plus important projet de conservation d’une tortue terrestre (Dipsochelys dussumieri) mené aujourd’hui dans le monde. La sauvegarde de cet atoll et de la faune qui le peuple repose surtout sur une volonté politique de limiter strictement le tourisme et de laisser la nature s’exprimer sans influence humaine. L’association SOPTOM, « Station d’Observation et de Protection des Tortues et de leurs Milieux », a pour objectif l’étude et la conservation de la tortue d’Hermann. La SOPTOM a ouvert le Village des Tortues à Gonfaron afin d’informer le public et de financer la conservation des tortues. Un des sites les plus riches en tortues d’eau, sur la Mary River, en Australie, est menacé par un barrage. Six espèces de tortues rares y vivent, dont une espèce endémique remarquable, Elusor macrurus. Toute une faune exceptionnelle serait condamnée par ce projet de construction d’un « collecteur » d’eau. L’association australienne, AFTCRA, se bat pour éviter le pire. Pour en savoir plus …

Sailler A. 2016. Étude de la sensibilité des rapaces aux anticoagulants

Résumé : Les anticoagulants sont les molécules les plus utilisées lors des campagnes de lutte contre les rongeurs. De nombreuses espèces non-cibles sont chaque année recensées parmi les victimes ; les rapaces en font partie. Ce travail expérimental vise à établir la sensibilité des oiseaux de proies (chouettes hulottes, faucons crécerelles, buses variables, éperviers d’Europe) aux trois molécules que sont le coumafène, la chlorophacinone et la bromadiolone en mesurant leur constante d’inhibition, et comparer nos résultats avec les données de la littérature concernant les mammifères. Le séquençage et la localisation du gène codant la vitamine K époxyde-réductase, enzyme indispensable au recyclage de la vitamine K1 et à la coagulation plasmatique, ont été entrepris sans succès à partir de différentes amorces. Pour en savoir plus …

Sentenac H. 2015. Causes possibles de non-éclosion chez le Busard Saint-Martin (Circus cyaneus)

Résumé : Le Busard Saint-Martin (Circus cyaneus) est un rapace dont les populations françaises sont en déclin. Le taux de non-éclosion constaté en Aveyron (12) par SOSBusards (36% soit quatre fois le taux considéré normal), pourrait en être une des raisons. L’objectif de cette étude est d’effectuer le diagnostic différentiel des causes de non-éclosion pouvant affecter ce rapace. Les malpositions, une mauvaise alimentation, des températures délétères pendant l’incubation, des étiologies infectieuses, la consanguinité, et la toxicité de composés de synthèse présents dans l’environnement, peuvent être responsables de non-éclosion. Parmi ces derniers, les composés organochlorés (DDT, PCB) ont été notamment cités, ainsi que d’autres, et les mécanismes pathogéniques exposés (embryotoxicité, perturbation endocrinienne, tératogénicité). La mise en relation de ces causes avec le contexte écotoxicologique du Busard en Aveyron a permis d’orienter des analyses toxicologiques. Les résultats montrent sur 16 œufs la présence de composés organochlorés (DDT sur tous, et PCB non dioxin-like sur certains). Aucune des concentrations relevées ici ne permet d’expliquer à elle seule les non-éclosions observées. Un effet synergique ou additif résultant de l’interaction des composés chimiques est probable mais reste à démontrer. On conclura que ce fort taux de non-éclosion chez le Busard Saint-Martin est très probablement le résultat d’un effet de sommation des causes susmentionnées, particulièrement accentuées par les activités anthropiques (pollution chimique, modification/destruction d’habitats, réchauffement climatique), constituant des pressions de sélection trop soudaines aux yeux de l’évolution. Pour en savoir plus …

Mas E. 2016. L’intoxication par le plomb chez les rapaces, étude épidémiologique de la plombémie chez des rapaces victimes de tir

Résumé : Chez les rapaces, l’intoxication par le plomb provoque typiquement des troubles nerveux se traduisant par des parésies et des troubles digestifs. Une telle intoxication est susceptible d’aboutir à la mort de l’individu sans un traitement par des agents chélateurs du plomb. De manière subclinique, une exposition à des niveaux de plomb faibles sur le long terme atteint le système immunitaire, le système reproducteur, le comportement et le système hématopoïétique, ce qui amoindrit la survie et affecte la dynamique des populations. La voie principale d’intoxication est la voie orale. Les analyses des proportions relatives des différents isotopes stables du plomb ont permis de mettre en cause de façon indéniable le plomb des munitions de chasse comme source majoritaire de plomb chez les rapaces. Le risque d’intoxication est fonction du régime alimentaire du rapace : le risque est accru pour les individus totalement ou partiellement charognards ainsi que pour ceux qui consomment du gibier chassé par l’Homme. La mesure de la plombémie chez des rapaces pris en charge par des Centres de sauvegarde de la faune sauvage qui présentent des plombs de chasse et/ou des fragments de munitions enkystés dans l’organisme a montré que ces individus présentent des plombémies plus élevées que des individus indemnes et notamment plus élevées que le seuil de toxicité subclinique retenu de 200 microgrammes/L. Cette différence globale est retrouvée chez la Buse variable et le Faucon crécerelle. Les fragments de munitions qui peuvent persister dans l’organisme après une blessure par arme à feu sont vraisemblablement responsables d’une exposition au plomb à bas bruit avec une gravité variable en fonction de leur localisation. Pour en savoir plus …

Saussi El Alaoui M. 2016. Rivières et biodiversité : méthodologies de suivi de la qualité des eaux de surface pour l’analyse des contaminations par les pesticides

Résumé : Les analyses d’eau de surface mettent en évidence une présence quasi-généralisée des produits phytopharmaceutiques (PPP) dans les cours d’eau français, mais il est difficile d’interpréter cette présence en termes d’impacts et d’en déduire des préconisations quant aux programmes de mesures à mener pour réduire ces impacts. Il existe en outre de nombreux outils d’évaluation du risque de transfert des PPP vers les eaux de surface. Ce travail a pour objectif d’analyser comment ces outils et ces données sur la qualité de l’eau sont utilisés dans le cadre de la gestion du risque des PPP pour les écosystèmes des rivières et de formuler des propositions d’améliorations. Pour ce faire, une revue bibliographique sur la question a été menée, complétée par de nombreux entretiens avec des agents impliqués aux différentes étapes allant de l’Autorisation de Mise sur le Marché des PPP à la gestion du risque de transfert sur le terrain. Ce travail inclue également des éléments de comparaison avec les approches d’autres états membres de l’Union Européenne. Les principaux enseignements sont les suivants. D’une part, le suivi des risques a priori se heurte à des difficultés de sélection parmi l’offre existante d’outils. D’autre part, les données de qualité de l’eau au regard des PPP sont certes nombreuses mais peu adaptées pour en déduire des impacts spécifiques aux PPP sur les organismes aquatiques. En somme, ce travail met en évidence l’importance de connecter davantage la gestion du risque avec les méthodologies de surveillance de la qualité des eaux au regard des PPP. Pour en savoir plus …

Azaïs C. 2017. Analyse rétrospective de la contamination de la loutre d’Europe (Lutra lutra) par les polluants organiques persistants, les éléments traces métalliques et les anticoagulants dans le bassin versant de la Loire, de 1994 à 2014

Résumé : La loutre d’Europe, par son rang de super-prédateur et sa capacité à bio-accumuler de nombreuses substances toxiques, constitue un bon indicateur du niveau de pollution des milieux aquatiques.
L’objectif de notre étude est d’établir les niveaux de contamination ainsi que les conséquences éventuelles sur les populations de loutres, mais aussi de dégager des tendances géographiques et temporelles pour un nombre choisi de polluants : des polluants organiques persistants (PCBs, DDTs, lindane), des éléments traces métalliques (plomb, cadmium, cuivre, mercure, arsenic), et des anticoagulants (bromadiolone, chlorophacinone, difénacoum). Nous avons rassemblé, dans un seul jeu de données, l’ensemble des analyses de foies et de reins de loutres qui ont été faites entre 1994 et 2014 dans dix-huit départements français situés, pour la plupart, dans le bassin versant de la Loire.
Dans un premier temps, nous avons décrit la biologie de la loutre et l’évolution de ses populations. Dans un deuxième temps, nous avons fait un point sur les outils d’évaluation utilisés en écotoxicologie ainsi que sur les lois pour la protection des milieux aquatiques en France et en Europe. Ensuite, nous avons décrit les sources d’émission, les propriétés et la toxicité de chaque polluant, mais aussi les résultats de plusieurs études menées sur les mustélidés pour ces substances. Enfin, nous avons procédé à l’analyse statistique des données récoltées. Pour en savoir plus …

Guyot C. 2009. Plans de sauvegarde des rapaces nocturnes : étude au centre de soins Athénas dans le Jura

Résumé : Les rapaces nocturnes sont des oiseaux méconnus. Lorsqu’un vétérinaire en reçoit un à son cabinet, il se retrouve souvent bien démuni. Le but de cette étude est de donner des conseils aux vétérinaires sur les rapaces nocturnes qu’ils peuvent rencontrer dans leur pratique quotidienne, et de présenter les gestes à réaliser afin de leur donner les premiers soins. Dans une première partie, l’auteur décrit les caractéristiques physiques et biologiques de ces oiseaux et explique le rôle des centres de soins et celui des vétérinaires face à ces animaux. Dans une seconde partie, il présente une étude rétrospective réalisée en association avec le centre de soins Athénas dans le Jura sur 8 ans. Elle analyse les espèces rencontrées ainsi que l’âge, la provenance, les causes d’accueil et les traumatismes des oiseaux recueillis, et étudie leur devenir. Enfin il explique les diverses étapes de l’examen clinique de ces oiseaux, le traitement de l’urgence et la réalisation des premiers soins. Pour en savoir plus …

Ribault E. 2016. Impact des rats noirs (Rattus rattus) sur les rongeurs endémiques de Madagascar : occupation de l’habitat et parasitisme

Résumé : Les rats noirs (Rattus rattus) sont de plus en plus reconnus comme une menace majeure pour les rongeurs endémiques insulaires, notamment lorsque l’habitat est fragmenté et que l’endémisme est élevé. A Madagascar, qui présente ces attributs, les rats noirs ont récemment proliféré dans des aires protégées et semblent en menacer les populations de rongeurs. Dans la réserve naturelle de Betampona (BNR), les observations faites par les guides semblent indiquer un sévère déclin de la population endémique de rats roux des forêts (Nesomys rufus) depuis 2008, alors que la population de rats noirs est en augmentation dans la forêt et les villages environnants. De plus, une récente étude suspecte que le parasite sanguin Trypanosoma lewisi est potentiellement transmis par les rats noirs à Nesomys rufus dans plusieurs réserves malgaches et que ce dernier pourrait y être sensible. Sachant que les niches écologiques de Nesomys rufus et du rat noir se superposent, il y a un risque accru que des phénomènes de compétition ou que des transmissions de maladie se mettent en place entre ces deux espèces. L’étude présentée ici avait pour objectif de décrire et de modéliser la distribution et la charge parasitaire des rats noirs et des rongeurs endémiques de la BNR. C’est la première fois qu’une étude de cette nature a été réalisée dans la BNR. Au cours de l’étude, aucun rongeur endémique n’a été observé dans les zones où ils étaient fréquemment aperçus il y a quelques années, alors que des rats noirs y ont été capturés. Ces derniers semblent privilégier les habitats perturbés et ne pas être présents dans la forêt primaire. La prévalence des endoparasites était très importante chez les rats noirs, majoritairement représentés par des parasites de la famille des Trichostrongylidae. Les charges parasitaires les plus hautes ont été observées chez les jeunes en provenance des forêts perturbées. Les données recueillies par cette étude constituent une étape nécessaire pour renseigner les acteurs actuels chargés de la conservation dans la BNR, pour implémenter des actions préventives et identifier les futures priorités de recherche. Pour préserver efficacement les rongeurs endémiques de la BNR, il est important de promouvoir la restauration de l’habitat et de surveiller de façon accrue les populations de rats noirs ainsi que leurs agents pathogènes dans les habitats perturbés. Pour en savoir plus …

Bizard F. 2009. Épidémiologie sur 10 ans de trois zoonoses majeures chez les rongeurs commensaux en France

Résumé : Les trois maladies choisies : Leptospirose, Leishmaniose et Hantaviroses font intervenir de manière plus ou moins importante des rongeurs dans leur cycle zoonotique. Les connaissances épidémiologiques les concernant sont regroupées dans ce travail ainsi que les prévalences annuelles sur le territoire français au cours des dix dernières années au minimum. Lorsque cela a été possible, il a été établi le coût pour la société de telles maladies. Un aperçu des situations mondiale et européenne permet de globaliser la réflexion et d’entrevoir les évolutions épidémiologiques futures. Enfin une réflexion a été menée sur les moyens à employer pour le contrôle des populations de rongeurs sur nos territoires, et sur la justification des mesures rodenticides. Pour en savoir plus …

Ortega A. 2011. Bilan du parasitisme helminthique de la marmotte alpine (Marmota marmota) en fin de saison d’activité en Savoie de 1996 à 2009

Résumé : A partir de 44 bilans parasitaires et analyses coproscopiques réalisés sur des marmottes issues du massif de la Vanoise en fin de saison d’activité entre 1996 et 2009, cette étude dresse l’état des lieux du parasitisme digestif de cette espèce. Trois helminthes apparaissent majoritaires et sont étudiés en détail : le cestode Ctenotaenia marmotae (dont la prévalence est presque maximale, à 97,7%), le nématode Ascaris laevis (63,6%) et l’oxyure Citellina alpina (43,2%). Des singularités s’en dégagent, tels que la charge parasitaire très élevée, des distributions parasitaires agrégées au sein des populations de marmottes et l’effet  » densité-dépendant  » pour C. marmotae et A. laevis. Enfin, la mise en relation entre les bilans parasitaires et les coproscopies réalisées sur les mêmes individus montre que la coproscopie n’est pas du tout fiable dans le cas de C. alpina, est un indicateur moyen dans le cas de C. marmotae, et enfin un très bon reflet de l’infestation parasitaire réelle pour A. laevis. Pour en savoir plus …

Cordier M. 2010. Les maladies transmissibles du lapin de garenne (Oryctolagus cuniculus) en liberté

Résumé : D’après notre revue de la littérature, c’est la myxomatose qui aurait le plus d’impact sur les populations de lapins de garenne (Oryctolagus cuniculus). Les formes aiguës sont rares ; toutefois, le caractère immunosuppresseur du virus favorise l’expression d’autres maladies. La calicivirose hémorragique est moins fréquente, mais peut provoquer localement une forte mortalité en cas d’épizootie. Enfin, les coccidies sont les agents pathogènes les plus fréquemment rencontrés, mais ils sont en général bien tolérés. Le repeuplement, réalisé par capture de lapins puis relâcher dans un autre habitat, permet de renforcer des populations jugées trop faibles. Ces modifications environnementales et alimentaires perturbent l’équilibre de la flore digestive, et provoquent des entérites d’adaptation. Ces diarrhées, souvent multi-étiologiques, vont fragiliser le lapin ; elles représentent la principale cause de mortalité à court terme à envisager dans une analyse de risque sanitaire, lors d’un lâcher. Pour en savoir plus…

Artois M, Gardon S et Mialet S; Avec la collaboration des groupes de travail GEST et GEPP composés de Balon C, Delarue A,  Lemaistre M-C, Renault H, Revollal B, Riverola N et Sevestre H. 2016-2017. Crises sanitaires impliquant la faune sauvage

L’ENSV a accompagné le Groupe de travail 1 « santé et biodiversité » du Plan National Santé Environnement 3 (commanditaire : Ministère de l’Environnement, de l’Énergie et de la Mer) pour réaliser une étude afin d’identifier les modalités de retour d’expérience partagée, les conditions de gestion des risques sanitaires impliquant la faune sauvage limitant l’occurrence de crise, et enfin les actions préventives à proposer aux ministères en vue de la définition de leur stratégie en amont de la crise. Cette étude a permis la production d’un rapport du Groupe d’étude scientifique et technique (GEST), comprenant une synthèse bibliographique et un panorama des différentes crises impliquant la faune et la flore sauvage jusque 2016, puis d’un rapport du Groupe d’étude des politiques publiques (GEPP) résultant de l’étude approfondie de 4 crises : Barry, Lyme, Ambroisie, Influenza, et une synthèse finale réalisée par Marc Artois, Sébastien Gardon et Sylvie Mialet.

Freycon P. 2015. Rôle du bouquetin Capra ibex dans épidémiologie de la brucellose à Brucella melitensis en Haute-Savoie 

Résumé : Suite à la découverte en avril 2012 d’un foyer domestique de brucellose à Brucella melitensis dans une exploitation bovine laitière dans le massif du Bargy, le rôle du bouquetin des Alpes Capra ibex a été fortement suspecté dans la ré-émergence de la maladie en Haute Savoie. Notre étude avait pour but d’étudier le rôle de cet ongulé de montagne dans l’épidémiologie de cette zoonose aux enjeux économiques et sanitaires majeurs. Nous avons ainsi évalué le niveau de présence de l’infection et étudié la pathogénie de la brucellose chez le bouquetin à partir des données collectées entre 2012 et 2015 dans le cadre du suivi populationnel et sanitaire mis en œuvre par l’ONCFS. Ce travail d’analyse permet de mieux comprendre dans quelle mesure l’infection brucellique évolue de manière autonome au sein de la population de bouquetins du massif du Bargy. Néanmoins, la mise en parallèle de ces résultats avec les investigations menées sur les interactions avec les cheptels domestiques s’avère indispensable dans l’évaluation du risque de transmission interspécifique que représente ce foyer sauvage. Pour en savoir plus …

Matrat P. 2014. Evolution de la situation épidémiologique de la tuberculose bovine en Côte-d’Or de 2009 à 2013

Résumé : La tuberculose bovine à Mycobacterium bovis est une maladie infectieuse zoonotique pour laquelle la France a obtenu le statut officiellement indemne en 2001, après cinquante ans de lutte. A partir de 2004, la découverte de nouveaux cas dans plusieurs départements français et au sein de la faune sauvage (cervidés, sangliers, blaireaux) a remis cette maladie dans l’actualité. Contrairement au passé, peu de signes cliniques et lésionnels sont observés et le dépistage de la tuberculose est basé sur des tests dont la sensibilité et la spécificité ne sont pas parfaites, mais également sur la mise en place d’enquêtes épidémiologiques en amont et en aval d’un foyer pour retracer la circulation de l’infection. La Côte-d’Or est un département touché par cette recrudescence. L’objectif était de dresser un bilan de la situation épidémiologique en vue de l’évaluation des mesures de surveillance et de gestion de la tuberculose bovine, ainsi que pour l’optimisation de celles-ci. Les résultats obtenus sur les cent-treize foyers identifiés entre 2009 et 2013 mettent en évidence un taux de prévalence sur les cheptels compris entre 1,4 et 2,7% par an au cours de la période étudiée. L’identification des bactéries isolées dans les foyers révèle la présence de deux souches réparties au sein de l’ouest du département dans deux zones distinctes. La prophylaxie annuelle reste le principal moyen de détection des foyers mais l’origine de la contamination est difficilement identifiable dans la majorité des cas. Pour en savoir plus …

Jourdain E. 2003. Etude des maladies abortives non réglementées chez les ongulés sauvages et domestiques de la Réserve Nationale de Chasse et de Faune Sauvage des Bauges

Résumé : Cette étude s’inscrit dans le cadre d’un programme de recherche mis en place simultanément dans trois réserves nationales de chasse et de faune sauvage gérées par l’ONCFS (Orlu, Caroux et Bauges) pour étudier les maladies abortives non réglementées chez les ongulés sauvages et domestiques en cohabitation dans les alpages. Le travail présenté ici correspond à l’étude réalisée dans les Bauges et porte en particulier sur deux maladies : la chlamydophilose abortive et la fièvre Q. La première partie est une revue bibliographique de ces deux maladies qui insiste notamment sur les données relatives aux animaux sauvages. La seconde partie présente le protocole mis en place pour l’étude effectuée dans les Bauges et les résultats qui ont été obtenus. Un historique des maladies abortives et une enquête sérologique ont été réalisés chez les ongulés domestiques qui fréquentent les alpages et les ongulés de montagne présents dans la réserve : chamois (Rupicapra rupicapra) et mouflons (Ovis gmelini). Les résultats révèlent que les ongulés de montagne ont probablement des contacts avec Chlamydophila abortus et Coxiella burnetii car ils réagissent aux tests sérologiques. Ils montrent également que ces maladies sont présentes dans plusieurs troupeaux domestiques qui montent en alpage près de la RNCFS des Bauges. Aucune relation directe n’ayant cependant pu être établie entre les résultats des animaux sauvages et domestiques, l’étude du risque de transmission de maladies abortives entre ces espèces doit être poursuivie. Pour en savoir plus …

Dervaux J. 2012. Cheptel domestique et grande faune sauvage de montagne : risques liés à la transmission d’agents pathogènes et proposition de mesures de prévention dans le Parc national des Écrins

Résumé : Le pastoralisme est profondément ancré dans les pratiques agricoles du département des Hautes-Alpes. Au sein des espaces de montagne protégés, les alpages constituent un lieu privilégié d’interactions entre les cheptels domestiques transhumants (bovins, ovins et caprins) et la faune sauvage de montagne, dont le Chamois et le Bouquetin des Alpes sont des espèces emblématiques. L’objectif de cette étude était, dans un premier temps, de mettre en évidence les risques liés à l’inter-transmission d’agents pathogènes communs entre faunes domestique et sauvage. Nous avons ensuite proposé des mesures de prévention concrètes, applicables au sein du Parc national des Écrins, avec l’élaboration de fiches techniques, dans le but de gérer, au mieux cette cohabitation. Pour en savoir plus …

Mercier A. 2016. Les maladies à tiques à l’interface faune sauvage-ruminants domestiques-homme : détermination de la prévalence des hémopathogènes vectorisés par les tiques parasitant le mouflon (Ovis gmelini musimon x Ovis sp) au sein du massif du Caroux-Espinouse

Résumé : Cette étude a pour but de déterminer la prévalence des principaux pathogènes transmis par les tiques parasitant le mouflon (Ovis gmelini musimon x Ovis sp.) au sein du massif du Caroux-Espinouse. Pour se faire, un échantillonnage de 222 tiques a été réalisé au cours des années 2010, 2012 et 2014 et des PCR ont été réalisées sur chaque échantillon afin de rechercher les pathogènes les plus couramment rencontrés : Borrelia burgdorferi, Babesia sp., Rickettsia sp., Anaplasmataceae, Anaplasma phagocytophilum et Anaplasma marginale. Nos résultats montrent des prévalences similaires aux études qui ont pu être réalisées auparavant au sein d’autres régions de France et d’Europe. Si la présence d’Anaplasma marginale n’a pu être établie dans la région, on retrouve cependant en proportion significative Borrelia burgdorferi et Anaplasma phagocytophilum. Des cartes de distribution spatiale et temporelle ont pu être réalisées et montrent une extension des pathogènes au cours de l’étude, notamment concernant les Anaplasmataceae. Ces résultats nous invitent à nous poser la question de conséquences à la fois économique, par la présence d’élevages de ruminants domestiques dans la région, mais également sanitaire avec la présence de Borrelia burgdorferi et de Babesia venatorum, pathogènes pour l’homme. Pour en savoir plus …

Ferry-Wilczek M. 2012. Les infections à SIV chez les primates non-humains : un modèle d’étude pour la compréhension du VIH – SIDA et implication pour la conservation de la biodiversité

Résumé : Près de 30 ans après la découverte du VIH, on estime à 34 millions le nombre de personnes touchées par le SIDA dans le monde. La pandémie continue de tuer chaque année 1,8 millions de personnes. Nous savons aujourd’hui que les virus de l’immunodéficience humaine (VIH) sont issus de la transmission inter-espèces des virus de l’immunodéficience simienne (SIV) infectant naturellement les primates non-humains en Afrique subsaharienne. Le SIVsmm infectant les Mangabeys enfumés est à l’origine du VIH-2, tandis que le SIVcpz infectant les Chimpanzés et le SIVgor des Gorilles des plaines dans la région centre-ouest de l’Afrique sont les ancêtres du VIH-1, responsable de la pandémie du VIH/SIDA. Les virus VIH et SIV étant étroitement apparentés, l’étude des infections naturelles et expérimentales, dans le milieu naturel et en captivité, chez les singes nous permet de mieux comprendre la physiopathologie de l’infection, l’histoire évolutive des virus, mais également d’ouvrir de nouvelles pistes thérapeutiques en s’appuyant sur les mécanismes de défense observés chez les singes pourtant porteurs du SIV mais ne déclarant pas de Syndrome d’Immunodéficience Acquise (SIDA). De plus, le singe étant le modèle animal le plus proche de l’homme, tout nouvel essai thérapeutique doit être testé sur lui avant d’être tenté sur l’homme. Il a été récemment observé que les SIV pouvaient avoir des effets pathogènes chez leurs hôtes naturels. Les espèces de grands singes africains étant pour la plupart menacées, ce facteur doit maintenant être pris en compte dans les efforts pour la conservation des espèces. De plus, l’identification des espèces simiennes pouvant potentiellement transmettre à l’homme de nouveaux variants, l’étude de ces variants et la recherche thérapeutique visant à réduire l’importance de l’infection chez les signes permettraient permettrait également de réduire le risque de voir émerger de nouvelles épidémies de VIH. Pour en savoir plus …

Humbert C. 2006. Étude du parasitisme de chimpanzés relachés dans le Parc National de Conkouati-Douli (Centre HELP Congo)

Résumé : Une étude du parasitisme interne d’un groupe de chimpanzés relâchés par le projet H.E.L.P. (Habitat Écologique et Liberté des Primates) dans le Parc National de Conkouati-Douli en République du Congo a été menée durant l’année 2005. Pendant 4 mois, des analyses coproscopiques ont été régulièrement pratiquées sur 18 individus. Les objectifs étaient de valider le protocole mis au point lors d’une précédente étude et d’étudier les facteurs de variation du parasitisme au sein de cette communauté de primates. Les profils parasitaires observés sont comparables à ceux des études précédentes, mais avec des taux de prévalence plus élevés. Des variations du parasitisme ont pu être mises en évidence en fonction du temps, du sexe, de l’âge et des groupes sociaux de chimpanzés. Pour en savoir plus …

Beck A. 2011. Contribution à l’étude de la contamination par les polluants organiques persistants et les métaux lourds des animaux de la chaîne alimentaire du bassin versant de la Loire : cas particulier des poissons

Résumé : La rivière Loire est le plus long fleuve français et son bassin versant recouvre l’équivalent d’un cinquième de la surface de la France métropolitaine. L’objectif de notre étude est d’analyser la répartition de divers polluants au sein des animaux de la chaîne alimentaire du bassin versant de la Loire. Nous nous sommes limités dans ce document à l’étage piscicole. Nous avons tout d’abord défini des segments d’intérêt étagés tout au long du parcours de la rivière Loire et de la rivière Allier. Nous avons ensuite fait le choix des molécules à rechercher : organophosphorés et carbamates, herbicides, pesticides organochlorés, polychlorobiphényles, et métaux lourds. Enfin, nous avons prélevé de nombreuses espèces piscicoles de tous niveaux trophiques sur une durée de deux ans. Nous avons réalisé le dosage de chacun des composés ou éléments prédéfinis sur des broyats de poissons totaux ou de tissus en particulier. Nous nous sommes attachés en premier lieu à étudier la répartition géographique des différents polluants sur l’ensemble du bassin versant à l’aide d’une espèce de référence puisque retrouvée sur la plupart des sites : le Chevesne (Leuciscus cephalus). Nous avons, dans un second temps, analysé le comportement biologique de chacune des molécules et de chacun des métaux lourds au sein des diverses espèces piscicoles et par site. Enfin, nous avons envisagé une consommation humaine des individus prélevés et ainsi exploité nos résultats en termes de santé publique. Pour en savoir plus …

Renaud M. 2011. Étude épidémiologique de la diphyllobothriose, zoonose parasitaire, en Haute-Savoie

Résumé : Une résurgence de la diphyllobothriose a été observée en Haute-Savoie depuis une vingtaine d’années. Cette zoonose parasitaire est transmise par l’ingestion de poisson cru ou insuffisamment cuit infesté par des larves de Diphyllobothrium latum. Une enquête a été réalisée auprès de 48 laboratoires d’analyse médicale de Haute-Savoie sur la période 2007-2011. Des coprologies sur des prélèvements de selles de 26 chiens et d’un chat provenant d’une clientèle vétérinaire d’Evian-les-Bains n’ont pas révélé la présence du parasite. Une enquête menée sur des perches du lac Léman achetées sur les ports de Thonon-les-Bains, Anthy-sur-Léman et Séchex a montré une prévalence moyenne de 7,7% sur les filets. Une influence du poids et de la taille du filet sur l’infestation est discutée. La prophylaxie passe par le dépistage et le traitement des personnes infestées, un contrôle de la pollution fécale des lacs (que ce soit par les stations d’épurations ou par la navigation de plaisance) et l’application de règles sanitaires alimentaires simples comme la cuisson ou la congélation du poisson afin de tuer la larve. Des contrôles vétérinaires pourraient être envisagés sur les produits de la pêche en provenance du lac Léman. Pour en savoir plus …

Rouland J. 2012. Contribution des activités économiques à la recherche sur les cétacés

Résumé : Les cétacés sont des sujets d’étude de recherche depuis l’Antiquité mais ils représentent aussi une valeur économique importante, soit pour leur viande, soit pour leur attrait touristique. En 2011, les études utilisant les sujets d’étude des cétacés exploités par une activité économique représentaient 13% des publications. L’objectif de ce travail est d’analyser le lien entre l’exploitation économique et la recherche sur les cétacés. Pour chaque activité économique (chasse baleinière, captivité et Whale Watching), les domaines de recherche sont identifiés, les méthodes et les résultats obtenus sont illustrés par des exemples. La synthèse permet de comparer l’apport de chaque activité à la recherche et de le mettre en perspective par rapport à des recherches non commerciales. Pour en savoir plus …

Dumoulin M. 2015. Étude bibliographique et statistique des entrées d’oiseaux dans les centres de soins français pour la cause « tir »

Résumé : Les centres de soins, en accueillant les animaux sauvages blessés dans le but de les réhabiliter dans leur milieu naturel sont des acteurs importants de la protection de la faune sauvage. L’étude des causes d’accueil en centre de soins est un outil permettant d’évaluer l’impact des activités humaines sur cette faune sauvage. La partie bibliographique de cette étude synthétise les connaissances concernant la législation de la protection de la faune sauvage, le fonctionnement des centres de soins et leurs rôles. L’analyse de 10 rapports annuels de centres de soins permet d’évaluer les causes d’accueils et notamment celles liées à l’activité humaine. Enfin, la notion de braconnage, les données concernant le braconnage en France et les conséquences des tirs sur les oiseaux sont abordés. L’étude expérimentale permet, grâce aux informations fournies par l’Union Française des Centres de Sauvegarde, l’analyse des accueils pour la cause « tir » en centre de soins entre 2000 et 2012 et ainsi évaluer l’importance du tir chez les oiseaux en France. Le but de cette étude est de fournir une première analyse des données concernant le phénomène « tir ». Ce phénomène, même s’il représente en moyenne 2% des accueils en centre de soins, touche des espèces protégées dont certaines font partie de programmes de conservation. Cette thèse pourrait être complétée par l’étude de l’impact du tir, et des autres causes de nature anthropogénique, sur les populations d’oiseaux sauvages afin d’avoir une vue d’ensemble de la problématique. Pour en savoir plus …

Barge E. 2017. Conséquences des activités récréatives et cynégétiques sur le stress et le parasitisme du mouflon méditerranéen.

Résumé : Le dérangement de la faune sauvage par l’Homme dans les espaces naturels est une problématique croissante. Nous avons comparé les concentrations en métabolites des glucocorticoïdes de mouflons méditerranéens (Ovis gmelini musimon x Ovis sp.) du massif du Caroux Espinouse (Hérault). Les activités humaines évaluées, la chasse et le tourisme, se déroulent à des périodes de l’année différentes et à une intensité différente selon la zone. Nous avons cherché les conséquences du stress sur l’immunité des mouflons en mesurant l’excrétion fécale en parasites gastro-intestinaux.
Nous avons trouvé des concentrations en métabolites fécaux du cortisol significativement plus élevées dans les zones et les périodes où les activités humaines sont présentes. Les analyses parasitaires ont permis de montrer la présence de différentes espèces parasitaires à excrétion fécale. La majorité des individus montre un polyparasitisme, avec 2 à 3 espèces de parasites différentes. L’excrétion parasitaire des Eimeria sp. est maximale en août et diminue en octobre et en février. Moins d’espèces de strongles gastro-intestinaux sont retrouvées en hiver que pendant le reste de l’année. L’excrétion fécale d’œufs de strongles est maximale en août. La zone de la réserve a la charge parasitaire en strongles digestifs la plus basse. Cette zone abrite des mouflons ayant une moindre richesse parasitaire que ceux présents dans les autres zones. Nous avons mis en évidence une corrélation linéaire faible entre les mesures de métabolites fécaux des glucocorticoïdes et la diversité totale en parasites gastro-intestinaux suggérant une conséquence possible du dérangement sur l’état de santé des mouflons.
Afin d’affiner ces résultats, des études complémentaires sont à effectuer, en incluant certains facteurs de variations comme le sexe ou en mettant leurs effets en évidence, comme les variations saisonnières. Pour en savoir plus …

Philippe C. 2001. Écotoxicologie des rapaces : étude sur une population de vautours fauves et moines réintroduite dans les Causses

Résumé : Les vautours réintroduits dans les Cévennes sont désormais des auxiliaires indispensables de l’élevage ovin en tant qu’équarrisseurs naturels. Une étude écotoxicologique a été entreprise afin de déterminer si la présence de certains produits pouvait expliquer le syndrome mortel du « tournis » dont ils sont parfois victimes. Le lindane, les PCB, les métaux (plomb, cadmium et mercure) ont été recherchés dans les cadavres de 24 vautours fauves et 3 vautours moines. En parallèle, une enquête chez les vétérinaires sur les habitudes caussenardes en matière de traitements antiparasitaires dans l’élevage ovin montre qu’il faut chercher ailleurs la source éventuelle de ces toxiques. Les teneurs retrouves chez nos vautours sont toutes très faibles, quel que soit le toxique. Il est donc improbable que ceux-ci soient a l’origine du tournis des vautours. Les Cévennes apparaissent donc comme étant un milieu très favorable au développement de ces oiseaux, tant par le respect de leur biologie que par la qualité de l’environnement. Pour en savoir plus …

Reperant L. 2005. Écologie parasitaire d’Echinococcus multilocularis et autres helminthes du système renard roux – rongeurs en milieux urbain et péri-urbain : implications zoonotiques dans le canton de Genève, Suisse

Résumé : Afin d’étudier l’épizootiologie des helminthes du système renard roux – rongeurs en milieu urbain, nous avons réalisé une étude parasitologique chez le renard Vulpes vulpes et chez les rongeurs non-commensaux dans le canton de Genève. Toxocara canis était présent chez 30% des renards. Les prévalences de Toxascaris leonina, d’E. multilocularis (E.m.) et de Taenia sp. chez le renard diminuaient de la zone rurale (50%, 52% et 51% respectivement) vers la zone urbaine (5%, 31% et 23%). Chez Arvicola terrestris, la prévalence d’E.m. était similaire en milieux rural (6%), résidentiel (8%) et urbain (5%). La séroprévalence de Toxocara sp. augmentait des zones rurale (5%) et résidentielle (3%) vers la zone urbaine (13%). Un cycle urbain d’E.m. a été mis en évidence dans la ville de Genève. Un foyer d’échinococcose alvéolaire chez les rongeurs était centré en zone résidentielle à l’interface des milieux rural et urbain. Le risque d’exposition aux nématodes Toxocara sp. est apparu maximal en zone urbaine. Pour en savoir plus …

Massa S. 2014. Utilisation de l’espace et suivi sanitaire du bouquetin des Alpes dans le Parc National des Écrins

Résumé : Cette étude analyse les premières données issues d’un programme de suivi par GPS de bouquetins des Alpes (Capra ibex ibex) dans le Parc National des Écrins. Après plusieurs opérations de réintroduction, trois populations sont présentes dans le parc. Elles ont une évolution démographique mal caractérisée et source de préoccupation. La première partie de ce travail, bibliographique, expose successivement les caractéristiques biologiques de cet ongulé, les maladies auxquelles il est sensible et le site de l’étude. La seconde partie est expérimentale et concerne une trentaine d’animaux. Elle consiste tout d’abord dans l’analyse des résultats de fonctionnement des colliers utilisés. Malgré les défaillances de certains colliers, les résultats sont satisfaisants, avec, après tri des données, un taux d’échec de localisations de 19,8 %. Ensuite, une étude des résultats des analyses sérologiques effectuées sur les animaux portant un collier montre la présence de maladies abortives, respiratoires, du CAEV et de la lymphadénite caséeuse dans les populations étudiées. Enfin, une analyse des premières données GPS permet de décrire l’utilisation de l’espace pour 7 bouquetins suivis pendant 1 an. La taille des domaines vitaux et les distances parcourues sont exposées ainsi que leurs variations selon le mois, le sexe et les individus. L’altitude, la pente et l’exposition de leurs positions sont également étudiés. Il apparait une grande variation individuelle et des différences selon les sexes et les mois. Ce travail permet d’identifier des sites de mises-bas, des corridors de circulation et des zones de cohabitation avec les troupeaux domestiques. Pour en savoir plus …

Humbert C. 2006. Étude du parasitisme de chimpanzés relachés dans le Parc National de Conkouati-Douli (Centre HELP Congo)

Résumé : Une étude du parasitisme interne d’un groupe de chimpanzés relâchés par le projet H.E.L.P. (Habitat Écologique et Liberté des Primates) dans le Parc National de Conkouati-Douli en République du Congo a été menée durant l’année 2005. Pendant 4 mois, des analyses coproscopiques ont été régulièrement pratiquées sur 18 individus. Les objectifs étaient de valider le protocole mis au point lors d’une précédente étude et d’étudier les facteurs de variation du parasitisme au sein de cette communauté de primates. Les profils parasitaires observés sont comparables à ceux des études précédentes, mais avec des taux de prévalence plus élevés. Des variations du parasitisme ont pu être mises en évidence en fonction du temps, du sexe, de l’âge et des groupes sociaux de chimpanzés. Pour en savoir plus …

Vallet M. 2017. Le suivi sanitaire de la faune sauvage. 40 ans d’analyses dans le Parc National de la Vanoise

Résumé : Ce travail revient sur les 40 années d’analyses sanitaires réalisées dans le Parc National de la Vanoise de 1977 à 2017. Dans un premier temps, une base de données regroupant toutes les analyses sanitaires est créée puis l’échantillon est décrit par année, par espèce, sexe, âge et répartition géographique des individus. Une partie des résultats d’analyses est ensuite présentée (causes principales de la mort pour les autopsies, positivité par maladie recherchée pour les sérologies) sur l’ensemble de l’échantillon avant de s’intéresser exclusivement à une espèce patrimoniale, le bouquetin des Alpes, et à un type de pathologie fréquemment responsable de la mort, les affections respiratoires. En effet, les affections respiratoires représentent 35% des causes de mortalité chez cette espèce, qui semble particulièrement prédisposée aux surinfections pyogènes par rapport aux chamois. Les animaux de plus de 6 ans sont les plus concernés par ce type d’affection. En dernier lieu, une synthèse des facteurs de variabilité inhérents à l’évolution des protocoles et de l’hétérogénéité des résultats permet de proposer des pistes d’évolution du suivi sanitaire comme l’organisation de restitutions rapides et systématiques des résultats aux agents de terrain pour entretenir leur motivation ou la mutualisation des données et l’utilisation d’espèces sentinelles pour améliorer le suivi d’espèces patrimoniales rares. Pour en savoir plus …

Jourdain E. 2003. Étude des maladies abortives non réglementées chez les ongulés sauvages et domestiques de la Réserve Nationale de Chasse et de Faune Sauvage des Bauges

Résumé : Cette étude s’inscrit dans le cadre d’un programme de recherche mis en place simultanément dans trois réserves nationales de chasse et de faune sauvage gérées par l’ONCFS (Orlu, Caroux et Bauges) pour étudier les maladies abortives non réglementées chez les ongulés sauvages et domestiques en cohabitation dans les alpages. Le travail présenté ici correspond à l’étude réalisée dans les Bauges et porte en particulier sur deux maladies : la chlamydophilose abortive et la fièvre Q. La première partie est une revue bibliographique de ces deux maladies qui insiste notamment sur les données relatives aux animaux sauvages. La seconde partie présente le protocole mis en place pour l’étude effectuée dans les Bauges et les résultats qui ont été obtenus. Un historique des maladies abortives et une enquête sérologique ont été réalisés chez les ongulés domestiques qui fréquentent les alpages et les ongulés de montagne présents dans la réserve : chamois (Rupicapra rupicapra) et mouflons (Ovis gmelini). Les résultats révèlent que les ongulés de montagne ont probablement des contacts avec Chlamydophila abortus et Coxiella burnetii car ils réagissent aux tests sérologiques. Ils montrent également que ces maladies sont présentes dans plusieurs troupeaux domestiques qui montent en alpage près de la RNCFS des Bauges. Aucune relation directe n’ayant cependant pu être établie entre les résultats des animaux sauvages et domestiques, l’étude du risque de transmission de maladies abortives entre ces espèces doit être poursuivie. Pour en savoir plus …

Dervaux J. 2012. Cheptel domestique et grande faune sauvage de montagne : risques liés à la transmission d’agents pathogènes et proposition de mesures de prévention dans le Parc National des Écrins

Résumé : Le pastoralisme est profondément ancré dans les pratiques agricoles du département des Hautes-Alpes. Au sein des espaces de montagne protégés, les alpages constituent un lieu privilégié d’interactions entre les cheptels domestiques transhumants (bovins, ovins et caprins) et la faune sauvage de montagne, dont le Chamois et le Bouquetin des Alpes sont des espèces emblématiques. L’objectif de cette étude était, dans un premier temps, de mettre en évidence les risques liés à l’inter-transmission d’agents pathogènes communs entre faunes domestique et sauvage. Nous avons ensuite proposé des mesures de prévention concrètes, applicables au sein du Parc national des Écrins, avec l’élaboration de fiches techniques, dans le but de gérer, au mieux cette cohabitation. Pour en savoir plus …

Renard A. 2015. Conséquences des changements globaux sur la migration animale

Résumé : La migration animale est un mouvement actif et périodique d’un individu ou d’une population. Elle correspond à une stratégie face à la variabilité spatio-temporelle de l’environnement. Elle est ubiquitaire, présente dans un nombre varié de taxons, et ses caractéristiques varient considérablement selon l’espèce étudiée. Des facteurs génétiques, physiques, techniques et métaboliques ainsi qu’un contrôle de l’orientation représentent les points-clés d’une migration optimale. Depuis deux siècles, l’intensification des productions humaines déstabilise le biote de la Terre et est responsable de nombreux déséquilibres dans les habitats des espèces migratrices. Les changements climatiques, en particulier le réchauffement de la Terre causé par la production accrue de gaz carbonique dans l’atmosphère, sont à l’origine de nombreuses modifications phénologiques et trophiques des espèces migratrices. De plus, la modification physique des habitats, causée par leur destruction directe, la pollution, l’érosion, la fragmentation, l’invasion d’espèces étrangères et la présence de barrières physiques, touche d’autant plus le phénomène migratoire. La vulnérabilité des espèces migratrices occasionne le déclin de leurs populations, voire leur extinction. Les migrateurs jouent pourtant un rôle majeur dans l’équilibre et la conservation de la biodiversité. La gestion de la biodiversité et la minimisation de l’impact anthropique sont des sujets primordiaux du XXIème siècle et de nombreuses stratégies de protection des espèces migratrices voient aujourd’hui le jour malgré les difficultés géographiques, économiques et sociales qu’elles représentent. Pour en savoir plus …

Desmarais E. 2015. Les virus émergents des deux dernières décennies

Résumé : L’émergence de virus est un phénomène ancien et complexe. Des virus ont toujours émergé mais la complexification du monde moderne joue un rôle de plus en plus important dans ces émergences. L’émergence d’un virus est régie par différents mécanismes. Les facteurs favorisant ces émergences sont nombreux. On peut les classer en trois grandes catégories, des facteurs anthropiques, des facteurs mixtes et des facteurs naturels. Les facteurs anthropiques regroupent des facteurs sociaux-politiques et comportementaux, les mouvements humains et commerciaux et les mesures sanitaires. Les facteurs mixtes correspondent aux changements écologiques. Les facteurs naturels regroupent les changements microbiologiques des virus. On dénombre quatorze virus émergents lors de ces deux dernières décennies. Deux virus sont d’intérêt vétérinaire uniquement, le virus de la Fièvre Catarrhale Ovine et le virus Schmallenberg, cinq virus touchent une population animale et l’Homme, les virus Influenza, le virus Ebola, le virus West-Nile, le virus Hendra, le virus de la fièvre de la Vallée du Rift, et sept virus sont des virus d’intérêt humain, le virus de la Dengue, le virus Chikungunya, le virus de l’encéphalite à tiques, les coronavirus du SRAS et du MERS, le virus Nipah et les Hantavirus. La compréhension des mécanismes d’émergence, la connaissance de ces facteurs favorisant l’émergence et des grandes caractéristiques de ces maladies virales pourrait permettre une meilleure prévision et reconnaissance de ces émergences et par conséquent une meilleure protection des populations. Pour en savoir plus …

Dumoulin M. 2015. Étude bibliographique et statistique des entrées d’oiseaux dans les centres de soins français pour la cause « tir »

Résumé : Les centres de soins, en accueillant les animaux sauvages blessés dans le but de les réhabiliter dans leur milieu naturel sont des acteurs importants de la protection de la faune sauvage. L’étude des causes d’accueil en centre de soins est un outil permettant d’évaluer l’impact des activités humaines sur cette faune sauvage. La partie bibliographique de cette étude synthétise les connaissances concernant la législation de la protection de la faune sauvage, le fonctionnement des centres de soins et leurs rôles. L’analyse de 10 rapports annuels de centres de soins permet d’évaluer les causes d’accueils et notamment celles liées à l’activité humaine. Enfin, la notion de braconnage, les données concernant le braconnage en France et les conséquences des tirs sur les oiseaux sont abordés. L’étude expérimentale permet, grâce aux informations fournies par l’Union Française des Centres de Sauvegarde, l’analyse des accueils pour la cause « tir » en centre de soins entre 2000 et 2012 et ainsi évaluer l’importance du tir chez les oiseaux en France. Le but de cette étude est de fournir une première analyse des données concernant le phénomène « tir ». Ce phénomène, même s’il représente en moyenne 2% des accueils en centre de soins, touche des espèces protégées dont certaines font partie de programmes de conservation. Cette thèse pourrait être complétée par l’étude de l’impact du tir, et des autres causes de nature anthropogénique, sur les populations d’oiseaux sauvages afin d’avoir une vue d’ensemble de la problématique. Pour en savoir plus …

Guyot C. 2009. Plans de sauvegarde des rapaces nocturnes : étude au centre de soins Athénas dans le Jura

Résumé : Les rapaces nocturnes sont des oiseaux méconnus. Lorsqu’un vétérinaire en reçoit un à son cabinet, il se retrouve souvent bien démuni. Le but de cette étude est de donner des conseils aux vétérinaires sur les rapaces nocturnes qu’ils peuvent rencontrer dans leur pratique quotidienne, et de présenter les gestes à réaliser afin de leur donner les premiers soins. Dans une première partie, l’auteur décrit les caractéristiques physiques et biologiques de ces oiseaux et explique le rôle des centres de soins et celui des vétérinaires face à ces animaux. Dans une seconde partie, il présente une étude rétrospective réalisée en association avec le centre de soins Athénas dans le Jura sur 8 ans. Elle analyse les espèces rencontrées ainsi que l’âge, la provenance, les causes d’accueil et les traumatismes des oiseaux recueillis, et étudie leur devenir. Enfin il explique les diverses étapes de l’examen clinique de ces oiseaux, le traitement de l’urgence et la réalisation des premiers soins. Pour en savoir plus …

Girardot V. 2011. Contribution à l’étude de l’hématologie du chevreuil (Capreolus capreolus).

Résumé : Les connaissances apportées par l’hématologie sont un outil précieux pour connaître l’état de santé d’une population. Ces connaissances sanitaires sont devenues aujourd’hui indispensables à la gestion des populations de chevreuil. Ce travail s’intègre aux études réalisées par l’Office National de la Chasse et de la Faune Sauvage dans les deux réserves de Chizé et de Trois-Fontaines. Il s’appuie sur les données des années de captures 2010 et 2011. Son objectif est d’étudier les paramètres hématologiques en tant qu’indicateurs de l’état général et de la compétence immunitaire chez le chevreuil en conditions naturelles. Ce travail fait d’abord le point sur les connaissances en hématologie chez les Cervidés, en décrivant, si elles existent, les données chez le chevreuil ou les espèces les plus proches. Il quantifie ensuite le biais d’altération du prélèvement dans les conditions de terrain, décrit les valeurs de l’hémogramme trouvées dans les deux populations. Il étudie la variabilité importante entre populations, sexes, classes d’âges dans l’hémogramme rouge et l’hémogramme blanc et met en lien ces variations avec l’état corporel et avec des résultats de coproscopies parasitaires. Pour en savoir plus …

Kientz S. 2014. Étude des variations de la biochimie du chevreuil (Capreolus capreolus) dans deux populations en France de 2009 à 2013

Résumé : La gestion durable des populations sauvages en Europe et plus particulièrement en France est une problématique importante aux enjeux multiples. Elle s’applique en particulier aux espèces gibiers dont les Cervidés font partie et s’appuie sur des indicateurs de santé et d’équilibre des populations dans leur environnement. Ce travail a pour objectif d’étudier les paramètres biochimiques en tant qu’indicateurs de l’état général, de la compétence immunitaire et du stress chez le chevreuil Capreolus capreolus en conditions naturelles. Il s’intègre aux travaux de l’Office National de la Chasse et de la Faune Sauvage et s’appuie sur les données récoltées sur 614 chevreuils capturés de 2009 à 2013 dans les réserves de Chizé et de Trois-Fontaines. Ce travail présente d’abord quelques particularités anatomo-physiologiques du chevreuil et les outils utilisés pour la gestion de ses populations, avant de faire le point sur les connaissances actuelles en termes de biochimie chez les Cervidés. Il présente ensuite les résultats de l’étude menée sur les chevreuils de Chizé et de Trois-Fontaines. Celle-ci décrit dans un premier temps les valeurs biochimiques moyennes obtenues pour 11 paramètres et leurs niveaux de variabilité. Une analyse univariée puis multivariée est ensuite menée sur les relations entre les paramètres mesurés et plusieurs facteurs individuels (âge, taille, sexe, gestation) et populationnels (population, date de capture). Elle met en évidence une variabilité importante de certains paramètres en fonction du statut des animaux mais reflète aussi l’état de la relation entre la population et son environnement, ainsi que la relation avec les conditions de capture. Cette étude permet finalement de proposer certains paramètres (albumine, créatinine, fructosamine, globulines) comme indicateurs de l’état de santé des chevreuils dans leur milieu et d’autres (créatine kinase, aspartate déshydrogénase) comme indicateurs indirects de stress. Pour en savoir plus …

Mercier A. 2016. Les maladies à tiques à l’interface faune sauvage-ruminants domestiques-homme : détermination de la prévalence des hémopathogènes vectorisés par les tiques parasitant le mouflon (Ovis gmelini musimon x Ovis sp) au sein du massif du Caroux-Espinouse

Résumé : Cette étude a pour but de déterminer la prévalence des principaux pathogènes transmis par les tiques parasitant le mouflon (Ovis gmelini musimon x Ovis sp.) au sein du massif du Caroux-Espinouse. Pour se faire, un échantillonnage de 222 tiques a été réalisé au cours des années 2010, 2012 et 2014 et des PCR ont été réalisées sur chaque échantillon afin de rechercher les pathogènes les plus couramment rencontrés : Borrelia burgdorferi, Babesia sp., Rickettsia sp., Anaplasmataceae, Anaplasma phagocytophilum et Anaplasma marginale. Nos résultats montrent des prévalences similaires aux études qui ont pu être réalisées auparavant au sein d’autres régions de France et d’Europe. Si la présence d’Anaplasma marginale n’a pu être établie dans la région, on retrouve cependant en proportion significative Borrelia burgdorferi et Anaplasma phagocytophilum. Des cartes de distribution spatiale et temporelle ont pu être réalisées et montrent une extension des pathogènes au cours de l’étude, notamment concernant les Anaplasmataceae. Ces résultats nous invitent à nous poser la question de conséquences à la fois économique, par la présence d’élevages de ruminants domestiques dans la région, mais également sanitaire avec la présence de Borrelia burgdorferi et de Babesia venatorum, pathogènes pour l’homme. Pour en savoir plus …

Renaud M. 2011. Étude épidémiologique de la diphyllobothriose, zoonose parasitaire, en Haute-Savoie

Résumé : Une résurgence de la diphyllobothriose a été observée en Haute-Savoie depuis une vingtaine d’années. Cette zoonose parasitaire est transmise par l’ingestion de poisson cru ou insuffisamment cuit infesté par des larves de Diphyllobothrium latum. Une enquête a été réalisée auprès de 48 laboratoires d’analyse médicale de Haute-Savoie sur la période 2007-2011. Des coprologies sur des prélèvements de selles de 26 chiens et d’un chat provenant d’une clientèle vétérinaire d’Evian-les-Bains n’ont pas révélé la présence du parasite. Une enquête menée sur des perches du lac Léman achetées sur les ports de Thonon-les-Bains, Anthy-sur-Léman et Séchex a montré une prévalence moyenne de 7,7% sur les filets. Une influence du poids et de la taille du filet sur l’infestation est discutée. La prophylaxie passe par le dépistage et le traitement des personnes infestées, un contrôle de la pollution fécale des lacs (que ce soit par les stations d’épurations ou par la navigation de plaisance) et l’application de règles sanitaires alimentaires simples comme la cuisson ou la congélation du poisson afin de tuer la larve. Des contrôles vétérinaires pourraient être envisagés sur les produits de la pêche en provenance du lac Léman. Pour en savoir plus …

Bizard F. 2009. Épidémiologie sur 10 ans de trois zoonoses majeures chez les rongeurs commensaux en France

Résumé : Les trois maladies choisies : Leptospirose, Leishmaniose et Hantaviroses font intervenir de manière plus ou moins importante des rongeurs dans leur cycle zoonotique. Les connaissances épidémiologiques les concernant sont regroupées dans ce travail ainsi que les prévalences annuelles sur le territoire français au cours des dix dernières années au minimum. Lorsque cela a été possible, il a été établi le coût pour la société de telles maladies. Un aperçu des situations mondiale et européenne permet de globaliser la réflexion et d’entrevoir les évolutions épidémiologiques futures. Enfin une réflexion a été menée sur les moyens à employer pour le contrôle des populations de rongeurs sur nos territoires, et sur la justification des mesures rodenticides. Pour en savoir plus …

Reperant L. 2005. Écologie parasitaire d’Echinococcus multilocularis et autres helminthes du système renard roux – rongeurs en milieux urbain et péri-urbain : implications zoonotiques dans le canton de Genève, Suisse

Résumé : Afin d’étudier l’épizootiologie des helminthes du système renard roux – rongeurs en milieu urbain, nous avons réalisé une étude parasitologique chez le renard Vulpes vulpes et chez les rongeurs non-commensaux dans le canton de Genève. Toxocara canis était présent chez 30% des renards. Les prévalences de Toxascaris leonina, d’E. multilocularis (E.m.) et de Taenia sp. chez le renard diminuaient de la zone rurale (50%, 52% et 51% respectivement) vers la zone urbaine (5%, 31% et 23%). Chez Arvicola terrestris, la prévalence d’E.m. était similaire en milieux rural (6%), résidentiel (8%) et urbain (5%). La séroprévalence de Toxocara sp. augmentait des zones rurale (5%) et résidentielle (3%) vers la zone urbaine (13%). Un cycle urbain d’E.m. a été mis en évidence dans la ville de Genève. Un foyer d’échinococcose alvéolaire chez les rongeurs était centré en zone résidentielle à l’interface des milieux rural et urbain. Le risque d’exposition aux nématodes Toxocara sp. est apparu maximal en zone urbaine. Pour en savoir plus …

Philippe C. 2001. Écotoxicologie des rapaces : étude sur une population de vautours fauves et moines réintroduite dans les Causses

Résumé : Les vautours réintroduits dans les Cévennes sont désormais des auxiliaires indispensables de l’élevage ovin en tant qu’équarrisseurs naturels. Une étude écotoxicologique a été entreprise afin de déterminer si la présence de certains produits pouvait expliquer le syndrome mortel du « tournis » dont ils sont parfois victimes. Le lindane, les PCB, les métaux (plomb, cadmium et mercure) ont été recherchés dans les cadavres de 24 vautours fauves et 3 vautours moines. En parallèle, une enquête chez les vétérinaires sur les habitudes caussenardes en matière de traitements antiparasitaires dans l’élevage ovin montre qu’il faut chercher ailleurs la source éventuelle de ces toxiques. Les teneurs retrouves chez nos vautours sont toutes très faibles, quel que soit le toxique. Il est donc improbable que ceux-ci soient a l’origine du tournis des vautours. Les Cévennes apparaissent donc comme étant un milieu très favorable au développement de ces oiseaux, tant par le respect de leur biologie que par la qualité de l’environnement. Pour en savoir plus …

Waeldele S. 2001. Les intoxications aiguës des oiseaux sauvages en France de 1994 à 1997 d’après les données du réseau SAGIR et du laboratoire de toxicologie de l’École Nationale Vétérinaire de Lyon

Résumé : Les oiseaux sauvages, espèces protégées ou gibiers, succombent pour de multiples raisons. A travers les données du réseau SAGIR et du laboratoire de toxicologie de l’ENVL, nous avons étudie les principales espèces d’oiseaux sauvages rencontrées dans les intoxications aiguës entre 1994 et 1997 ainsi que les principaux toxiques mis en cause. L’étude de la biologie des espèces les plus fréquemment rencontrées ainsi que les modes d’utilisation des toxiques majeurs ont permis de mettre en évidence des particularités toxicologiques comme l’intoxication prédominante des pigeons au furathiocarbe, des perdrix a l’imidaclopride ou l’intoxication secondaire des buses aux anticoagulants. La dernière partie permet de mesurer l’impact réel des intoxications par rapport aux autres causes de mortalité répertoriées, pour chaque espèce, par le réseau SAGIR et de conclure que si les intoxications ne sont de loin pas les seules causes de mortalité, elles tiennent une place non négligeable par rapport aux maladies ou accidents. Pour en savoir plus …

Dol-Coliac S. 2002. Impact des pesticides organochlorés et PCBs sur la reproduction de l’aigrette garzette en Camargue, après analyse de leurs concentrations dans les œufs

Résumé : Les hydrocarbures chlores s’accumulent fortement le long de la chaine alimentaire. Les oiseaux piscivores dont les hérons sont d’excellents bio-indicateurs de la qualité de leur environnement aquatique. Cette étude montre qu’en 1996, la contamination des œufs d’aigrette garzette n’est pas inquiétante pour la survie de l’espèce mais n’est pas non plus négligeable, surtout pour la colonie près des industries. Pour en savoir plus …

Vein J. 2004. Écotoxicologie du crabier chevelu (Ardeola ralloides) : étude de l’impact de plusieurs pesticides (atrazine, fipronil, organochlorés et organophosphorés) sur sa reproduction en Camargue

Résumé : Le Crabier chevelu (Ardeola ralloides) est un héron arboricole colonial dont la zone de nidification en France se limite quasi exclusivement à la Camargue. Un suivi de la reproduction de cet oiseau a été entrepris par la Station biologique de La Tour du Valat qui a permis de mettre en évidence une diminution des tailles de ponte depuis 1967. Notre étude a consisté en l’analyse des résidus de différents pesticides dans des œufs clairs et des régurgitas de poussins. Elle a permis de mettre en évidence une contamination globale de toute la Camargue par les différents pesticides. Nous avons aussi démontré qu’il existe une contamination non négligeable de ces oiseaux par les insecticides organochlorés et organophosphorés. Par contre nous n’avons pas mis en évidence de corrélation entre le taux de contamination des œufs ou des régurgitas et le succès reproducteur du nid correspondant. Pour en savoir plus …

Jonot L. 2007. Écotoxicologie du saturnisme lié à l’ingestion de plombs de chasse chez le canard colvert (Anas platyrhynchos) dans la Dombes (Ain, France)

Résumé : Le saturnisme par ingestion de plombs de chasse est décrit depuis longtemps chez les Anatidés : symptômes, lésions et méthodes d’analyses sont bien connus. Notre étude, menée lors de la première saison de chasse avec restriction de l’usage des munitions au plomb à partir de canards en semi-liberté dans des zones de chasse, montre que dans une région de chasse intensive comme la Dombes, près de 12% des canards colverts portent au moins une bille de plomb dans leur gésier et plus de 16% présentent des concentrations tissulaires (sang, foie, rein, os) en plomb synonymes de saturnisme. Notre étude confirme par ailleurs que la plombémie est le marqueur le plus fiable de l’intoxication et que la concentration dans la plume est un moyen à développer dans le cadre d’un suivi de population sauvage. Enfin, elle soulève un débat en santé publique quant à la consommation du gibier, au vu des quantités importantes de plomb trouvées dans le muscle. Pour en savoir plus …

Beck A. 2011. Contribution à l’étude de la contamination par les polluants organiques persistants et les métaux lourds des animaux de la chaîne alimentaire du bassin versant de la Loire : cas particulier des poissons

Résumé : La rivière Loire est le plus long fleuve français et son bassin versant recouvre l’équivalent d’un cinquième de la surface de la France métropolitaine. L’objectif de notre étude est d’analyser la répartition de divers polluants au sein des animaux de la chaîne alimentaire du bassin versant de la Loire. Nous nous sommes limités dans ce document à l’étage piscicole. Nous avons tout d’abord défini des segments d’intérêt étagés tout au long du parcours de la rivière Loire et de la rivière Allier. Nous avons ensuite fait le choix des molécules à rechercher : organophosphorés et carbamates, herbicides, pesticides organochlorés, polychlorobiphényles, et métaux lourds. Enfin, nous avons prélevé de nombreuses espèces piscicoles de tous niveaux trophiques sur une durée de deux ans. Nous avons réalisé le dosage de chacun des composés ou éléments prédéfinis sur des broyats de poissons totaux ou de tissus en particulier. Nous nous sommes attachés en premier lieu à étudier la répartition géographique des différents polluants sur l’ensemble du bassin versant à l’aide d’une espèce de référence puisque retrouvée sur la plupart des sites : le Chevesne (Leuciscus cephalus). Nous avons, dans un second temps, analysé le comportement biologique de chacune des molécules et de chacun des métaux lourds au sein des diverses espèces piscicoles et par site. Enfin, nous avons envisagé une consommation humaine des individus prélevés et ainsi exploité nos résultats en termes de santé publique. Pour en savoir plus …

Sailler A. 2016. Étude de la sensibilité des rapaces aux anticoagulants

Résumé : Les anticoagulants sont les molécules les plus utilisées lors des campagnes de lutte contre les rongeurs. De nombreuses espèces non-cibles sont chaque année recensées parmi les victimes ; les rapaces en font partie. Ce travail expérimental vise à établir la sensibilité des oiseaux de proies (chouettes hulottes, faucons crécerelles, buses variables, éperviers d’Europe) aux trois molécules que sont le coumafène, la chlorophacinone et la bromadiolone en mesurant leur constante d’inhibition, et comparer nos résultats avec les données de la littérature concernant les mammifères. Le séquençage et la localisation du gène codant la vitamine K époxyde-réductase, enzyme indispensable au recyclage de la vitamine K1 et à la coagulation plasmatique, ont été entrepris sans succès à partir de différentes amorces. Pour en savoir plus …

Mas E. 2016. L’intoxication par le plomb chez les rapaces, étude épidémiologique de la plombémie chez des rapaces victimes de tir

Résumé : Chez les rapaces, l’intoxication par le plomb provoque typiquement des troubles nerveux se traduisant par des parésies et des troubles digestifs. Une telle intoxication est susceptible d’aboutir à la mort de l’individu sans un traitement par des agents chélateurs du plomb. De manière subclinique, une exposition à des niveaux de plomb faibles sur le long terme atteint le système immunitaire, le système reproducteur, le comportement et le système hématopoïétique, ce qui amoindrit la survie et affecte la dynamique des populations. La voie principale d’intoxication est la voie orale. Les analyses des proportions relatives des différents isotopes stables du plomb ont permis de mettre en cause de façon indéniable le plomb des munitions de chasse comme source majoritaire de plomb chez les rapaces. Le risque d’intoxication est fonction du régime alimentaire du rapace : le risque est accru pour les individus totalement ou partiellement charognards ainsi que pour ceux qui consomment du gibier chassé par l’Homme. La mesure de la plombémie chez des rapaces pris en charge par des Centres de sauvegarde de la faune sauvage qui présentent des plombs de chasse et/ou des fragments de munitions enkystés dans l’organisme a montré que ces individus présentent des plombémies plus élevées que des individus indemnes et notamment plus élevées que le seuil de toxicité subclinique retenu de 200 microgrammes/L. Cette différence globale est retrouvée chez la Buse variable et le Faucon crécerelle. Les fragments de munitions qui peuvent persister dans l’organisme après une blessure par arme à feu sont vraisemblablement responsables d’une exposition au plomb à bas bruit avec une gravité variable en fonction de leur localisation. Pour en savoir plus …

Saussi El Alaoui M. 2016. Rivières et biodiversité : méthodologies de suivi de la qualité des eaux de surface pour l’analyse des contaminations par les pesticides

Résumé : Les analyses d’eau de surface mettent en évidence une présence quasi-généralisée des produits phytopharmaceutiques (PPP) dans les cours d’eau français, mais il est difficile d’interpréter cette présence en termes d’impacts et d’en déduire des préconisations quant aux programmes de mesures à mener pour réduire ces impacts. Il existe en outre de nombreux outils d’évaluation du risque de transfert des PPP vers les eaux de surface. Ce travail a pour objectif d’analyser comment ces outils et ces données sur la qualité de l’eau sont utilisés dans le cadre de la gestion du risque des PPP pour les écosystèmes des rivières et de formuler des propositions d’améliorations. Pour ce faire, une revue bibliographique sur la question a été menée, complétée par de nombreux entretiens avec des agents impliqués aux différentes étapes allant de l’Autorisation de Mise sur le Marché des PPP à la gestion du risque de transfert sur le terrain. Ce travail inclue également des éléments de comparaison avec les approches d’autres états membres de l’Union Européenne. Les principaux enseignements sont les suivants. D’une part, le suivi des risques a priori se heurte à des difficultés de sélection parmi l’offre existante d’outils. D’autre part, les données de qualité de l’eau au regard des PPP sont certes nombreuses mais peu adaptées pour en déduire des impacts spécifiques aux PPP sur les organismes aquatiques. En somme, ce travail met en évidence l’importance de connecter davantage la gestion du risque avec les méthodologies de surveillance de la qualité des eaux au regard des PPP. Pour en savoir plus …

Azaïs C. 2017. Analyse rétrospective de la contamination de la loutre d’Europe (Lutra lutra) par les polluants organiques persistants, les éléments traces métalliques et les anticoagulants dans le bassin versant de la Loire, de 1994 à 2014

Résumé : La loutre d’Europe, par son rang de super-prédateur et sa capacité à bio-accumuler de nombreuses substances toxiques, constitue un bon indicateur du niveau de pollution des milieux aquatiques.
L’objectif de notre étude est d’établir les niveaux de contamination ainsi que les conséquences éventuelles sur les populations de loutres, mais aussi de dégager des tendances géographiques et temporelles pour un nombre choisi de polluants : des polluants organiques persistants (PCBs, DDTs, lindane), des éléments traces métalliques (plomb, cadmium, cuivre, mercure, arsenic), et des anticoagulants (bromadiolone, chlorophacinone, difénacoum). Nous avons rassemblé, dans un seul jeu de données, l’ensemble des analyses de foies et de reins de loutres qui ont été faites entre 1994 et 2014 dans dix-huit départements français situés, pour la plupart, dans le bassin versant de la Loire.
Dans un premier temps, nous avons décrit la biologie de la loutre et l’évolution de ses populations. Dans un deuxième temps, nous avons fait un point sur les outils d’évaluation utilisés en écotoxicologie ainsi que sur les lois pour la protection des milieux aquatiques en France et en Europe. Ensuite, nous avons décrit les sources d’émission, les propriétés et la toxicité de chaque polluant, mais aussi les résultats de plusieurs études menées sur les mustélidés pour ces substances. Enfin, nous avons procédé à l’analyse statistique des données récoltées. Pour en savoir plus …

Laurent A. 2013. Facteurs de variation de la condition corporelle et investissement énergétique dans la reproduction du mouflon méditerranéen au cours de l’automne-hiver

Résumé : La sélection sexuelle décrite par Darwin il y a presque 200 ans est à l’origine chez les animaux d’un dimorphisme sexuel, c’est-à-dire d’une différence phénotypique marquée entre les mâles et les femelles. Ce dimorphisme porte sur de nombreux traits qui distinguent les deux sexes d’une même espèce, comme le métabolisme et la physiologie, le régime alimentaire, les besoins énergétiques ou encore le comportement. Ce dimorphisme sexuel est particulièrement marqué chez les ongulés sauvages. Après avoir rappelé quelques notions d’écologie comportementale et d’évaluation du statut énergétique des animaux, nous avons tenté de comparer l’évolution de la condition corporelle entre les deux sexes d’une espèce fortement dimorphique, le mouflon méditerranéen (Ovis gmelini musimon x Ovis sp.) au cours des saisons automne-hiver. L’objectif de ce travail était d’évaluer l’investissement énergétique des individus des 2 sexes lors du rut et d’une partie de la gestation. Les résultats obtenus montrent bien les différences qu’il existe entre les deux sexes chez le mouflon sur la constitution et l’utilisation des réserves énergétiques en lien avec les coûts de la reproduction. En effet, les mouflons méditerranéens mâles du Caroux-Espinouse investissent plus d’énergie dans le rut que les femelles du fait de leur comportement polygame et du phénomène d’hypophagie. Ces dernières au contraire, après un investissement énergétique important au printemps et en été lié à la fin de la gestation et à la lactation, semblent profiter de l’automne-hiver pour reprendre une meilleure condition corporelle. Pour en savoir plus …

Dol-Coliac S. 2002. Impact des pesticides organochlorés et PCBs sur la reproduction de l’aigrette garzette en Camargue, après analyse de leurs concentrations dans les œufs

Résumé : Les hydrocarbures chlores s’accumulent fortement le long de la chaine alimentaire. Les oiseaux piscivores dont les hérons sont d’excellents bio-indicateurs de la qualité de leur environnement aquatique. Cette étude montre qu’en 1996, la contamination des œufs d’aigrette garzette n’est pas inquiétante pour la survie de l’espèce mais n’est pas non plus négligeable, surtout pour la colonie près des industries. Pour en savoir plus …